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- EMDB-55379: Nutrient deprived rat neuronal 80S ribosome state - hibernating III -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-55379
タイトルNutrient deprived rat neuronal 80S ribosome state - hibernating III
マップデータ
試料
  • 細胞: Primary cultured rat hippocampal neurons
キーワードComplex / Translation / Neuron / RIBOSOME
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.4 Å
データ登録者Schwarz A / Schuman EM
資金援助 ドイツ, European Union, 3件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALT 836-2020European Union
European Research Council (ERC)101054512European Union
引用ジャーナル: Science / 年: 2026
タイトル: Ribosomal RNA expansion segments mediate the oligomerization of inactive animal ribosomes.
著者: Andre Schwarz / Mara Mueller / Helene Will / Lea Dietrich / Stefano L Giandomenico / Georgi Tushev / Ina Bartnik / Iskander Khusainov / Claudia M Fusco / Erin M Schuman /
要旨: Cells down-regulate protein synthesis when stressed to conserve energy and shift resources toward repair. We found that in some mammalian cells, including neurons, stress also resulted in the ...Cells down-regulate protein synthesis when stressed to conserve energy and shift resources toward repair. We found that in some mammalian cells, including neurons, stress also resulted in the formation of inactive ribosome-ribosome clusters (disomes). We used cryo-electron tomography (cryo-ET) to visualize ribosomes in situ and observed that this ribosome dimerization was mediated by a homotypic interaction of the ribosomal RNA (rRNA) expansion segment ES31Lb. ES31Lb interactions were both necessary and sufficient for disome formation and conferred a growth advantage and stress resistance to brain cells. ES31Lb is predicted to homodimerize in ~20% of chordates, including variants in both chicken and human. Cryo-ET analysis of chicken tetrasomes revealed an interaction between ES31Lb and ES9La. Thus, in animal cells, translation regulation can use a flexible component of the protein synthesis machinery-rRNA expansion segments.
履歴
登録2025年10月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年2月25日-
マップ公開2026年2月25日-
更新2026年3月4日-
現状2026年3月4日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_55379.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_55379.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 18.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.68 Å/pix.
x 168 pix.
= 450.576 Å		2.68 Å/pix.
x 168 pix.
= 450.576 Å		2.68 Å/pix.
x 168 pix.
= 450.576 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.682 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-0.88155586 - 1.4983096
平均 (標準偏差)0.0070269103 (±0.07040914)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ168168168
Spacing168168168
セルA=B=C: 450.576 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_55379_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_55379_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_55379_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Primary cultured rat hippocampal neurons

全体名称: Primary cultured rat hippocampal neurons
要素
  • 細胞: Primary cultured rat hippocampal neurons

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超分子 #1: Primary cultured rat hippocampal neurons

超分子名称: Primary cultured rat hippocampal neurons / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: nutrient deprived (E4 Buffer)
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 器官: brain / 組織: hippocampus

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
詳細: 120 mM NaCl, 3 mM KCl, 10 mM D-Glucose, 10 mM HEPES (1 M solution, Gibco 15630-056), pH adjusted to 7.4 with 1 M NaOH, supplemented with 2 mM MgSO4 and 2 mM CaCl2 on the day of the experiment) ...詳細: 120 mM NaCl, 3 mM KCl, 10 mM D-Glucose, 10 mM HEPES (1 M solution, Gibco 15630-056), pH adjusted to 7.4 with 1 M NaOH, supplemented with 2 mM MgSO4 and 2 mM CaCl2 on the day of the experiment), lacking the amino acids, vitamins and other nutrients present in B27 and GlutaMAX
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 70 % / チャンバー内温度: 310 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: 10s blotting time, Whatman filter paper #1.
詳細This sample was grown on EM grids, coated with poly-D-lysine, at a density of 140,000 cells/ml in E4 buffer (nutrient deprived)

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
温度最低: 90.0 K / 最高: 95.0 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均露光時間: 0.45 sec. / 平均電子線量: 2.1 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 倍率（公称値）: 33000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
ソフトウェア: (名称: RELION (ver. 3.1), M (ver. 1.0.9))
使用したサブトモグラム数: 65457
抽出トモグラム数: 341 / 使用した粒子像数: 183530
参照モデル: low resolution STA of manually picked particles
手法: STOPGAP template matching / ソフトウェア - 名称: Warp (ver. 1.0.9) / 詳細: picked in deconvolved tomograms
CTF補正ソフトウェア: (名称: Warp (ver. 1.0.9), RELION (ver. 3.1))
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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