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万見
- EMDB-5495: Cryo-EM reconstruction of Sputnik virus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5495
タイトルCryo-EM reconstruction of Sputnik virus
マップデータReconstruction of Sputnik virus full particles at 3.5A resolution
試料
  • 試料: Sputnik
  • ウイルス: Sputnik virophage (スプートニクヴィロファージ)
キーワードJelly roll structure / major capsid protein / penton protein / minor capsid protein
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / : / Sputnik minor capsid protein V18/19 / Sputnik virophage major capsid protein 1st domain / : / Major capsid protein V20 C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative capsid protein V20 / Minor virion protein
類似検索 - 構成要素
生物種Sputnik virophage (スプートニクヴィロファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Zhang XZ / Sun SY / Xiang Y / Wong J / Klose T / Raoult D / Rossmann MG
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2012
タイトル: Structure of Sputnik, a virophage, at 3.5-Å resolution.
著者: Xinzheng Zhang / Siyang Sun / Ye Xiang / Jimson Wong / Thomas Klose / Didier Raoult / Michael G Rossmann /
要旨: "Sputnik" is a dsDNA virus, referred to as a virophage, that is coassembled with Mimivirus in the host amoeba. We have used cryo-EM to produce an electron density map of the icosahedral Sputnik virus ..."Sputnik" is a dsDNA virus, referred to as a virophage, that is coassembled with Mimivirus in the host amoeba. We have used cryo-EM to produce an electron density map of the icosahedral Sputnik virus at 3.5-Å resolution, sufficient to verify the identity of most amino acids in the capsid proteins and to establish the identity of the pentameric protein forming the fivefold vertices. It was also shown that the virus lacks an internal membrane. The capsid is organized into a T = 27 lattice in which there are 260 trimeric capsomers and 12 pentameric capsomers. The trimeric capsomers consist of three double "jelly-roll" major capsid proteins creating pseudohexameric capsomer symmetry. The pentameric capsomers consist of five single jelly-roll proteins. The release of the genome by displacing one or more of the pentameric capsomers may be the result of a low-pH environment. These results suggest a mechanism of Sputnik DNA ejection that probably also occurs in other big icosahedral double jelly-roll viruses such as Adenovirus. In this study, the near-atomic resolution structure of a virus has been established where crystallization for X-ray crystallography was not feasible.
履歴
登録2012年9月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年9月26日-
マップ公開2012年10月24日-
更新2012年11月14日-
現状2012年11月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3j26
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3j26
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3j26
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5495_1.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5495.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 843.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of Sputnik virus full particles at 3.5A resolution
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 384 pix.
= 422.4 Å		1.1 Å/pix.
x 768 pix.
= 844.8 Å		1.1 Å/pix.
x 768 pix.
= 844.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.0 / ムービー #1: 2
最小 - 最大-2.14440989 - 21.699911119999999
平均 (標準偏差)0.10871017 (±1.24200082)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-384-3840
サイズ768768384
Spacing768768384
セルA: 844.80005 Å / B: 844.80005 Å / C: 422.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.11.11.1
M x/y/z768768384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z844.800844.800422.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-5029166
NX/NY/NZ106122134
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-384-3840
NC/NR/NS768768384
D min/max/mean-2.14421.7000.109

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Sputnik

全体名称: Sputnik
要素
  • 試料: Sputnik
  • ウイルス: Sputnik virophage (スプートニクヴィロファージ)

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超分子 #1000: Sputnik

超分子名称: Sputnik / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: Sputnik virophage

超分子名称: Sputnik virophage / タイプ: virus / ID: 1 / 詳細: Sputnik virus full particle / NCBI-ID: 543939 / 生物種: Sputnik virophage / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: SATELLITE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Acanthamoeba (真核生物) / 別称: PROTOZOA
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Vp20 / 直径: 750 Å / T番号(三角分割数): 27

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7 / 詳細: PBS
グリッド詳細: 400 mesh Cu grid (c-flat), 1.2 um hole, glow discharged
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 100 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 手法: blot 6 seconds

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
アライメント法Legacy - 非点収差: corrected at 250,000 magnification
日付2011年1月1日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 6.35 µm / 平均電子線量: 22 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.1 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Using EMAN
CTF補正詳細: each particle
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN, Frealign / 使用した粒子像数: 12000
最終 角度割当詳細: EMAN

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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