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万見
- EMDB-5647: Cryo-EM structure of holo-PikAIII conformation 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5647
タイトルCryo-EM structure of holo-PikAIII conformation 1
マップデータReconstruction of 5th module from Pikromycin biosynthetic pathway (PikAIII) with phosphopantetheinylated ACP
試料
  • 試料: 5th module from Pikromycin biosynthetic pathway (PikAIII) with phosphopantetheinylated ACP
  • タンパク質・ペプチド: PikAIII
キーワードPolyketide synthase module
機能・相同性
機能・相同性情報


10-deoxymethynolide synthase / narbonolide synthase / macrolide biosynthetic process / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Polyketide synthase, docking domain superfmaily / Polyketide synthase, docking domain / Erythronolide synthase docking domain / PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : ...Polyketide synthase, docking domain superfmaily / Polyketide synthase, docking domain / Erythronolide synthase docking domain / PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / PKS_KR / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Pikromycin polyketide synthase component PikAIII
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces venezuelae (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.2 Å
データ登録者Dutta S / Whicher JR / Hansen DA / Hale WA / Chemler JA / Narayan AR / Hakansson K / Sherman DH / Smith JL / Skiniotis G
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Structure of a modular polyketide synthase.
著者: Somnath Dutta / Jonathan R Whicher / Douglas A Hansen / Wendi A Hale / Joseph A Chemler / Grady R Congdon / Alison R H Narayan / Kristina Håkansson / David H Sherman / Janet L Smith / Georgios Skiniotis /
要旨: Polyketide natural products constitute a broad class of compounds with diverse structural features and biological activities. Their biosynthetic machinery, represented by type I polyketide synthases ...Polyketide natural products constitute a broad class of compounds with diverse structural features and biological activities. Their biosynthetic machinery, represented by type I polyketide synthases (PKSs), has an architecture in which successive modules catalyse two-carbon linear extensions and keto-group processing reactions on intermediates covalently tethered to carrier domains. Here we used electron cryo-microscopy to determine sub-nanometre-resolution three-dimensional reconstructions of a full-length PKS module from the bacterium Streptomyces venezuelae that revealed an unexpectedly different architecture compared to the homologous dimeric mammalian fatty acid synthase. A single reaction chamber provides access to all catalytic sites for the intramodule carrier domain. In contrast, the carrier from the preceding module uses a separate entrance outside the reaction chamber to deliver the upstream polyketide intermediate for subsequent extension and modification. This study reveals for the first time, to our knowledge, the structural basis for both intramodule and intermodule substrate transfer in polyketide synthases, and establishes a new model for molecular dissection of these multifunctional enzyme systems.
履歴
登録2013年5月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年7月3日-
マップ公開2014年6月25日-
更新2014年10月22日-
現状2014年10月22日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 13.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 13.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_5647.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5647.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 26.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of 5th module from Pikromycin biosynthetic pathway (PikAIII) with phosphopantetheinylated ACP
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.24 Å/pix.
x 192 pix.
= 430.08 Å		2.24 Å/pix.
x 192 pix.
= 430.08 Å		2.24 Å/pix.
x 192 pix.
= 430.08 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.24 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 13.800000000000001 / ムービー #1: 13.8
最小 - 最大-38.39583588 - 78.945075990000007
平均 (標準偏差)-0.05589176 (±1.86749327)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 430.08002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.242.242.24
M x/y/z192192192
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z430.080430.080430.080
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-132-122-147
NX/NY/NZ250274261
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS192192192
D min/max/mean-38.39678.945-0.056

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 5th module from Pikromycin biosynthetic pathway (PikAIII) with ph...

全体名称: 5th module from Pikromycin biosynthetic pathway (PikAIII) with phosphopantetheinylated ACP
要素
  • 試料: 5th module from Pikromycin biosynthetic pathway (PikAIII) with phosphopantetheinylated ACP
  • タンパク質・ペプチド: PikAIII

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超分子 #1000: 5th module from Pikromycin biosynthetic pathway (PikAIII) with ph...

超分子名称: 5th module from Pikromycin biosynthetic pathway (PikAIII) with phosphopantetheinylated ACP
タイプ: sample / ID: 1000
詳細: Sample was not frozen prior to loading on the grid. The sample was monodisperse.
集合状態: Dimer / Number unique components: 1
分子量実験値: 328 KDa / 理論値: 328 KDa / 手法: Gel filtration chromatography

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分子 #1: PikAIII

分子名称: PikAIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 集合状態: Dimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Streptomyces venezuelae (バクテリア)
分子量実験値: 328 KDa / 理論値: 328 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pET28b
配列UniProtKB: Pikromycin polyketide synthase component PikAIII

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 50 mM HEPES, 100mM NaCl
グリッド詳細: 200 mesh grid with thin carbon support, glow discharged.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 89 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot for 1.5 seconds before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度最低: 89 K / 最高: 89 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 135,000 times magnification
日付2011年10月10日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 430 / 平均電子線量: 20 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 66964 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The particles were selected manually.
CTF補正詳細: Each micrograph
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN, EMAN2 / 使用した粒子像数: 25675
最終 角度割当詳細: EMAN: theta 45 degrees, phi 45 degrees

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2hg4


Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B
ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

2fr0

ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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原子モデル構築 3

初期モデルPDB ID:

2ju1

ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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