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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5472 | |||||||||
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タイトル | Dynamics in Cryo EM Reconstructions Visualized with Maximum-Likelihood Derived Variance Maps | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM reconstruction of Nudaurelia capensis omega virus (NwV) capsid at 4hr time point following maturation initiation | |||||||||
試料 |
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キーワード | time-resolved / single particle reconstruction / virus maturation / protein folding / quasi-equivalence / cryo electron microscopy / Nudaurelia Capensis Omega Virus / maximum likelihood estimation / expectation maximization algorithm / heterogeneous particles / variance map | |||||||||
生物種 | Nudaurelia capensis omega virus (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 21.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang Q / Matsui T / Domitrovic T / Zheng Y / Doerschuk PC / Johnson JE | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2013 タイトル: Dynamics in cryo EM reconstructions visualized with maximum-likelihood derived variance maps. 著者: Qiu Wang / Tsutomu Matsui / Tatiana Domitrovic / Yili Zheng / Peter C Doerschuk / John E Johnson / 要旨: CryoEM data capture the dynamic character associated with biological macromolecular assemblies by preserving the various conformations of the individual specimens at the moment of flash freezing. ...CryoEM data capture the dynamic character associated with biological macromolecular assemblies by preserving the various conformations of the individual specimens at the moment of flash freezing. Regions of high variation in the data set are apparent in the image reconstruction due to the poor density that results from the lack of superposition of these regions. These observations are qualitative and, to date, only preliminary efforts have been made to quantitate the heterogeneity in the ensemble of particles that are individually imaged. We developed and tested a quantitative method for simultaneously computing a reconstruction of the particle and a map of the space-varying heterogeneity of the particle based on an entire data set. The method uses a maximum likelihood algorithm that explicitly takes into account the continuous variability from one instance to another instance of the particle. The result describes the heterogeneity of the particle as a variance to be plotted at every voxel of the reconstructed density. The test, employing time resolved data sets of virus maturation, not only recapitulated local variations obtained with difference map analysis, but revealed a remarkable time dependent reduction in the overall particle dynamics that was unobservable with classical methods of analysis. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5472.map.gz | 8.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5472-v30.xml emd-5472.xml | 8.2 KB 8.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5472_1.jpg | 161.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5472 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5472 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_5472_validation.pdf.gz | 78.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_5472_full_validation.pdf.gz | 77.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_5472_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5472 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5472 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5472.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 29.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM reconstruction of Nudaurelia capensis omega virus (NwV) capsid at 4hr time point following maturation initiation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.768 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Nudaurelia capensis omega virus (NwV) capsid at 4hr time point fo...
全体 | 名称: Nudaurelia capensis omega virus (NwV) capsid at 4hr time point following maturation initiation |
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要素 |
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-超分子 #1000: Nudaurelia capensis omega virus (NwV) capsid at 4hr time point fo...
超分子 | 名称: Nudaurelia capensis omega virus (NwV) capsid at 4hr time point following maturation initiation タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Icosahedral virus / Number unique components: 1 |
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-超分子 #1: Nudaurelia capensis omega virus
超分子 | 名称: Nudaurelia capensis omega virus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: NwV (N omega V) / NCBI-ID: 12541 / 生物種: Nudaurelia capensis omega virus / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: NwV (N omega V) |
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宿主 | 生物種: Lepidoptera (昆虫) / 別称: INVERTEBRATES |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 400 Å / T番号(三角分割数): 4 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK I |
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-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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日付 | 2008年2月13日 |
撮影 | 詳細: Data were collected using the Leginon automated electron microscopy package and data processing was performed using the Appion pipeline. |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | The reconstruction uses a maximum likelihood algorithm that explicitly takes into account the continuous variability from one instance to another instance of the particle. |
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CTF補正 | 詳細: Each image |
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 21.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1200 |