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万見
- EMDB-5641: cryo-EM structure of CCT5 complex with 1mM ATP/AlFx (symmetry-free) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5641
タイトルcryo-EM structure of CCT5 complex with 1mM ATP/AlFx (symmetry-free)
マップデータsymmetry-free reconstruction of CCT5 complex
試料
  • 試料: CCT5 Complex
  • タンパク質・ペプチド: chaperonin containing TCP1, subunit 5 (epsilon)
キーワードTRiC / CCT / chaperonin / protein folding / cryo-electron microscopy
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of protein localization to Cajal body / positive regulation of telomerase RNA localization to Cajal body / chaperonin-containing T-complex / : / BBSome-mediated cargo-targeting to cilium / Formation of tubulin folding intermediates by CCT/TriC / Folding of actin by CCT/TriC / binding of sperm to zona pellucida / Prefoldin mediated transfer of substrate to CCT/TriC / beta-tubulin binding ...positive regulation of protein localization to Cajal body / positive regulation of telomerase RNA localization to Cajal body / chaperonin-containing T-complex / : / BBSome-mediated cargo-targeting to cilium / Formation of tubulin folding intermediates by CCT/TriC / Folding of actin by CCT/TriC / binding of sperm to zona pellucida / Prefoldin mediated transfer of substrate to CCT/TriC / beta-tubulin binding / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / : / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / protein folding chaperone / mRNA 3'-UTR binding / ATP-dependent protein folding chaperone / response to virus / mRNA 5'-UTR binding / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / unfolded protein binding / G-protein beta-subunit binding / protein folding / cell body / microtubule / protein stabilization / centrosome / nucleolus / ATP hydrolysis activity / extracellular exosome / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
T-complex protein 1, epsilon subunit / T-complex protein 1, epsilon subunit / : / Chaperonins TCP-1 signature 1. / : / Chaperonins TCP-1 signature 2. / Chaperonin TCP-1, conserved site / Chaperonin TCP-1, conserved site / Chaperonins TCP-1 signature 3. / Chaperone tailless complex polypeptide 1 (TCP-1) ...T-complex protein 1, epsilon subunit / T-complex protein 1, epsilon subunit / : / Chaperonins TCP-1 signature 1. / : / Chaperonins TCP-1 signature 2. / Chaperonin TCP-1, conserved site / Chaperonin TCP-1, conserved site / Chaperonins TCP-1 signature 3. / Chaperone tailless complex polypeptide 1 (TCP-1) / Chaperone tailless complex polypeptide 1 (TCP-1) / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / TCP-1/cpn60 chaperonin family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family
類似検索 - ドメイン・相同性
T-complex protein 1 subunit epsilon
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Sergeeva OA / Chen B / Haase-Pettingell C / Ludtke SJ / Chiu W / King JA
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2013
タイトル: Human CCT4 and CCT5 chaperonin subunits expressed in Escherichia coli form biologically active homo-oligomers.
著者: Oksana A Sergeeva / Bo Chen / Cameron Haase-Pettingell / Steven J Ludtke / Wah Chiu / Jonathan A King /
要旨: Chaperonins are a family of chaperones that encapsulate their substrates and assist their folding in an ATP-dependent manner. The ubiquitous eukaryotic chaperonin, TCP-1 ring complex (TRiC), is a ...Chaperonins are a family of chaperones that encapsulate their substrates and assist their folding in an ATP-dependent manner. The ubiquitous eukaryotic chaperonin, TCP-1 ring complex (TRiC), is a hetero-oligomeric complex composed of two rings, each formed from eight different CCT (chaperonin containing TCP-1) subunits. Each CCT subunit may have distinct substrate recognition and ATP hydrolysis properties. We have expressed each human CCT subunit individually in Escherichia coli to investigate whether they form chaperonin-like double ring complexes. CCT4 and CCT5, but not the other six CCT subunits, formed high molecular weight complexes within the E. coli cells that sedimented about 20S in sucrose gradients. When CCT4 and CCT5 were purified, they were both organized as two back-to-back rings of eight subunits each, as seen by negative stain and cryo-electron microscopy. This morphology is consistent with that of the hetero-oligomeric double-ring TRiC purified from bovine testes and HeLa cells. Both CCT4 and CCT5 homo-oligomers hydrolyzed ATP at a rate similar to human TRiC and were active as assayed by luciferase refolding and human γD-crystallin aggregation suppression and refolding. Thus, both CCT4 and CCT5 homo-oligomers have the property of forming 8-fold double rings absent the other subunits, and these complexes carry out chaperonin reactions without other partner subunits.
履歴
登録2013年4月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年5月22日-
マップ公開2013年5月22日-
更新2013年6月26日-
現状2013年6月26日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3.88
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3.88
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5641.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5641.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 26.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈symmetry-free reconstruction of CCT5 complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.16 Å/pix.
x 192 pix.
= 414.72 Å		2.16 Å/pix.
x 192 pix.
= 414.72 Å		2.16 Å/pix.
x 192 pix.
= 414.72 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.16 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.88 / ムービー #1: 3.88
最小 - 最大-0.84121847 - 11.745404239999999
平均 (標準偏差)0.0 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-96-96-96
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 414.72003 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.162.162.16
M x/y/z192192192
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z414.720414.720414.720
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-132-122-147
NX/NY/NZ250274261
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-96-96-96
NC/NR/NS192192192
D min/max/mean-0.84111.7450.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : CCT5 Complex

全体名称: CCT5 Complex
要素
  • 試料: CCT5 Complex
  • タンパク質・ペプチド: chaperonin containing TCP1, subunit 5 (epsilon)

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超分子 #1000: CCT5 Complex

超分子名称: CCT5 Complex / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: hexadecamer / Number unique components: 1
分子量実験値: 1 MDa / 理論値: 960 KDa / 手法: size exclusion column (Superose 6 10/300 GL)

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分子 #1: chaperonin containing TCP1, subunit 5 (epsilon)

分子名称: chaperonin containing TCP1, subunit 5 (epsilon) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: CCT5 / コピー数: 16 / 集合状態: Hexadecamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量実験値: 1 MDa / 理論値: 960 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21(DE3) RIL / 組換プラスミド: pET21b
配列UniProtKB: T-complex protein 1 subunit epsilon
GO: nucleolus, cytoplasm, centrosome, cytosol, chaperonin-containing T-complex
InterPro: T-complex protein 1, epsilon subunit, Chaperone tailless complex polypeptide 1 (TCP-1), Chaperonin TCP-1, conserved site, Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.35 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
詳細: 20 mM HEPES/KOH, pH 7.4, 200 mM NaCl, 1 mM DTT, 10 mM MgCl2, 5% glycerol, 5 mM Al(NO3)3, 30 mM NaF, 1 mM ATP
グリッド詳細: plasma-cleaned R1.2/1.3 Quantifoil grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK III
手法: Front side blotting for 4 seconds twice before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2010F
温度最低: 94.98 K / 最高: 95 K / 平均: 94.99 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 250,000 times magnification
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Gatan in-column energy filter
詳細MDS mode imaging was used.
日付2012年3月26日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN (4k x 4k)
平均電子線量: 20 e/Å2 / カメラ長: 120
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 71361 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: This holder operates at -178 C (95K). / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

詳細6,307 particles (ATP-AlFx state) were boxed out semi-automatically using e2boxer.py. The later steps of 3D reconstruction were performed using EMAN1.
CTF補正詳細: each frame
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN1 / 詳細: filtered back-projection / 使用した粒子像数: 2974
最終 2次元分類クラス数: 67

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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