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万見
- EMDB-5433: dATP-inhibited class Ia ribonucleotide reductase from E. coli: al... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5433
タイトルdATP-inhibited class Ia ribonucleotide reductase from E. coli: alpha4beta4 open conformation 3
マップデータalpha4beta4 open conformation 3
試料
  • 試料: E. coli Class Ia ribonucleotide reductase
  • タンパク質・ペプチド: E. coli Class Ia ribonucleotide reductase
キーワードribonucleotide reductase / allostery / inhibition / nucleotide metabolism
機能・相同性ribonucleoside-diphosphate reductase complex
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 31.5 Å
データ登録者Zimanyi CM / Ando N / Brignole E / Asturias FJ / Stubbe J / Drennan CL
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Tangled up in knots: structures of inactivated forms of E. coli class Ia ribonucleotide reductase.
著者: Christina M Zimanyi / Nozomi Ando / Edward J Brignole / Francisco J Asturias / Joanne Stubbe / Catherine L Drennan /
要旨: Ribonucleotide reductases (RNRs) provide the precursors for DNA biosynthesis and repair and are successful targets for anticancer drugs such as clofarabine and gemcitabine. Recently, we reported that ...Ribonucleotide reductases (RNRs) provide the precursors for DNA biosynthesis and repair and are successful targets for anticancer drugs such as clofarabine and gemcitabine. Recently, we reported that dATP inhibits E. coli class Ia RNR by driving formation of RNR subunits into α4β4 rings. Here, we present the first X-ray structure of a gemcitabine-inhibited E. coli RNR and show that the previously described α4β4 rings can interlock to form an unprecedented (α4β4)2 megacomplex. This complex is also seen in a higher-resolution dATP-inhibited RNR structure presented here, which employs a distinct crystal lattice from that observed in the gemcitabine-inhibited case. With few reported examples of protein catenanes, we use data from small-angle X-ray scattering and electron microscopy to both understand the solution conditions that contribute to concatenation in RNRs as well as present a mechanism for the formation of these unusual structures.
履歴
登録2012年6月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年7月13日-
マップ公開2012年7月25日-
更新2012年10月24日-
現状2012年10月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.94
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.94
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5433_1.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5433.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈alpha4beta4 open conformation 3
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
6.54 Å/pix.
x 72 pix.
= 470.88 Å		4.36 Å/pix.
x 72 pix.
= 313.92 Å		4.36 Å/pix.
x 72 pix.
= 313.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX: 4.36 Å / Y: 4.36 Å / Z: 6.54 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.94 / ムービー #1: 1.94
最小 - 最大-5.62890816 - 10.08620644
平均 (標準偏差)-0.0166308 (±0.72844154)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ727272
Spacing727272
セルA: 313.92 Å / B: 313.92 Å / C: 470.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.364.366.54
M x/y/z727272
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z313.920313.920470.880
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-150-1500
NX/NY/NZ301301151
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS727272
D min/max/mean-5.62910.086-0.017

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : E. coli Class Ia ribonucleotide reductase

全体名称: E. coli Class Ia ribonucleotide reductase
要素
  • 試料: E. coli Class Ia ribonucleotide reductase
  • タンパク質・ペプチド: E. coli Class Ia ribonucleotide reductase

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超分子 #1000: E. coli Class Ia ribonucleotide reductase

超分子名称: E. coli Class Ia ribonucleotide reductase / タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: two alpha2 subunits in complex with two beta2 subunits
Number unique components: 1
分子量実験値: 517 KDa / 理論値: 517 KDa / 手法: Calculated from amino acid sequence of subunits

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分子 #1: E. coli Class Ia ribonucleotide reductase

分子名称: E. coli Class Ia ribonucleotide reductase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: RNR / 詳細: alpha4beta4 open conformation / コピー数: 1 / 集合状態: hetero-octamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量実験値: 517 KDa / 理論値: 517 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列GO: ribonucleoside-diphosphate reductase complex

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
詳細: 50 mM HEPES, 15 mM MgCl2, 1 mM EDTA, 1 mM CDP, 0.05 mM dATP
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: 5ul protein, washed immediately 3x [2% uranyl acetate, 0.2% trehalose], carbon sandwich
グリッド詳細: thin carbon support on 300 mesh Cu/Rh grid, glow discharge in amylamine
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
日付2010年7月31日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 89 / 平均電子線量: 25 e/Å2 / 詳細: images acquired as tilt-pairs / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.801 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.275 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: room temperature / 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / Tilt angle min: -59.1 / Tilt angle max: -54.3
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Semi-automated particle selection from untilted images with EMAN2. Particles matched in tilted images using modified TiltPicker. Processed in SPIDER.
CTF補正詳細: each particle
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 31.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 使用した粒子像数: 389

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4r1r


Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B / Chain - #2 - Chain ID: D / Chain - #3 - Chain ID: E
ソフトウェア名称: Chimera
詳細Protocol: rigid body. Subunits iteratively fit with Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

1rib


Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B
ソフトウェア名称: Chimera
詳細Protocol: rigid body. Subunits iteratively fit with Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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