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万見
- EMDB-5733: Antibody Recognition of the Pandemic H1N1 Influenza Hemagglutinin... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5733
タイトルAntibody Recognition of the Pandemic H1N1 Influenza Hemagglutinin Receptor Binding Site
マップデータInfluenza hemagglutinin (A/California/4/2009, H1N1) bound to neutralizing antibody (Fab 5J8)
試料
  • 試料: Influenza hemagglutinin (A/California/4/2009, H1N1) bound to neutralizing antibody (Fab 5J8)
  • タンパク質・ペプチド: 5J8 Fab fragment
  • タンパク質・ペプチド: Influenza A/Singapore/6/1986 (H1N1) hemagglutinin
キーワードinfluenza / hemagglutinin / antibody / neutralizing / Fab
生物種Homo sapiens (ヒト) / Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 23.0 Å
データ登録者Hong M / Lee PS / Hoffman RMB / Zhu X / Krause JC / Laursen NS / Yoon S / Song L / Tussey L / Crowe Jr JE ...Hong M / Lee PS / Hoffman RMB / Zhu X / Krause JC / Laursen NS / Yoon S / Song L / Tussey L / Crowe Jr JE / Ward AB / Wilson IA
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2013
タイトル: Antibody recognition of the pandemic H1N1 Influenza virus hemagglutinin receptor binding site.
著者: Minsun Hong / Peter S Lee / Ryan M B Hoffman / Xueyong Zhu / Jens C Krause / Nick S Laursen / Sung-Il Yoon / Langzhou Song / Lynda Tussey / James E Crowe / Andrew B Ward / Ian A Wilson
要旨: Influenza virus is a global health concern due to its unpredictable pandemic potential. This potential threat was realized in 2009 when an H1N1 virus emerged that resembled the 1918 virus in ...Influenza virus is a global health concern due to its unpredictable pandemic potential. This potential threat was realized in 2009 when an H1N1 virus emerged that resembled the 1918 virus in antigenicity but fortunately was not nearly as deadly. 5J8 is a human antibody that potently neutralizes a broad spectrum of H1N1 viruses, including the 1918 and 2009 pandemic viruses. Here, we present the crystal structure of 5J8 Fab in complex with a bacterially expressed and refolded globular head domain from the hemagglutinin (HA) of the A/California/07/2009 (H1N1) pandemic virus. 5J8 recognizes a conserved epitope in and around the receptor binding site (RBS), and its HCDR3 closely mimics interactions of the sialic acid receptor. Electron microscopy (EM) reconstructions of 5J8 Fab in complex with an HA trimer from a 1986 H1 strain and with an engineered stabilized HA trimer from the 2009 H1 pandemic virus showed a similar mode of binding. As for other characterized RBS-targeted antibodies, 5J8 uses avidity to extend its breadth and affinity against divergent H1 strains. 5J8 selectively interacts with HA insertion residue 133a, which is conserved in pandemic H1 strains and has precluded binding of other RBS-targeted antibodies. Thus, the RBS of divergent HAs is targeted by 5J8 and adds to the growing arsenal of common recognition motifs for design of therapeutics and vaccines. Moreover, consistent with previous studies, the bacterially expressed H1 HA properly refolds, retaining its antigenic structure, and presents a low-cost and rapid alternative for engineering and manufacturing candidate flu vaccines.
履歴
登録2013年7月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年8月28日-
マップ公開2013年9月25日-
更新2013年10月30日-
現状2013年10月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5733_1.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5733.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Influenza hemagglutinin (A/California/4/2009, H1N1) bound to neutralizing antibody (Fab 5J8)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.62 Å/pix.
x 128 pix.
= 335.36 Å		2.65 Å/pix.
x 128 pix.
= 339.2 Å		2.65 Å/pix.
x 128 pix.
= 339.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX: 2.65 Å / Y: 2.65 Å / Z: 2.62 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.02 / ムービー #1: 3.02
最小 - 最大-9.43807316 - 16.238319400000002
平均 (標準偏差)0.0 (±0.87717199)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-24-24-24
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA: 339.2 Å / B: 339.2 Å / C: 335.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.652.652.62
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z339.200339.200335.360
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-132-122-147
NX/NY/NZ250274261
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-24-24-24
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-9.43816.238-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Influenza hemagglutinin (A/California/4/2009, H1N1) bound to neut...

全体名称: Influenza hemagglutinin (A/California/4/2009, H1N1) bound to neutralizing antibody (Fab 5J8)
要素
  • 試料: Influenza hemagglutinin (A/California/4/2009, H1N1) bound to neutralizing antibody (Fab 5J8)
  • タンパク質・ペプチド: 5J8 Fab fragment
  • タンパク質・ペプチド: Influenza A/Singapore/6/1986 (H1N1) hemagglutinin

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超分子 #1000: Influenza hemagglutinin (A/California/4/2009, H1N1) bound to neut...

超分子名称: Influenza hemagglutinin (A/California/4/2009, H1N1) bound to neutralizing antibody (Fab 5J8)
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: One HA trimer bound to three Fabs / Number unique components: 2
分子量理論値: 289 KDa

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分子 #1: 5J8 Fab fragment

分子名称: 5J8 Fab fragment / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 46 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 組換細胞: High Five / 組換プラスミド: pFastBac Dual

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分子 #2: Influenza A/Singapore/6/1986 (H1N1) hemagglutinin

分子名称: Influenza A/Singapore/6/1986 (H1N1) hemagglutinin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 集合状態: trimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/California/4/2009 (H1N1) / 別称: Flu
分子量理論値: 151 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pET24a

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.02 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 150 mM NaCl, 50 mM Tris
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: two cycles of "Nano-W" (2% methylamine tungstate) applied for 20 seconds
グリッド詳細: 400 mesh copper grids coated in nitrocellulose and thin carbon, glow discharged in argon/oxygen
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 12
温度平均: 298 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism corrected at 100,000 times magnification.
日付2013年2月14日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
実像数: 462
詳細: Tilt series varying from 0-55 degrees, alternating low and high tilts on similarly stained regions
Tilt angle min0
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系倍率（補正後）: 52000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm / 倍率（公称値）: 52000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / Tilt angle max: 55

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画像解析

詳細Particles were selected using automatic (difference-of-Gaussians) picking followed by reference-free classification to eliminate noisy picks or non-target aggregation states.
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Appion, Spider, Xmipp, Eman1 / 使用した粒子像数: 5106
最終 角度割当詳細: Eman1: 5 degrees

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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