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- EMDB-55533: Activation intermediate of ALC1/CHD1L bound to a PARylated nucleosome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-55533
タイトルActivation intermediate of ALC1/CHD1L bound to a PARylated nucleosome
マップデータSharpened map
試料
  • 複合体: ALC1/CHD1L bound to a PARylated nucleosome
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3.2
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B 1.1
    • DNA: Widom 601 sequence
    • DNA: Widom 601 sequence
    • タンパク質・ペプチド: Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 1-like
キーワードALC1 / CHD1L / chromatin remodeler / DNA damage response / nucleosome / poly(ADP-ribose) / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / ATP-dependent chromatin remodeler activity / histone reader activity / site of DNA damage / nucleosome binding / DNA helicase activity / Dual Incision in GG-NER / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / Formation of Incision Complex in GG-NER / structural constituent of chromatin ...poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / ATP-dependent chromatin remodeler activity / histone reader activity / site of DNA damage / nucleosome binding / DNA helicase activity / Dual Incision in GG-NER / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / Formation of Incision Complex in GG-NER / structural constituent of chromatin / nucleosome / heterochromatin formation / nucleosome assembly / site of double-strand break / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / DNA repair / nucleotide binding / DNA damage response / ATP hydrolysis activity / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 1-like / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / : / Histone H2B signature. / Histone H2A conserved site ...Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 1-like / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / : / Histone H2B signature. / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone 2A / Histone H2A / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Helicase conserved C-terminal domain / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 domain / Histone-fold / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Macro domain profile. / Macro domain / Macro domain-like / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H2B 1.1 / Histone H2A type 1 / Histone H4 / Histone H3.2 / Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 1-like
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.6 Å
データ登録者Bridges HR / Bacic L / Deindl S / Gaullier G
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2025
タイトル: Activation intermediate of ALC1/CHD1L bound to a PARylated nucleosome
著者: Bridges HR / Bacic L / Deindl S / Gaullier G
履歴
登録2025年11月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月19日-
マップ公開2025年11月19日-
更新2025年11月19日-
現状2025年11月19日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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添付画像

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_55533.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 274.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
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最小 - 最大-0.21631716 - 0.53698456
平均 (標準偏差)0.0007856284 (±0.012672938)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ416416416
Spacing416416416
セルA=B=C: 349.44 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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注釈3DVA component_003_frame_000
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注釈3DVA component_003_frame_004
投影像・断面図
軸ZYX

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ファイルemd_55533_additional_6.map
注釈3DVA component_003_frame_005
投影像・断面図
軸ZYX

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ファイルemd_55533_additional_7.map
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投影像・断面図
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ファイルemd_55533_additional_9.map
注釈3DVA component_003_frame_008
投影像・断面図
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ハーフマップ: Half-map B

ファイルemd_55533_half_map_2.map
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-
試料の構成要素

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全体 : ALC1/CHD1L bound to a PARylated nucleosome

全体名称: ALC1/CHD1L bound to a PARylated nucleosome
要素
  • 複合体: ALC1/CHD1L bound to a PARylated nucleosome
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3.2
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B 1.1
    • DNA: Widom 601 sequence
    • DNA: Widom 601 sequence
    • タンパク質・ペプチド: Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 1-like

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超分子 #1: ALC1/CHD1L bound to a PARylated nucleosome

超分子名称: ALC1/CHD1L bound to a PARylated nucleosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
詳細: The nucleosome was PARylated by PARP2 and HPF1 before addition of ALC1.
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 305 KDa

-
分子 #1: Histone H3.2

分子名称: Histone H3.2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 15.403062 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MARTKQTARK STGGKAPRKQ LATKAARKSA PATGGVKKPH RYRPGTVALR EIRRYQKSTE LLIRKLPFQR LVREIAQDFK TDLRFQSSA VMALQEASEA YLVALFEDTN LAAIHAKRVT IMPKDIQLAR RIRGERA

UniProtKB: Histone H3.2

-
分子 #2: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 11.394426 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKGGKG LGKGGAKRHR KVLRDNIQGI TKPAIRRLAR RGGVKRISGL IYEETRGVLK VFLENVIRDA VTYTEHAKRK TVTAMDVVY ALKRQGRTLY GFGG

UniProtKB: Histone H4

-
分子 #3: Histone H2A type 1

分子名称: Histone H2A type 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 14.109436 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKQGGK TRAKAKTRSS RAGLQFPVGR VHRLLRKGNY AERVGAGAPV YLAAVLEYLT AEILELAGNA ARDNKKTRII PRHLQLAVR NDEELNKLLG RVTIAQGGVL PNIQSVLLPK KTESSKSAKS K

UniProtKB: Histone H2A type 1

-
分子 #4: Histone H2B 1.1

分子名称: Histone H2B 1.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 13.655948 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MAKSAPAPKK GSKKAVTKTQ KKDGKKRRKT RKESYAIYVY KVLKQVHPDT GISSKAMSIM NSFVNDVFER IAGEASRLAH YNKRSTITS REIQTAVRLL LPGELAKHAV SEGTKAVTKY TSAK

