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- EMDB-5739: Electron microscopy map of the T6SS TssK component -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5739
タイトルElectron microscopy map of the T6SS TssK component
マップデータEM Reconstruction of TssK
試料
  • 試料: Purified TssK sample
  • タンパク質・ペプチド: Type VI secretion system protein TssK
キーワードTssK / Type VI secretion / Hcp / sheath assembly / EM / single-particle / three-fold
機能・相同性cellular_component / biological_process / molecular_function / Type VI secretion system TssK / Type VI secretion system TssK / Bacterial Type VI secretion, VC_A0110, EvfL, ImpJ, VasE / Type VI secretion system protein TssK
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 26.0 Å
データ登録者Zoued A / Durand E / Bebeacua C / Brunet YR / Douzi B / Cambillau C / Cascales E / Journet L
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2013
タイトル: TssK is a trimeric cytoplasmic protein interacting with components of both phage-like and membrane anchoring complexes of the type VI secretion system.
著者: Abdelrahim Zoued / Eric Durand / Cecilia Bebeacua / Yannick R Brunet / Badreddine Douzi / Christian Cambillau / Eric Cascales / Laure Journet /
要旨: The Type VI secretion system (T6SS) is a macromolecular machine that mediates bacteria-host or bacteria-bacteria interactions. The T6SS core apparatus assembles from 13 proteins that form two sub- ...The Type VI secretion system (T6SS) is a macromolecular machine that mediates bacteria-host or bacteria-bacteria interactions. The T6SS core apparatus assembles from 13 proteins that form two sub-assemblies: a phage-like complex and a trans-envelope complex. The Hcp, VgrG, TssE, and TssB/C subunits are structurally and functionally related to components of the tail of contractile bacteriophages. This phage-like structure is thought to be anchored to the membrane by a trans-envelope complex composed of the TssJ, TssL, and TssM proteins. However, how the two sub-complexes are connected remains unknown. Here we identify TssK, a protein that establishes contacts with the two T6SS sub-complexes through direct interactions with TssL, Hcp, and TssC. TssK is a cytoplasmic protein assembling trimers that display a three-armed shape, as revealed by TEM and SAXS analyses. Fluorescence microscopy experiments further demonstrate the requirement of TssK for sheath assembly. Our results suggest a central role for TssK by linking both complexes during T6SS assembly.
履歴
登録2013年8月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年9月11日-
マップ公開2013年9月11日-
更新2013年10月9日-
現状2013年10月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5739.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5739.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈EM Reconstruction of TssK
ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.5 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.04 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大0.0 - 0.13164011
平均 (標準偏差)0.00123267 (±0.00891095)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-36-36-36
サイズ727272
Spacing727272
セルA=B=C: 252.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.53.53.5
M x/y/z727272
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z252.000252.000252.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-132-122-147
NX/NY/NZ250274261
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-36-36-36
NC/NR/NS727272
D min/max/mean-0.0000.1320.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Purified TssK sample

全体名称: Purified TssK sample
要素
  • 試料: Purified TssK sample
  • タンパク質・ペプチド: Type VI secretion system protein TssK

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超分子 #1000: Purified TssK sample

超分子名称: Purified TssK sample / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse. / 集合状態: 3 / Number unique components: 1
分子量実験値: 160 KDa / 手法: Analytical size exclusion chromatography analysis

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分子 #1: Type VI secretion system protein TssK

分子名称: Type VI secretion system protein TssK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: TssK / コピー数: 1 / 集合状態: Trimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: 42
分子量実験値: 160 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: T7 Iq pLys / 組換プラスミド: pETG20-TssK1
配列UniProtKB: Type VI secretion system protein TssK
GO: biological_process, molecular_function, cellular_component
InterPro: Type VI secretion system TssK

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.05 mg/mL
緩衝液pH: 8
詳細: HBS-EP buffer (10mM HEPES, 150mM NaCl, 3mM EDTA, 0.005% Polysorbate 20)
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Purified protein was immobilized on a glow- discharged carbon grid by incubation for 1 minute, and then stained with 2% uranyl acetate for 10 seconds.
グリッド詳細: 300 mesh copper grid with thin carbon support, glow discharged for 20 seconds
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
日付2012年11月1日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC CCD / 実像数: 10 / 平均電子線量: 10 e/Å2 / 詳細: CCD images
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダー: Room temperature holder / 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The particles were submitted to maximum likelihood classification and alignment.
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 26.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN, SPIDER, XMIPP / 使用した粒子像数: 5000
最終 角度割当詳細: ML
最終 2次元分類クラス数: 500

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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