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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5696 | |||||||||
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タイトル | Electron cryo-microscopy of human cytomegalovirus virion | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of human cytomegalovirus (HCMV) virion. Only the icosahedral capsid and orderly bound tegument proteins are visible in the density map. Other tegument proteins and the envelope are amorphous and thus not visible. | |||||||||
試料 |
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キーワード | herpesvirus / betaherpesvirus / human cytomegalovirus | |||||||||
生物種 | Human herpesvirus 5 (ヘルペスウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Dai XH / Yu XK / Gong H / Jiang XH / Abenes G / Liu HR / Shivakoti S / Britt W / Zhu H / Liu FY / Zhou ZH | |||||||||
引用 | ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2013 タイトル: The smallest capsid protein mediates binding of the essential tegument protein pp150 to stabilize DNA-containing capsids in human cytomegalovirus. 著者: Xinghong Dai / Xuekui Yu / Hao Gong / Xiaohong Jiang / Gerrado Abenes / Hongrong Liu / Sakar Shivakoti / William J Britt / Hua Zhu / Fenyong Liu / Z Hong Zhou / 要旨: Human cytomegalovirus (HCMV) is a ubiquitous herpesvirus that causes birth defects in newborns and life-threatening complications in immunocompromised individuals. Among all human herpesviruses, HCMV ...Human cytomegalovirus (HCMV) is a ubiquitous herpesvirus that causes birth defects in newborns and life-threatening complications in immunocompromised individuals. Among all human herpesviruses, HCMV contains a much larger dsDNA genome within a similarly-sized capsid compared to the others, and it was proposed to require pp150, a tegument protein only found in cytomegaloviruses, to stabilize its genome-containing capsid. However, little is known about how pp150 interacts with the underlying capsid. Moreover, the smallest capsid protein (SCP), while dispensable in herpes simplex virus type 1, was shown to play essential, yet undefined, role in HCMV infection. Here, by cryo electron microscopy (cryoEM), we determine three-dimensional structures of HCMV capsid (no pp150) and virion (with pp150) at sub-nanometer resolution. Comparison of these two structures reveals that each pp150 tegument density is composed of two helix bundles connected by a long central helix. Correlation between the resolved helices and sequence-based secondary structure prediction maps the tegument density to the N-terminal half of pp150. The structures also show that SCP mediates interactions between the capsid and pp150 at the upper helix bundle of pp150. Consistent with this structural observation, ribozyme inhibition of SCP expression in HCMV-infected cells impairs the formation of DNA-containing viral particles and reduces viral yield by 10,000 fold. By cryoEM reconstruction of the resulting "SCP-deficient" viral particles, we further demonstrate that SCP is required for pp150 functionally binding to the capsid. Together, our structural and biochemical results point to a mechanism whereby SCP recruits pp150 to stabilize genome-containing capsid for the production of infectious HCMV virion. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5696.map.gz | 909.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5696-v30.xml emd-5696.xml | 10.3 KB 10.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5696.tif | 755.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5696 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5696 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_5696_validation.pdf.gz | 79.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_5696_full_validation.pdf.gz | 78.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_5696_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5696 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5696 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5696.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 976.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of human cytomegalovirus (HCMV) virion. Only the icosahedral capsid and orderly bound tegument proteins are visible in the density map. Other tegument proteins and the envelope are amorphous and thus not visible. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.076 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Human cytomegalovirus (HCMV) virion
全体 | 名称: Human cytomegalovirus (HCMV) virion |
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要素 |
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-超分子 #1000: Human cytomegalovirus (HCMV) virion
超分子 | 名称: Human cytomegalovirus (HCMV) virion / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
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-超分子 #1: Human herpesvirus 5
超分子 | 名称: Human herpesvirus 5 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: human cytomegalovirus / NCBI-ID: 10359 / 生物種: Human herpesvirus 5 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: human cytomegalovirus |
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宿主 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: capsid / 直径: 1350 Å / T番号(三角分割数): 16 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 詳細: Phosphate buffered saline (pH=7.4): 144 mg/L KH2PO4, 795 mg/L Na2HPO4-7H2O, 0.9% (w/w) NaCl |
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グリッド | 詳細: Quantifoil R2/1 Cu-200mesh grids |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot force = 0, blot time = 20s |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 平均: 80 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 135,000 times magnification. Astigmatism correction was also carried out for each particle during the data processing. |
詳細 | Parallel beam illumination |
日付 | 2010年10月1日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 8000 / 平均電子線量: 25 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 59000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Each particle |
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最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMIRS / 使用した粒子像数: 1 |