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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5505 | |||||||||
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タイトル | Hexameric structure of the conjugative VirB4 ATPase TrwK: new insights into a functional and phylogenetic relationship with DNA translocases | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of hexameric TrwK | |||||||||
試料 |
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キーワード | bacterial secretion systems / conjugation | |||||||||
機能・相同性 | CagE, TrbE, VirB component of type IV transporter system / ATP binding 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Pena A / Matilla I / Martin-Benito J / Valpuesta JM / Carrascosa JL / De la Cruz F / Cabezon E / Arechaga I | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2012 タイトル: The hexameric structure of a conjugative VirB4 protein ATPase provides new insights for a functional and phylogenetic relationship with DNA translocases. 著者: Alejandro Peña / Inmaculada Matilla / Jaime Martín-Benito / José M Valpuesta / José L Carrascosa / Fernando de la Cruz / Elena Cabezón / Ignacio Arechaga / 要旨: VirB4 proteins are ATPases essential for pilus biogenesis and protein transport in type IV secretion systems. These proteins contain a motor domain that shares structural similarities with the motor ...VirB4 proteins are ATPases essential for pilus biogenesis and protein transport in type IV secretion systems. These proteins contain a motor domain that shares structural similarities with the motor domains of DNA translocases, such as the VirD4/TrwB conjugative coupling proteins and the chromosome segregation pump FtsK. Here, we report the three-dimensional structure of full-length TrwK, the VirB4 homologue in the conjugative plasmid R388, determined by single-particle electron microscopy. The structure consists of a hexameric double ring with a barrel-shaped structure. The C-terminal half of VirB4 proteins shares a striking structural similarity with the DNA translocase TrwB. Docking the atomic coordinates of the crystal structures of TrwB and FtsK into the EM map revealed a better fit for FtsK. Interestingly, we have found that like TrwB, TrwK is able to bind DNA with a higher affinity for G4 quadruplex structures than for single-stranded DNA. Furthermore, TrwK exerts a dominant negative effect on the ATPase activity of TrwB, which reflects an interaction between the two proteins. Our studies provide new insights into the structure-function relationship and the evolution of these DNA and protein translocases. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5505.map.gz | 571 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5505-v30.xml emd-5505.xml | 9.6 KB 9.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5505.tif | 8.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5505 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5505 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_5505_validation.pdf.gz | 79.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_5505_full_validation.pdf.gz | 78.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_5505_validation.xml.gz | 493 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5505 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5505 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5505.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 602.5 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of hexameric TrwK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.66 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Hexameric TrwK
全体 | 名称: Hexameric TrwK |
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要素 |
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-超分子 #1000: Hexameric TrwK
超分子 | 名称: Hexameric TrwK / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: hexameric / Number unique components: 1 |
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分子量 | 理論値: 540 KDa |
-分子 #1: VirB4 component of type IV transporter system
分子 | 名称: VirB4 component of type IV transporter system / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: VirB4 / 集合状態: Hexamer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 540 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pET |
配列 | GO: ATP binding InterPro: CagE, TrbE, VirB component of type IV transporter system |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 6.45 詳細: 50 mM PIPES-NaOH, 75 mM potassium acetate, 5% (w/v) glycerol, 10 mM magnesium acetate, 0.1 mM EDTA, and 0.5 mM phenylmethylsulfonyl fluoride. |
染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: Samples were negatively stained with 2% (w/v) uranyl acetate |
グリッド | 詳細: freshly glow-discharged carbon-coated grids |
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 1200EXII |
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日付 | 2011年12月11日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / 平均電子線量: 20 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 100 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 5.6 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm / 倍率(公称値): 60000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: JEOL |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Yes |
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最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: XMIPP / 使用した粒子像数: 1179 |