[日本語] English
万見
- EMDB-5448: Cryo-tomography and subtomogram averaging of the Newcastle diseas... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5448
タイトルCryo-tomography and subtomogram averaging of the Newcastle disease virus matrix protein array
マップデータSubtomogram average of Newcastle disease virus matrix protein
試料
  • 試料: Newcastle disease virus matrix protein array from subtomogram averaging
  • ウイルス: Newcastle disease virus (ウイルス)
キーワードvirus assembly / matrix protein / pleomorphic virus structure / paramyxovirus / viral membrane / cryo-tomography
生物種Newcastle disease virus (ウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 45.6 Å
データ登録者Battisti AJ / Meng G / Winkler DC / McGinnes LW / Plevka P / Steven AC / Morrison TG / Rossmann MG
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2012
タイトル: Structure and assembly of a paramyxovirus matrix protein.
著者: Anthony J Battisti / Geng Meng / Dennis C Winkler / Lori W McGinnes / Pavel Plevka / Alasdair C Steven / Trudy G Morrison / Michael G Rossmann /
要旨: Many pleomorphic, lipid-enveloped viruses encode matrix proteins that direct their assembly and budding, but the mechanism of this process is unclear. We have combined X-ray crystallography and ...Many pleomorphic, lipid-enveloped viruses encode matrix proteins that direct their assembly and budding, but the mechanism of this process is unclear. We have combined X-ray crystallography and cryoelectron tomography to show that the matrix protein of Newcastle disease virus, a paramyxovirus and relative of measles virus, forms dimers that assemble into pseudotetrameric arrays that generate the membrane curvature necessary for virus budding. We show that the glycoproteins are anchored in the gaps between the matrix proteins and that the helical nucleocapsids are associated in register with the matrix arrays. About 90% of virions lack matrix arrays, suggesting that, in agreement with previous biological observations, the matrix protein needs to dissociate from the viral membrane during maturation, as is required for fusion and release of the nucleocapsid into the host's cytoplasm. Structure and sequence conservation imply that other paramyxovirus matrix proteins function similarly.
履歴
登録2012年7月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年8月1日-
マップ公開2012年8月15日-
更新2012年8月22日-
現状2012年8月22日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 2.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5448.tif

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5448.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Subtomogram average of Newcastle disease virus matrix protein
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
7.5 Å/pix.
x 25 pix.
= 187.5 Å		7.5 Å/pix.
x 105 pix.
= 787.5 Å		7.5 Å/pix.
x 105 pix.
= 787.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 7.5 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.4 / ムービー #1: 2.4
最小 - 最大-3.50328827 - 8.704774860000001
平均 (標準偏差)0.0 (±0.99999994)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-52-52-12
サイズ10510525
Spacing10510525
セルA: 787.5 Å / B: 787.5 Å / C: 187.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z7.57.57.5
M x/y/z10510525
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z787.500787.500187.500
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-150-1500
NX/NY/NZ301301151
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-52-52-12
NC/NR/NS10510525
D min/max/mean-3.5038.7050.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Newcastle disease virus matrix protein array from subtomogram ave...

全体名称: Newcastle disease virus matrix protein array from subtomogram averaging
要素
  • 試料: Newcastle disease virus matrix protein array from subtomogram averaging
  • ウイルス: Newcastle disease virus (ウイルス)

-
超分子 #1000: Newcastle disease virus matrix protein array from subtomogram ave...

超分子名称: Newcastle disease virus matrix protein array from subtomogram averaging
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: an array of dimers / Number unique components: 1
分子量理論値: 76 KDa

-
超分子 #1: Newcastle disease virus

超分子名称: Newcastle disease virus / タイプ: virus / ID: 1 / 詳細: Newcastle disease virus strain B1 / NCBI-ID: 11176 / 生物種: Newcastle disease virus / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Gallus gallus (ニワトリ) / 別称: VERTEBRATES

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法

-
試料調製

緩衝液pH: 8 / 詳細: 0.02 M Tris, 0.12 M NaCl, 0.001 M EDTA
グリッド詳細: 200 mesh holey carbon copper grids (Quantifoil Micro Tools, GmbH, Germany)
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 19,500 times magnification
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Tridiem GIF 863
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 30.0 eV
日付2010年10月19日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 1000 (2k x 2k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 15.0 µm / 実像数: 87 / 平均電子線量: 163 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 20000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 8.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 8.0 µm / 倍率（公称値）: 19500
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER / Tilt series - Axis1 - Min angle: -64.5 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 64.5 °
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

詳細Images aligned using colloidal gold fiducial markers and reconstructed using the weighted back-projection method as implemented in EMAN. Average number of tilts used in the 3D reconstructions: 87. Average tomographic tilt angle increment: 1.5.
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 45.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMOD, Uppsala_Software_Factory
詳細: Tomographic reconstruction showed an array of matrix protein subunits, which were averaged to reduce noise. Two-fold symmetry enforced for individual subunits. Membrane density masked out.

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4g1g


Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B
ソフトウェア名称: EMfit
詳細Protocol: Rigid body. 10 matrix protein dimers were simultaneously fitted into the matrix array density using EMfit
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: sumF, clash

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る