UniProtKB: Histone H2B 1.1

-
分子 #7: Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 1-like

分子名称: Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 1-like / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 98.906766 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MFLLRLHTEG RAEAARVQEQ DLRQWGLTGI HLRSYQLEGV NWLAQRFHCQ NGCILGDEMG LGKTCQTIAL FIYLAGRLND EGPFLILCP LSVLSNWKEE MQRFAPGLSC VTYAGDKEER ACLQQDLKQE SRFHVLLTTY EICLKDASFL KSFPWSVLVV D EAHRLKNQ ...文字列:
MFLLRLHTEG RAEAARVQEQ DLRQWGLTGI HLRSYQLEGV NWLAQRFHCQ NGCILGDEMG LGKTCQTIAL FIYLAGRLND EGPFLILCP LSVLSNWKEE MQRFAPGLSC VTYAGDKEER ACLQQDLKQE SRFHVLLTTY EICLKDASFL KSFPWSVLVV D EAHRLKNQ SSLLHKTLSE FSVVFSLLLT GTPIQNSLQE LYSLLSFVEP DLFSKEEVGD FIQRYQDIEK ESESASELHK LL QPFLLRR VKAEVATELP KKTEVVIYHG MSALQKKYYK AILMKDLDAF ENETAKKVKL QNILSQLRKC VDHPYLFDGV EPE PFEVGD HLTEASGKLH LLDKLLAFLY SGGHRVLLFS QMTQMLDILQ DYMDYRGYSY ERVDGSVRGE ERHLAIKNFG QQPI FVFLL STRAGGVGMN LTAADTVIFV DSDFNPQNDL QAAARAHRIG QNKSVKVIRL IGRDTVEEIV YRKAASKLQL TNMII EGGH FTLGAQKPAA DADLQLSEIL KFGLDKLLAS EGSTMDEIDL ESILGETKDG QWVSDALPAA EGGSRDQEEG KNHMYL FEG KDYSKEPSKE DRKSFEQLVN LQKTLLEKAS QEGRSLRNKG SVLIPGLVEG STKRKRVLSP EELEDRQKKR QEAAAKR RR LIEEKKRQKE EAEHKKKMAW WESNNYQSFC LPSEESEPED LENGEESSAE LDYQDPDATS LKYVSGDVTH PQAGAEDA L IVHCVDDSGH WGRGGLFTAL EKRSAEPRKI YELAGKMKDL SLGGVLLFPV DDKESRNKGQ DLLALIVAQH RDRSNVLSG IKMAALEEGL KKIFLAAKKK KASVHLPRIG HATKGFNWYG TERLIRKHLA ARGIPTYIYY FPRSKAHHHH HH

UniProtKB: Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 1-like

-
分子 #5: Widom 601 sequence

分子名称: Widom 601 sequence / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 49.175336 KDa
配列文字列: (DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DT)(DG)(DA)(DC) (DC)(DA)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG) (DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA) (DT)(DT)(DG)(DG)(DT) ...文字列:
(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DT)(DG)(DA)(DC) (DC)(DA)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG) (DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA) (DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT) (DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT) (DA)(DG) (DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT) (DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG) (DT)(DA)(DC) (DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG) (DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT) (DT)(DT)(DT)(DA) (DA)(DC)(DC)(DG)(DC) (DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DA)(DC)(DT)(DC)(DC) (DC)(DT)(DA)(DG) (DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC) (DA)(DG)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DC) (DG)(DA)(DT)(DA)(DG)(DG)(DC)

-
分子 #6: Widom 601 sequence

分子名称: Widom 601 sequence / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 49.606586 KDa
配列文字列: (DG)(DC)(DC)(DT)(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT) (DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT) (DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC) (DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA) (DG) (DG)(DG)(DA)(DG)(DT) ...文字列:
(DG)(DC)(DC)(DT)(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT) (DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT) (DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC) (DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA) (DG) (DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT) (DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG) (DG)(DT) (DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG) (DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG) (DC)(DG)(DC) (DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT) (DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC) (DG)(DG)(DT)(DG) (DC)(DT)(DA)(DG)(DA) (DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG) (DA)(DC)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DA) (DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG) (DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC) (DA)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.04 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: 3 uL were applied on grid and immediately blotted for 2.5 s at blot force 0..

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 33998 / 平均露光時間: 2.2 sec. / 平均電子線量: 45.0 e/Å2 / 詳細: Total dose was fractionated over 40 movie frames.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 2001174
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.7.1) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Ab initio reconstruction computed from the data
最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.7.1) / 使用した粒子像数: 15740
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.7.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.7.1) / 詳細: Local refinement in CryoSPARC
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.7.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

8b0a

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

8b0a

chain_id: B, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

8b0a

chain_id: C, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

8b0a

chain_id: D, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

8b0a

chain_id: E, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

8b0a

chain_id: F, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

8b0a

chain_id: G, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

8b0a

chain_id: H, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

8b0a

chain_id: I, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

8b0a

chain_id: J, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

1-v4

chain_id: K, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9t4v:
Activation intermediate of ALC1/CHD1L bound to a PARylated nucleosome

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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