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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5619 | |||||||||
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タイトル | Outer dynein arm - microtubule complex, labeled with biotin-ADP and streptavidin | |||||||||
![]() | Reconstruction of outer dynein arm-microtubule complex labeled with biotin-ADP and streptavidin | |||||||||
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![]() | flagella / Chlamydomonas / outer dynein arm / microtubule | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 34.0 Å | |||||||||
![]() | Oda T / Yagi T / Yanagisawa HA / Kikkawa M | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Identification of the outer-inner dynein linker as a hub controller for axonemal dynein activities. 著者: Toshiyuki Oda / Toshiki Yagi / Haruaki Yanagisawa / Masahide Kikkawa / ![]() 要旨: BACKGROUND: In flagella, the outer dynein arm (ODA) and inner dynein arm (IDA) play distinct roles in generating beating motion. However, functional communications between the two dyneins have not been investigated. RESULTS: Here, we demonstrated by cryo-electron microscopy and chemical crosslinking that intermediate chain 2 (IC2) of ODAs interacts with the dynein regulatory complex in the axoneme and ...RESULTS: Here, we demonstrated by cryo-electron microscopy and chemical crosslinking that intermediate chain 2 (IC2) of ODAs interacts with the dynein regulatory complex in the axoneme and constitutes part of the outer-inner dynein (OID) linker. Furthermore, we identified IC2 as a functional hub between ODAs and IDAs based on the phenotypes of Chlamydomonas mutants expressing biotinylation-tagged IC2. The flagella of the IC2 mutant showed activated microtubule sliding and enhanced ATPase activities of ODAs, as well as an altered waveform, indicating attenuated IDA activity. CONCLUSIONS: We concluded that the OID linker controls both ODAs and IDAs and regulates flagellar beating. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 8.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 9.7 KB 9.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() ![]() | 32.7 KB 2.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
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注釈 | Reconstruction of outer dynein arm-microtubule complex labeled with biotin-ADP and streptavidin | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.87 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Outer dynein arms from Chlamydomonas reinhardtii bound to porcine...
全体 | 名称: Outer dynein arms from Chlamydomonas reinhardtii bound to porcine microtubules |
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要素 |
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-超分子 #1000: Outer dynein arms from Chlamydomonas reinhardtii bound to porcine...
超分子 | 名称: Outer dynein arms from Chlamydomonas reinhardtii bound to porcine microtubules タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2 |
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-超分子 #1: Outer dynen arm-microbutule complex
超分子 | 名称: Outer dynen arm-microbutule complex / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: 137c / Organelle: flagella / 細胞中の位置: axoneme |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
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試料調製
濃度 | 0.03 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 詳細: 10 mM Hepes-NaOH pH 7.4, 1 mM DTT, 5 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 10% trehalose, 0.1% Nonidet P-40, 5 microM paclitaxel |
グリッド | 詳細: 400 mesh copper grid with home-made holey carbon support, glow discharged in amylamine atmosphere |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 90 K / 装置: LEICA KF80 手法: Two-side blot by hand for 10 seconds before plunging |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 2010F |
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温度 | 最低: 80 K / 最高: 97 K / 平均: 95 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 200,000 times magnification |
日付 | 2011年5月29日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 10 µm / 実像数: 48 / 平均電子線量: 7 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 倍率(補正後): 40000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 3.3 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.3 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.6 µm / 倍率(公称値): 40000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Gatan 626 Single Tilt Liquid Nitrogen Cryo Transfer Holder 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
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画像解析
CTF補正 | 詳細: Wiener filter |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 122.3 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 179.2 ° 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 34.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.33 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: FREALIGN / 使用した粒子像数: 3792 |