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- EMDB-5737: Structure of an RNA silencing complex of the CRISPR-Cas immune system -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5737
タイトルStructure of an RNA silencing complex of the CRISPR-Cas immune system
マップデータHelical reconstruction of the Cmr4-Cmr5 filament
試料
  • 試料: Cmr4-Cmr5 filament
  • タンパク質・ペプチド: Cmr4
  • タンパク質・ペプチド: Cmr5
キーワードHelical filament
機能・相同性
機能・相同性情報


endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated protein (Cas_Cmr5) / CRISPR-associated protein, Cmr5 / CRISPR-associated RAMP Cmr4 / AF1862-like domain superfamily / CRISPR type III-associated protein / RAMP superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CRISPR system Cmr endoribonuclease Cmr4 / CRISPR system Cmr subunit Cmr5
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16.0 Å
データ登録者Spilman MS / Cocozaki AI / Hale C / Shao Y / Ramia NF / Terns R / Terns M / Li H / Stagg SM
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2013
タイトル: Structure of an RNA silencing complex of the CRISPR-Cas immune system.
著者: Michael Spilman / Alexis Cocozaki / Caryn Hale / Yaming Shao / Nancy Ramia / Rebeca Terns / Michael Terns / Hong Li / Scott Stagg /
要旨: Bacterial and archaeal clustered regularly interspaced short palindromic repeat (CRISPR) loci capture virus and plasmid sequences and use them to recognize and eliminate these invaders. CRISPR RNAs ...Bacterial and archaeal clustered regularly interspaced short palindromic repeat (CRISPR) loci capture virus and plasmid sequences and use them to recognize and eliminate these invaders. CRISPR RNAs (crRNAs) containing the acquired sequences are incorporated into effector complexes that destroy matching invader nucleic acids. The multicomponent Cmr effector complex cleaves RNA targets complementary to the crRNAs. Here, we report cryoelectron microscopy reconstruction of a functional Cmr complex bound with a target RNA at ~12 Å. Pairs of the Cmr4 and Cmr5 proteins form a helical core that is asymmetrically capped on each end by distinct pairs of the four remaining subunits: Cmr2 and Cmr3 at the conserved 5' crRNA tag sequence and Cmr1 and Cmr6 near the 3' end of the crRNA. The shape and organization of the RNA-targeting Cmr complex is strikingly similar to the DNA-targeting Cascade complex. Our results reveal a remarkably conserved architecture among very distantly related CRISPR-Cas complexes.
履歴
登録2013年8月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年10月23日-
マップ公開2013年10月23日-
更新2013年11月6日-
現状2013年11月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5737_1.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5737.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Helical reconstruction of the Cmr4-Cmr5 filament
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.78 Å/pix.
x 96 pix.
= 266.88 Å		2.78 Å/pix.
x 96 pix.
= 266.88 Å		2.78 Å/pix.
x 96 pix.
= 266.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.78 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.0 / ムービー #1: 3
最小 - 最大-4.98559809 - 6.49716377
平均 (標準偏差)-0.02771433 (±1.04986346)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-48-48-48
サイズ969696
Spacing969696
セルA=B=C: 266.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.782.782.78
M x/y/z969696
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z266.880266.880266.880
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-132-122-147
NX/NY/NZ250274261
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-48-48-48
NC/NR/NS969696
D min/max/mean-4.9866.497-0.028

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cmr4-Cmr5 filament

全体名称: Cmr4-Cmr5 filament
要素
  • 試料: Cmr4-Cmr5 filament
  • タンパク質・ペプチド: Cmr4
  • タンパク質・ペプチド: Cmr5

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超分子 #1000: Cmr4-Cmr5 filament

超分子名称: Cmr4-Cmr5 filament / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: helical filament / Number unique components: 2
分子量理論値: 520 KDa

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分子 #1: Cmr4

分子名称: Cmr4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列UniProtKB: CRISPR system Cmr endoribonuclease Cmr4

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分子 #2: Cmr5

分子名称: Cmr5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列UniProtKB: CRISPR system Cmr subunit Cmr5

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20 mM Tris-HCl, 100 mM NaCl
グリッド詳細: C-flat 2/2 400 mesh holey carbon grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 93 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
手法: Plasma clean grids for 5 seconds, apply 3 uL sample, and blot for 4 seconds before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度平均: 94 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 120,000 times magnification
日付2012年9月10日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 268 / 平均電子線量: 15 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダー: Nitrogen cooled
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Helical reconstruction used IHRSR software package combined with EMAN and in-house software
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 29.3 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 48 °
アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN, IHRSR
CTF補正詳細: Phase flip each particle

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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