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万見
- EMDB-54420: In situ cryo-electron tomogram of rat hippocampal synapse -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-54420
タイトルIn situ cryo-electron tomogram of rat hippocampal synapse
マップデータ
試料
  • 細胞: primary hippocampal neurons
キーワードsynapse / synaptic vesicle / MEMBRANE PROTEIN
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Petrovic A / Do TT / Siegert A / Fernandez-Busnadiego R
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)1286 ドイツ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2026
タイトル: A correlative workflow for synaptic imaging by cryo-electron tomography.
著者: Thanh Thao Do / Anna Siegert / Florelle Domart / Fabienne Hahn / Christina Zeising / Sarah Muth / Constantin Pape / Kathrin Kusch / Thomas Dresbach / Silvio O Rizzoli / Arsen Petrovic / ...著者: Thanh Thao Do / Anna Siegert / Florelle Domart / Fabienne Hahn / Christina Zeising / Sarah Muth / Constantin Pape / Kathrin Kusch / Thomas Dresbach / Silvio O Rizzoli / Arsen Petrovic / Rubén Fernández-Busnadiego /
要旨: Despite decades of intense research, the molecular organization of the synapse is not well understood. To address this issue, we sought to develop a method for systematic imaging of synapses by cryo- ...Despite decades of intense research, the molecular organization of the synapse is not well understood. To address this issue, we sought to develop a method for systematic imaging of synapses by cryo-electron tomography (cryo-ET), a technology capable of mapping cellular architecture at molecular resolution. Thinning of cellular samples by cryo-focused ion beam milling is a prerequisite for high-quality cryo-ET imaging, but this process needs to be guided to the structures of interest. To allow synaptic targeting, we established a correlative cryo-light/electron microscopy approach by which synapses are fluorescently labeled in a minimally invasive manner, using a synthetic binder of the postsynaptic scaffold PSD-95 and antibodies against the presynaptic protein synaptotagmin-1. Cryo-ET imaging at sites of colocalization predominantly revealed excitatory synapses. Our method allows structural studies of synapse-resident protein complexes in situ, facilitating investigations of the molecular architecture of synapses.
履歴
登録2025年7月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年2月25日-
マップ公開2026年2月25日-
更新2026年4月8日-
現状2026年4月8日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_54420.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_54420.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.5 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
7.56 Å/pix.
x 375 pix.
= 2835. Å		7.56 Å/pix.
x 1024 pix.
= 7741.44 Å		7.56 Å/pix.
x 1024 pix.
= 7741.44 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 7.56 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-28.486519000000001 - 18.312498000000001
平均 (標準偏差)0.060014408 (±0.48429948)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ10241024375
Spacing10241024375
セルA: 7741.44 Å / B: 7741.44 Å / C: 2835.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : primary hippocampal neurons

全体名称: primary hippocampal neurons
要素
  • 細胞: primary hippocampal neurons

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超分子 #1: primary hippocampal neurons

超分子名称: primary hippocampal neurons / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: synapse
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: SILICON DIOXIDE / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細FIB-milled lamella of primary hippocampal neurons
Cryo protectant5% glycerol
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 / 集束イオンビーム - 電流: 0.05 / 集束イオンビーム - 時間: 3600 / 集束イオンビーム - 温度: 83 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 5000 / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 150
集束イオンビーム - 詳細: The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is Aquilos 2. This is not in a list of allowed values {'OTHER', 'DB235'} so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 平均電子線量: 3.24 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 3.0 µm / 倍率（補正後）: 64000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 倍率（公称値）: 64000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成ソフトウェア - 名称: IMOD (ver. 4.12) / 使用した粒子像数: 37
CTF補正タイプ: NONE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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