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Structure paper

タイトルA correlative workflow for synaptic imaging by cryo-electron tomography.
ジャーナル・号・ページStructure, Vol. 34, Issue 5, Page 839-852.e6, Year 2026
掲載日2026年5月7日
著者Thanh Thao Do / Anna Siegert / Florelle Domart / Fabienne Hahn / Christina Zeising / Sarah Muth / Constantin Pape / Kathrin Kusch / Thomas Dresbach / Silvio O Rizzoli / Arsen Petrovic / Rubén Fernández-Busnadiego /
PubMed 要旨Despite decades of intense research, the molecular organization of the synapse is not well understood. To address this issue, we sought to develop a method for systematic imaging of synapses by cryo- ...Despite decades of intense research, the molecular organization of the synapse is not well understood. To address this issue, we sought to develop a method for systematic imaging of synapses by cryo-electron tomography (cryo-ET), a technology capable of mapping cellular architecture at molecular resolution. Thinning of cellular samples by cryo-focused ion beam milling is a prerequisite for high-quality cryo-ET imaging, but this process needs to be guided to the structures of interest. To allow synaptic targeting, we established a correlative cryo-light/electron microscopy approach by which synapses are fluorescently labeled in a minimally invasive manner, using a synthetic binder of the postsynaptic scaffold PSD-95 and antibodies against the presynaptic protein synaptotagmin-1. Cryo-ET imaging at sites of colocalization predominantly revealed excitatory synapses. Our method allows structural studies of synapse-resident protein complexes in situ, facilitating investigations of the molecular architecture of synapses.
リンクStructure / PubMed:41881019
手法EM (トモグラフィー) / EM (サブトモグラム平均)
解像度10.0 Å
構造データ

EMDB-54384: In situ cryo-electron tomogram of rat hippocampal synapse
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-54398: In situ cryo-electron tomogram of rat hippocampal synapse
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-54405: In situ cryo-electron tomogram of rat hippocampal synapse
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-54406: In situ cryo-electron tomogram of rat hippocampal synapse
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-54407: In situ cryo-electron tomogram of rat hippocampal synapse
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-54420: In situ cryo-electron tomogram of rat hippocampal synapse
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-54421: In situ cryo-electron tomogram of rat hippocampal synapse
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-54422: In situ cryo-electron tomogram of rat hippocampal synapse
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-54424: In situ cryo-electron tomogram of rat hippocampal synapse
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-54432: In situ cryo-electron tomogram of rat hippocampal synapse
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-54447: Subtomogram average of synaptic microtubule from rat hippocampal neurons
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 10.0 Å

由来
  • Rattus norvegicus (ドブネズミ)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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