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- EMDB-5525: Electron cryo-microscopy of ABC BmrA in 12-fold symmetry rings -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5525
タイトルElectron cryo-microscopy of ABC BmrA in 12-fold symmetry rings
マップデータReconstruction of BmrA in a lipidic environment. Reconstruction is D12 symmetrized. 24 homodimers of BmrA are inserted into a lipid bilayer.
試料
  • 試料: BmrA reconstituted at high density into lipid bilayer.
  • タンパク質・ペプチド: BmrA
キーワードABC transporter / exporter / bmra / yvcc / transmembrane protein / reconstitution into lipids / membrane protein
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 23.0 Å
データ登録者Fribourg PF / Chami M / Sorzano CO / Gubellini F / Marabini R / Marco S / Jault JM / Levy D
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2014
タイトル: 3D cryo-electron reconstruction of BmrA, a bacterial multidrug ABC transporter in an inward-facing conformation and in a lipidic environment.
著者: Pierre Frederic Fribourg / Mohamed Chami / Carlos Oscar S Sorzano / Francesca Gubellini / Roberto Marabini / Sergio Marco / Jean-Michel Jault / Daniel Lévy /
要旨: ABC (ATP-binding cassette) membrane exporters are efflux transporters of a wide diversity of molecule across the membrane at the expense of ATP. A key issue regarding their catalytic cycle is whether ...ABC (ATP-binding cassette) membrane exporters are efflux transporters of a wide diversity of molecule across the membrane at the expense of ATP. A key issue regarding their catalytic cycle is whether or not their nucleotide-binding domains (NBDs) are physically disengaged in the resting state. To settle this controversy, we obtained structural data on BmrA, a bacterial multidrug homodimeric ABC transporter, in a membrane-embedded state. BmrA in the apostate was reconstituted in lipid bilayers forming a mixture of ring-shaped structures of 24 or 39 homodimers. Three-dimensional models of the ring-shaped structures of 24 or 39 homodimers were calculated at 2.3 nm and 2.5 nm resolution from cryo-electron microscopy, respectively. In these structures, BmrA adopts an inward-facing open conformation similar to that found in mouse P-glycoprotein structure with the NBDs separated by 3 nm. Both lipidic leaflets delimiting the transmembrane domains of BmrA were clearly resolved. In planar membrane sheets, the NBDs were even more separated. BmrA in an ATP-bound conformation was determined from two-dimensional crystals grown in the presence of ATP and vanadate. A projection map calculated at 1.6 nm resolution shows an open outward-facing conformation. Overall, the data are consistent with a mechanism of drug transport involving large conformational changes of BmrA and show that a bacterial ABC exporter can adopt at least two open inward conformations in lipid membrane.
履歴
登録2012年11月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年11月21日-
マップ公開2012年11月21日-
更新2014年5月14日-
現状2014年5月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.029
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.029
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5525.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5525.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 29.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of BmrA in a lipidic environment. Reconstruction is D12 symmetrized. 24 homodimers of BmrA are inserted into a lipid bilayer.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.5 Å/pix.
x 200 pix.
= 500. Å		2.5 Å/pix.
x 200 pix.
= 500. Å		2.5 Å/pix.
x 200 pix.
= 500. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.5 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.029 / ムービー #1: 0.029
最小 - 最大-0.03243274 - 0.06041811
平均 (標準偏差)0.00049039 (±0.01073864)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 500.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.52.52.5
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z500.000500.000500.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-5029166
NX/NY/NZ106122134
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.0320.0600.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : BmrA reconstituted at high density into lipid bilayer.

全体名称: BmrA reconstituted at high density into lipid bilayer.
要素
  • 試料: BmrA reconstituted at high density into lipid bilayer.
  • タンパク質・ペプチド: BmrA

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超分子 #1000: BmrA reconstituted at high density into lipid bilayer.

超分子名称: BmrA reconstituted at high density into lipid bilayer.
タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: 24 Homodimers of BmrA inserted into lipid bilayer
Number unique components: 1
分子量実験値: 3.12 MDa / 理論値: 3.12 MDa

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分子 #1: BmrA

分子名称: BmrA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: YvcC / 詳細: 24 homodimers of inserted into lipid bilayer / コピー数: 24 / 集合状態: Dimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量実験値: 3.12 MDa / 理論値: 3.12 MDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.8 / 詳細: 50mM HEPES, 100mM NaCl
グリッド詳細: Ted Pella inc. holey formvar grid
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: specimen linked to a Ni++-NTA-DOGS/DOPC lipid monolayer
手法: Blot for 3 seconds before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG
日付2003年1月1日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: NIKON COOLSCAN / 実像数: 102 / 平均電子線量: 15 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 50000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

詳細Xmipp CL2D classification and Projection matching refinement with Invert Fourier 3D reconstruction
CTF補正詳細: Micrograph based
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Xmipp / 使用した粒子像数: 1188

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3g61

ソフトウェア名称: Chimera
詳細Protocol: Rigid body
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Cross correlation factor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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