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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5536 | |||||||||
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タイトル | Visualization of Bacteriophage T7 Infection by Cryo-Electron Tomography | |||||||||
マップデータ | Asymmetric reconstruction of bacteriophage fiberless virion | |||||||||
試料 |
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キーワード | Bacteriophage infection E. coli minicell DNA ejection | |||||||||
生物種 | Enterobacteria phage T7 (ファージ) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 40.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Hu B / Margolin W / Molineux IJ / Liu J | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2013 タイトル: The bacteriophage t7 virion undergoes extensive structural remodeling during infection. 著者: Bo Hu / William Margolin / Ian J Molineux / Jun Liu / 要旨: Adsorption and genome ejection are fundamental to the bacteriophage life cycle, yet their molecular mechanisms are not well understood. We used cryo-electron tomography to capture T7 virions at ...Adsorption and genome ejection are fundamental to the bacteriophage life cycle, yet their molecular mechanisms are not well understood. We used cryo-electron tomography to capture T7 virions at successive stages of infection of Escherichia coli minicells at ~4-nm resolution. The six phage tail fibers were folded against the capsid, extending and orienting symmetrically only after productive adsorption to the host cell surface. Receptor binding by the tail triggered conformational changes resulting in the insertion of an extended tail, which functions as the DNA ejection conduit into the cell cytoplasm. After ejection, the extended phage tail collapsed or disassembled, which allowed resealing of the infected cell membrane. These structural studies provide a detailed series of intermediates during phage infection. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5536.map.gz | 12.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5536-v30.xml emd-5536.xml | 10.2 KB 10.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5536.jpg | 205.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5536 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5536 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_5536_validation.pdf.gz | 78.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_5536_full_validation.pdf.gz | 77.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_5536_validation.xml.gz | 493 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5536 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5536 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5536.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 13.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Asymmetric reconstruction of bacteriophage fiberless virion | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 5.7 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Bacteriophage T7 fiberless virion
全体 | 名称: Bacteriophage T7 fiberless virion |
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要素 |
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-超分子 #1000: Bacteriophage T7 fiberless virion
超分子 | 名称: Bacteriophage T7 fiberless virion / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
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-超分子 #1: Enterobacteria phage T7
超分子 | 名称: Enterobacteria phage T7 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Bacteriophage T7 mutant / NCBI-ID: 10760 / 生物種: Enterobacteria phage T7 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: Bacteriophage T7 mutant |
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宿主 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA) |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: capsid / 直径: 600 Å |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.8 / 詳細: 50 mM Tris-HCl, 10 mM MgCl2, 0.1 M NaCl |
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グリッド | 詳細: 200 mesh grid |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 100 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 手法: Blot for 3 seconds before plunging. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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温度 | 最低: 90 K / 最高: 100 K / 平均: 95 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 200,000x magnification |
日付 | 2011年7月17日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GENERIC TVIPS (4k x 4k) 平均電子線量: 100 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 6.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 倍率(公称値): 31000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Liquid Nitrogen cooled / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt series - Axis1 - Min angle: -64 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 64 ° |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | The particles were manually selected from cryo-tomograms. |
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最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 40.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMOD, Raptor, Protomo / 使用したサブトモグラム数: 1945 |
CTF補正 | 詳細: No CTF correction |
最終 3次元分類 | クラス数: 4 |