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万見
- EMDB-5505: Hexameric structure of the conjugative VirB4 ATPase TrwK: new ins... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5505
タイトルHexameric structure of the conjugative VirB4 ATPase TrwK: new insights into a functional and phylogenetic relationship with DNA translocases
マップデータReconstruction of hexameric TrwK
試料
  • 試料: Hexameric TrwK
  • タンパク質・ペプチド: VirB4 component of type IV transporter system
キーワードbacterial secretion systems / conjugation
機能・相同性CagE, TrbE, VirB component of type IV transporter system / ATP binding
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Pena A / Matilla I / Martin-Benito J / Valpuesta JM / Carrascosa JL / De la Cruz F / Cabezon E / Arechaga I
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2012
タイトル: The hexameric structure of a conjugative VirB4 protein ATPase provides new insights for a functional and phylogenetic relationship with DNA translocases.
著者: Alejandro Peña / Inmaculada Matilla / Jaime Martín-Benito / José M Valpuesta / José L Carrascosa / Fernando de la Cruz / Elena Cabezón / Ignacio Arechaga /
要旨: VirB4 proteins are ATPases essential for pilus biogenesis and protein transport in type IV secretion systems. These proteins contain a motor domain that shares structural similarities with the motor ...VirB4 proteins are ATPases essential for pilus biogenesis and protein transport in type IV secretion systems. These proteins contain a motor domain that shares structural similarities with the motor domains of DNA translocases, such as the VirD4/TrwB conjugative coupling proteins and the chromosome segregation pump FtsK. Here, we report the three-dimensional structure of full-length TrwK, the VirB4 homologue in the conjugative plasmid R388, determined by single-particle electron microscopy. The structure consists of a hexameric double ring with a barrel-shaped structure. The C-terminal half of VirB4 proteins shares a striking structural similarity with the DNA translocase TrwB. Docking the atomic coordinates of the crystal structures of TrwB and FtsK into the EM map revealed a better fit for FtsK. Interestingly, we have found that like TrwB, TrwK is able to bind DNA with a higher affinity for G4 quadruplex structures than for single-stranded DNA. Furthermore, TrwK exerts a dominant negative effect on the ATPase activity of TrwB, which reflects an interaction between the two proteins. Our studies provide new insights into the structure-function relationship and the evolution of these DNA and protein translocases.
履歴
登録2012年9月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年10月10日-
マップ公開2012年10月24日-
更新2012年11月28日-
現状2012年11月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5505.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5505.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 602.5 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of hexameric TrwK
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.66 Å/pix.
x 54 pix.
= 251.64 Å		4.66 Å/pix.
x 54 pix.
= 251.64 Å		4.66 Å/pix.
x 54 pix.
= 251.64 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.66 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.07715909 - 0.11468405
平均 (標準偏差)0.00622329 (±0.02549224)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ545454
Spacing545454
セルA=B=C: 251.63998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.664.664.66
M x/y/z545454
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z251.640251.640251.640
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-5029166
NX/NY/NZ106122134
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS545454
D min/max/mean-0.0770.1150.006

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Hexameric TrwK

全体名称: Hexameric TrwK
要素
  • 試料: Hexameric TrwK
  • タンパク質・ペプチド: VirB4 component of type IV transporter system

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超分子 #1000: Hexameric TrwK

超分子名称: Hexameric TrwK / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: hexameric / Number unique components: 1
分子量理論値: 540 KDa

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分子 #1: VirB4 component of type IV transporter system

分子名称: VirB4 component of type IV transporter system / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: VirB4 / 集合状態: Hexamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 540 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pET
配列GO: ATP binding
InterPro: CagE, TrbE, VirB component of type IV transporter system

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 6.45
詳細: 50 mM PIPES-NaOH, 75 mM potassium acetate, 5% (w/v) glycerol, 10 mM magnesium acetate, 0.1 mM EDTA, and 0.5 mM phenylmethylsulfonyl fluoride.
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Samples were negatively stained with 2% (w/v) uranyl acetate
グリッド詳細: freshly glow-discharged carbon-coated grids
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 1200EXII
日付2011年12月11日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / 平均電子線量: 20 e/Å2
電子線加速電圧: 100 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 5.6 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL

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画像解析

CTF補正詳細: Yes
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: XMIPP / 使用した粒子像数: 1179

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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