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- EMDB-5509: Dissecting the in vivo assembly of the 30S ribosomal subunit reve... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5509
タイトルDissecting the in vivo assembly of the 30S ribosomal subunit reveals the role of RimM
マップデータThe map has been normalized to N(0,1)
試料
  • 試料: immature ribosomal small subunit from rimm gene deleted E.coli strain treated with RimM in vitro
  • 複合体: small subunit from rimm gene deleted E.coli strain
  • タンパク質・ペプチド: RimM
キーワードRibosome biogenesis / 30S subunit assembly / RimM
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16.5 Å
データ登録者Guo Q / Goto S / Chen Y / Muto A / Himeno H / Deng H / Lei J / Gao N
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2013
タイトル: Dissecting the in vivo assembly of the 30S ribosomal subunit reveals the role of RimM and general features of the assembly process.
著者: Qiang Guo / Simon Goto / Yuling Chen / Boya Feng / Yanji Xu / Akira Muto / Hyouta Himeno / Haiteng Deng / Jianlin Lei / Ning Gao /
要旨: Ribosome biogenesis is a tightly regulated, multi-stepped process. The assembly of ribosomal subunits is a central step of the complex biogenesis process, involving nearly 30 protein factors in vivo ...Ribosome biogenesis is a tightly regulated, multi-stepped process. The assembly of ribosomal subunits is a central step of the complex biogenesis process, involving nearly 30 protein factors in vivo in bacteria. Although the assembly process has been extensively studied in vitro for over 40 years, very limited information is known for the in vivo process and specific roles of assembly factors. Such an example is ribosome maturation factor M (RimM), a factor involved in the late-stage assembly of the 30S subunit. Here, we combined quantitative mass spectrometry and cryo-electron microscopy to characterize the in vivo 30S assembly intermediates isolated from mutant Escherichia coli strains with genes for assembly factors deleted. Our compositional and structural data show that the assembly of the 3'-domain of the 30S subunit is severely delayed in these intermediates, featured with highly underrepresented 3'-domain proteins and large conformational difference compared with the mature 30S subunit. Further analysis indicates that RimM functions not only to promote the assembly of a few 3'-domain proteins but also to stabilize the rRNA tertiary structure. More importantly, this study reveals intriguing similarities and dissimilarities between the in vitro and the in vivo assembly pathways, suggesting that they are in general similar but with subtle differences.
履歴
登録2012年9月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年12月12日-
マップ公開2013年1月16日-
更新2013年3月6日-
現状2013年3月6日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: -2.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: -2.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3j2g
  • 表面レベル: -2.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_5509.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5509.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The map has been normalized to N(0,1)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3 Å/pix.
x 125 pix.
= 375. Å		3 Å/pix.
x 125 pix.
= 375. Å		3 Å/pix.
x 125 pix.
= 375. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: -2.3 / ムービー #1: -2.3
最小 - 最大-7.20246601 - 4.70446777
平均 (標準偏差)-4.3769269 (±0.60054141)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-62-62-62
サイズ125125125
Spacing125125125
セルA=B=C: 375.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z333
M x/y/z125125125
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z375.000375.000375.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-5029166
NX/NY/NZ106122134
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-62-62-62
NC/NR/NS125125125
D min/max/mean-7.2024.704-4.377

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : immature ribosomal small subunit from rimm gene deleted E.coli st...

全体名称: immature ribosomal small subunit from rimm gene deleted E.coli strain treated with RimM in vitro
要素
  • 試料: immature ribosomal small subunit from rimm gene deleted E.coli strain treated with RimM in vitro
  • 複合体: small subunit from rimm gene deleted E.coli strain
  • タンパク質・ペプチド: RimM

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超分子 #1000: immature ribosomal small subunit from rimm gene deleted E.coli st...

超分子名称: immature ribosomal small subunit from rimm gene deleted E.coli strain treated with RimM in vitro
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1
分子量実験値: 800 KDa / 理論値: 800 KDa

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超分子 #1: small subunit from rimm gene deleted E.coli strain

超分子名称: small subunit from rimm gene deleted E.coli strain / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: immature 30S / 組換発現: No / データベース: NCBI / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: SSU 30S
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量実験値: 800 KDa / 理論値: 800 KDa

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分子 #1: RimM

分子名称: RimM / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 組換プラスミド: pET28b

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 150 mM NH4Cl,10mM Tris-HCL,10mM MgCl2
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot for 1 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
日付2012年1月1日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / 平均電子線量: 20 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細This is a classification volume (No. 4) using ML3D methods.
CTF補正詳細: Weiner filter
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 使用した粒子像数: 25631

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3ofa
PDB 未公開エントリ


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: MDFF
詳細Protocol: Initial local fitting was done using Chimera and then MDFF was used for flexible fitting. ref: Trabuco, L.G., Villa, E., Mitra, K., Frank, J. and Schulten, K. (2008) Flexible fitting of atomic structures into electron microscopy maps using molecular dynamics. Structure, 16, 673-683
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: Cross-correlation
得られたモデル

PDB-3j2g:
Dissecting the in vivo assembly of the 30S ribosomal subunit reveals the role of RimM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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