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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5733 | |||||||||
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タイトル | Antibody Recognition of the Pandemic H1N1 Influenza Hemagglutinin Receptor Binding Site | |||||||||
マップデータ | Influenza hemagglutinin (A/California/4/2009, H1N1) bound to neutralizing antibody (Fab 5J8) | |||||||||
試料 |
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キーワード | influenza / hemagglutinin / antibody / neutralizing / Fab | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 23.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Hong M / Lee PS / Hoffman RMB / Zhu X / Krause JC / Laursen NS / Yoon S / Song L / Tussey L / Crowe Jr JE ...Hong M / Lee PS / Hoffman RMB / Zhu X / Krause JC / Laursen NS / Yoon S / Song L / Tussey L / Crowe Jr JE / Ward AB / Wilson IA | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Virol / 年: 2013 タイトル: Antibody recognition of the pandemic H1N1 Influenza virus hemagglutinin receptor binding site. 著者: Minsun Hong / Peter S Lee / Ryan M B Hoffman / Xueyong Zhu / Jens C Krause / Nick S Laursen / Sung-Il Yoon / Langzhou Song / Lynda Tussey / James E Crowe / Andrew B Ward / Ian A Wilson 要旨: Influenza virus is a global health concern due to its unpredictable pandemic potential. This potential threat was realized in 2009 when an H1N1 virus emerged that resembled the 1918 virus in ...Influenza virus is a global health concern due to its unpredictable pandemic potential. This potential threat was realized in 2009 when an H1N1 virus emerged that resembled the 1918 virus in antigenicity but fortunately was not nearly as deadly. 5J8 is a human antibody that potently neutralizes a broad spectrum of H1N1 viruses, including the 1918 and 2009 pandemic viruses. Here, we present the crystal structure of 5J8 Fab in complex with a bacterially expressed and refolded globular head domain from the hemagglutinin (HA) of the A/California/07/2009 (H1N1) pandemic virus. 5J8 recognizes a conserved epitope in and around the receptor binding site (RBS), and its HCDR3 closely mimics interactions of the sialic acid receptor. Electron microscopy (EM) reconstructions of 5J8 Fab in complex with an HA trimer from a 1986 H1 strain and with an engineered stabilized HA trimer from the 2009 H1 pandemic virus showed a similar mode of binding. As for other characterized RBS-targeted antibodies, 5J8 uses avidity to extend its breadth and affinity against divergent H1 strains. 5J8 selectively interacts with HA insertion residue 133a, which is conserved in pandemic H1 strains and has precluded binding of other RBS-targeted antibodies. Thus, the RBS of divergent HAs is targeted by 5J8 and adds to the growing arsenal of common recognition motifs for design of therapeutics and vaccines. Moreover, consistent with previous studies, the bacterially expressed H1 HA properly refolds, retaining its antigenic structure, and presents a low-cost and rapid alternative for engineering and manufacturing candidate flu vaccines. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5733.map.gz | 6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5733-v30.xml emd-5733.xml | 11.5 KB 11.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5733_1.png | 35.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5733 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5733 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_5733_validation.pdf.gz | 79.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_5733_full_validation.pdf.gz | 78.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_5733_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5733 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5733 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5733.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Influenza hemagglutinin (A/California/4/2009, H1N1) bound to neutralizing antibody (Fab 5J8) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X: 2.65 Å / Y: 2.65 Å / Z: 2.62 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Influenza hemagglutinin (A/California/4/2009, H1N1) bound to neut...
全体 | 名称: Influenza hemagglutinin (A/California/4/2009, H1N1) bound to neutralizing antibody (Fab 5J8) |
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要素 |
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-超分子 #1000: Influenza hemagglutinin (A/California/4/2009, H1N1) bound to neut...
超分子 | 名称: Influenza hemagglutinin (A/California/4/2009, H1N1) bound to neutralizing antibody (Fab 5J8) タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: One HA trimer bound to three Fabs / Number unique components: 2 |
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分子量 | 理論値: 289 KDa |
-分子 #1: 5J8 Fab fragment
分子 | 名称: 5J8 Fab fragment / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human |
分子量 | 理論値: 46 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 組換細胞: High Five / 組換プラスミド: pFastBac Dual |
-分子 #2: Influenza A/Singapore/6/1986 (H1N1) hemagglutinin
分子 | 名称: Influenza A/Singapore/6/1986 (H1N1) hemagglutinin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 集合状態: trimer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 株: A/California/4/2009 (H1N1) / 別称: Flu |
分子量 | 理論値: 151 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pET24a |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.02 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 150 mM NaCl, 50 mM Tris |
染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: two cycles of "Nano-W" (2% methylamine tungstate) applied for 20 seconds |
グリッド | 詳細: 400 mesh copper grids coated in nitrocellulose and thin carbon, glow discharged in argon/oxygen |
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI 12 |
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温度 | 平均: 298 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism corrected at 100,000 times magnification. |
日付 | 2013年2月14日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) 実像数: 462 詳細: Tilt series varying from 0-55 degrees, alternating low and high tilts on similarly stained regions |
Tilt angle min | 0 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 倍率(補正後): 52000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.3 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.3 µm / 倍率(公称値): 52000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / Tilt angle max: 55 |
-画像解析
詳細 | Particles were selected using automatic (difference-of-Gaussians) picking followed by reference-free classification to eliminate noisy picks or non-target aggregation states. |
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最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Appion, Spider, Xmipp, Eman1 / 使用した粒子像数: 5106 |
最終 角度割当 | 詳細: Eman1: 5 degrees |