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万見
- EMDB-5596: Structure of the immature 30S subunit from a Escherichia coli rim... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5596
タイトルStructure of the immature 30S subunit from a Escherichia coli rimM null strain. Conformation 2.
マップデータStructure of the immature 30S subunit from a Escherichia coli rimM null strain. Conformation 2.
試料
  • 試料: Structure of an immature 30S subunit from an E. coli rimM null strain. Conformation 2
  • 複合体: ribosome 30S subunit
キーワードRibosome assembly / 30S subunit / RimM protein
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 17.0 Å
データ登録者Leong V / Kent M / Jomaa A / Ortega J
引用ジャーナル: RNA / 年: 2013
タイトル: Escherichia coli rimM and yjeQ null strains accumulate immature 30S subunits of similar structure and protein complement.
著者: Vivian Leong / Meredith Kent / Ahmad Jomaa / Joaquin Ortega /
要旨: Assembly of the Escherichia coli 30S ribosomal subunits proceeds through multiple parallel pathways. The protein factors RimM, YjeQ, RbfA, and Era work in conjunction to assist at the late stages of ...Assembly of the Escherichia coli 30S ribosomal subunits proceeds through multiple parallel pathways. The protein factors RimM, YjeQ, RbfA, and Era work in conjunction to assist at the late stages of the maturation process of the small subunit. However, it is unclear how the functional interplay between these factors occurs in the context of multiple parallel pathways. To understand how these factors work together, we have characterized the immature 30S subunits that accumulate in ΔrimM cells and compared them with immature 30S subunits from a ΔyjeQ strain. The cryo-EM maps obtained from these particles showed that the densities representing helices 44 and 45 in the rRNA were partially missing, suggesting mobility of these motifs. These 30S subunits were also partially depleted in all tertiary ribosomal proteins, particularly those binding in the head domain. Using image classification, we identified four subpopulations of ΔrimM immature 30S subunits differing in the amount of missing density for helices 44 and 45, as well as the amount of density existing in these maps for the underrepresented proteins. The structural defects found in these immature subunits resembled those of the 30S subunits that accumulate in the ΔyjeQ strain. These findings are consistent with an "early convergency model" in which multiple parallel assembly pathways of the 30S subunit converge into a late assembly intermediate, as opposed to the mature state. Functionally related factors will bind to this intermediate to catalyze the last steps of maturation leading to the mature 30S subunit.
履歴
登録2013年3月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年3月20日-
マップ公開2013年5月8日-
更新2013年5月29日-
現状2013年5月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5596.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5596.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of the immature 30S subunit from a Escherichia coli rimM null strain. Conformation 2.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.54 Å/pix.
x 128 pix.
= 325.12 Å		2.54 Å/pix.
x 128 pix.
= 325.12 Å		2.54 Å/pix.
x 128 pix.
= 325.12 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.54 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.0 / ムービー #1: 2
最小 - 最大-3.90663385 - 16.345411299999999
平均 (標準偏差)0.0 (±0.99048513)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 325.12 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.542.542.54
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z325.120325.120325.120
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-132-122-147
NX/NY/NZ250274261
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-3.90716.3450.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Structure of an immature 30S subunit from an E. coli rimM null st...

全体名称: Structure of an immature 30S subunit from an E. coli rimM null strain. Conformation 2
要素
  • 試料: Structure of an immature 30S subunit from an E. coli rimM null strain. Conformation 2
  • 複合体: ribosome 30S subunit

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超分子 #1000: Structure of an immature 30S subunit from an E. coli rimM null st...

超分子名称: Structure of an immature 30S subunit from an E. coli rimM null strain. Conformation 2
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: monomer / Number unique components: 1
分子量実験値: 930 KDa / 理論値: 930 KDa

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超分子 #1: ribosome 30S subunit

超分子名称: ribosome 30S subunit / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: SSU 30S, PSR16s
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BW25113 / 細胞中の位置: cytoplasm
分子量実験値: 930 KDa / 理論値: 930 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
詳細: 10 mM Tris-HCl, pH 7.5, 10 mM Mg acetate, 60 mM NH4Cl and 3 mM 2-mercaptoethanol
グリッド詳細: 400 mesh cupped grid with thin carbon support, glow discharged in air
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 77 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 手法: Blot twice for 7 seconds each.

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2010F
温度平均: 97 K
日付2011年7月10日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 6.35 µm / 実像数: 250 / 平均電子線量: 15 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Liquid nitrogen cooled / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

詳細Reconstruction obtained with Xmipp
CTF補正詳細: CTFFIND
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 17.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Xmipp / 使用した粒子像数: 23275

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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