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- EMDB-5621: Outer dynein arm - microtubule complex, biotin-streptavidin tagge... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5621
タイトルOuter dynein arm - microtubule complex, biotin-streptavidin tagged at the carboxyl-terminus of the intermediate chain 2.
マップデータOuter dynein arm - microtubule complex, biotin-streptavidin tagged at the carboxyl-terminus of the intermediate chain 2.
試料
  • 試料: Outer dynein arms from Chlamydomonas reinhardtii bound to porcine microtubules
  • 細胞器官・細胞要素: Outer dynen arm-microbutule complex
キーワードflagella / Chlamydomonas / outer dynein arm / microtubule / intermediate chain
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 34.0 Å
データ登録者Oda T / Yagi T / Yanagisawa HA / Kikkawa M
引用ジャーナル: Curr Biol / 年: 2013
タイトル: Identification of the outer-inner dynein linker as a hub controller for axonemal dynein activities.
著者: Toshiyuki Oda / Toshiki Yagi / Haruaki Yanagisawa / Masahide Kikkawa /
要旨: BACKGROUND: In flagella, the outer dynein arm (ODA) and inner dynein arm (IDA) play distinct roles in generating beating motion. However, functional communications between the two dyneins have not been investigated.
RESULTS: Here, we demonstrated by cryo-electron microscopy and chemical crosslinking that intermediate chain 2 (IC2) of ODAs interacts with the dynein regulatory complex in the axoneme and ...RESULTS: Here, we demonstrated by cryo-electron microscopy and chemical crosslinking that intermediate chain 2 (IC2) of ODAs interacts with the dynein regulatory complex in the axoneme and constitutes part of the outer-inner dynein (OID) linker. Furthermore, we identified IC2 as a functional hub between ODAs and IDAs based on the phenotypes of Chlamydomonas mutants expressing biotinylation-tagged IC2. The flagella of the IC2 mutant showed activated microtubule sliding and enhanced ATPase activities of ODAs, as well as an altered waveform, indicating attenuated IDA activity.
CONCLUSIONS: We concluded that the OID linker controls both ODAs and IDAs and regulates flagellar beating.
履歴
登録2013年3月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年4月24日-
マップ公開2013年4月24日-
更新2014年4月23日-
現状2014年4月23日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 64
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 64
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_5621.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5621.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Outer dynein arm - microtubule complex, biotin-streptavidin tagged at the carboxyl-terminus of the intermediate chain 2.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.87 Å/pix.
x 100 pix.
= 487. Å		4.87 Å/pix.
x 186 pix.
= 905.82 Å		4.87 Å/pix.
x 126 pix.
= 613.62 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.87 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 64.0 / ムービー #1: 64
最小 - 最大-73.847442630000003 - 218.014801030000001
平均 (標準偏差)14.906131739999999 (±55.499778749999997)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ186126100
Spacing186126100
セルA: 613.62 Å / B: 905.82 Å / C: 487.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.874.874.87
M x/y/z126186100
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z613.620905.820487.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-132-122-147
NX/NY/NZ250274261
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS126186100
D min/max/mean-73.847218.01514.906

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Outer dynein arms from Chlamydomonas reinhardtii bound to porcine...

全体名称: Outer dynein arms from Chlamydomonas reinhardtii bound to porcine microtubules
要素
  • 試料: Outer dynein arms from Chlamydomonas reinhardtii bound to porcine microtubules
  • 細胞器官・細胞要素: Outer dynen arm-microbutule complex

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超分子 #1000: Outer dynein arms from Chlamydomonas reinhardtii bound to porcine...

超分子名称: Outer dynein arms from Chlamydomonas reinhardtii bound to porcine microtubules
タイプ: sample / ID: 1000
詳細: Streptavidin labels were attached to the biotinylation tag at the carboxyl-termini of IC2.
Number unique components: 2

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超分子 #1: Outer dynen arm-microbutule complex

超分子名称: Outer dynen arm-microbutule complex / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1
詳細: Streptavidin labels were attached to the biotinylation tag at the carboxyl-termini of IC2.
組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: oda6 / Organelle: flagella / 細胞中の位置: axoneme

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度0.03 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
詳細: 10 mM Hepes-NaOH pH 7.4, 1 mM DTT, 5 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 10% trehalose, 0.1% Nonidet P-40, 5 microM paclitaxel
グリッド詳細: 400 mesh copper grid with home-made holey carbon support, glow discharged in amylamine atmosphere
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 90 K / 装置: LEICA KF80
手法: Two-side blot by hand for 10 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2010F
温度最低: 80 K / 最高: 97 K / 平均: 95 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 200,000 times magnification
日付2011年5月5日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 10 µm / 実像数: 37 / 平均電子線量: 7 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 40000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 3.3 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.3 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 倍率（公称値）: 40000
試料ステージ試料ホルダー: Gatan 626 Single Tilt Liquid Nitrogen Cryo Transfer Holder
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: Wiener filter
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 122.3 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 179.2 °
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 34.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.33 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: FREALIGN / 使用した粒子像数: 3024

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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