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- EMDB-54293: Egalitarian-BicD in complex with K10 TLS RNA (Structure B) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-54293
タイトルEgalitarian-BicD in complex with K10 TLS RNA (Structure B)
マップデータsharpened map
試料
  • 複合体: Egalitarian-BicD in complex with K10 TLS RNA
    • タンパク質・ペプチド: Protein bicaudal D
    • タンパク質・ペプチド: Egalitarian, isoform B
    • RNA: TLS
キーワードComplex / Transport / Localization / RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


larval salivary gland morphogenesis / oocyte nucleus migration involved in oocyte dorsal/ventral axis specification / intracellular mRNA localization involved in pattern specification process / microtubule anchoring at microtubule organizing center / germarium-derived egg chamber formation / bicoid mRNA localization / regulation of oskar mRNA translation / oocyte microtubule cytoskeleton polarization / oocyte microtubule cytoskeleton organization / germarium-derived oocyte fate determination ...larval salivary gland morphogenesis / oocyte nucleus migration involved in oocyte dorsal/ventral axis specification / intracellular mRNA localization involved in pattern specification process / microtubule anchoring at microtubule organizing center / germarium-derived egg chamber formation / bicoid mRNA localization / regulation of oskar mRNA translation / oocyte microtubule cytoskeleton polarization / oocyte microtubule cytoskeleton organization / germarium-derived oocyte fate determination / pole plasm oskar mRNA localization / positive regulation of synaptic vesicle exocytosis / protein transport along microtubule / cargo adaptor activity / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / positive regulation of clathrin-dependent endocytosis / chaeta development / transport along microtubule / RNA transport / oocyte axis specification / clathrin heavy chain binding / cytoskeletal anchor activity / intracellular mRNA localization / nucleobase-containing compound metabolic process / oogenesis / regulation of endocytosis / dynein complex binding / dynactin binding / mRNA transport / synaptic vesicle endocytosis / 3'-5' exonuclease activity / regulation of microtubule cytoskeleton organization / small GTPase binding / presynapse / cytoskeleton / mRNA binding / Golgi apparatus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Egalitarian winged helix domain / Bicaudal-D protein / Microtubule-associated protein Bicaudal-D / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease domain / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein bicaudal D / Egalitarian, isoform B
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Singh K / Chilaeva S / McClintock MA / Bullock SL / Carter AP
資金援助 英国, European Union, 2件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_A025_1011 英国
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF 197-2021European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structures of Egl-BicD reveal how diverse mRNAs are selected for subcellular localization
著者: Singh K / Chilaeva S / McClintock MA / Bullock SL / Carter AP
履歴
登録2025年7月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年3月25日-
マップ公開2026年3月25日-
更新2026年3月25日-
現状2026年3月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_54293.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_54293.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 240 pix.
= 254.16 Å		1.06 Å/pix.
x 240 pix.
= 254.16 Å		1.06 Å/pix.
x 240 pix.
= 254.16 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.059 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.032781206 - 0.07552943
平均 (標準偏差)0.000016625267 (±0.0015446566)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 254.16 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: unsharpened map

ファイルemd_54293_additional_1.map
注釈unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_54293_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_54293_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Egalitarian-BicD in complex with K10 TLS RNA

全体名称: Egalitarian-BicD in complex with K10 TLS RNA
要素
  • 複合体: Egalitarian-BicD in complex with K10 TLS RNA
    • タンパク質・ペプチド: Protein bicaudal D
    • タンパク質・ペプチド: Egalitarian, isoform B
    • RNA: TLS

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超分子 #1: Egalitarian-BicD in complex with K10 TLS RNA

超分子名称: Egalitarian-BicD in complex with K10 TLS RNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Egalitarian-BicD in complex with the transport and localization signal (TLS) of the Drosophila fs(1)K10 mRNA
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

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分子 #1: Protein bicaudal D

分子名称: Protein bicaudal D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 89.073547 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSSASNNGPS ADQSVQDLQM EVERLTRELD QVSSASAQSA QYGLSLLEEK SALQQKCEEL ETLYDNTRHE LDITQEALTK FQTSQKVTN KTGIEQEDAL LNESAARETS LNLQIFDLEN ELKQLRHELE RVRNERDRML QENSDFGRDK SDSEADRLRL K SELKDLKF ...文字列:
MSSASNNGPS ADQSVQDLQM EVERLTRELD QVSSASAQSA QYGLSLLEEK SALQQKCEEL ETLYDNTRHE LDITQEALTK FQTSQKVTN KTGIEQEDAL LNESAARETS LNLQIFDLEN ELKQLRHELE RVRNERDRML QENSDFGRDK SDSEADRLRL K SELKDLKF RETRMLSEYS ELEEENISLQ KQVSSLRSSQ VEFEGAKHEI RRLTEEVELL NQQVDELANL KKIAEKQMEE AL ETLQGER EAKYALKKEL DGHLNRESMY HISNLAYSIR SNMEDNASNN SDGEEENLAL KRLEADLSTE LKSPDGTKCD LFS EIHLNE LKKLEKQLES MESEKTHLTA NLREAQTSLD KSQNELQNFM SRLALLAAHV DALVQLKKQI DVKEQGKEGG QKKD ELEQQ LRALISQYAN WFTLSAKEID GLKTDIAELQ KGLNYTDATT TLRNEVTNLK NKLLATEQKS LDLQSDVQTL THISQ NAGQ SLGSARSTLV ALSDDLAQLY HLVCTVNGET PTRVLLDHKT DDMSFENDSL TAIQSQFKSD VFIAKPQIVE DLQGLA DSV EIKKYVDTVS DQIKYLKTAV EHTIDMNKHK IRSEGGDALE KVNTEEMEEL QEQIVKLKSL LSVKREQIGT LRNVLKS NK QTAEVALTNL KSKYENEKII VSDTMSKLRN ELRLLKEDAA TFSSLRAMFA ARCEEYVTQV DDLNRQLEAA EEEKKTLN Q LLRLAVQQKL ALTQRLEEME MDREMRHVRR PMPAQRGTSG KSSFSTRPSS RNPASSNANP F

UniProtKB: Protein bicaudal D

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分子 #2: Egalitarian, isoform B

分子名称: Egalitarian, isoform B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 113.198102 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MESMEYEMAR NMTLLFFLER LLDKGEPRTV HDLSCQFGNK EFTKEMRQIA GGSQSGLKKF LAQYPAIFLV DGDYVQVNAY QHHNADDGG CGGKRDYIQE AKDYFKNKML QYGAAAEVPV RSLLGHRSQA SPQVRHISGQ HIKEFTDFLM KHTDTFKVTD D YVMLVGCE ...文字列:
MESMEYEMAR NMTLLFFLER LLDKGEPRTV HDLSCQFGNK EFTKEMRQIA GGSQSGLKKF LAQYPAIFLV DGDYVQVNAY QHHNADDGG CGGKRDYIQE AKDYFKNKML QYGAAAEVPV RSLLGHRSQA SPQVRHISGQ HIKEFTDFLM KHTDTFKVTD D YVMLVGCE NMTDLPARDR LHLPQSNIDT RGTQQMLDFF AQCIEVKGPL LVDQLFHLLT TNFPQDQWLR MFKTPGDLSS FL KLFADCF HIQANLVTLL QKPKLSDTHI QQAQAQTREQ FNALNNNNSA SIRKQEPTPG GGGVGGVSSV QQRLQSPALR TNG HTNNNN GSNGSNNNNN NNNSIACPNF KLNAPVSNVM GGQSQGFGQP KSEPSSGFDS YVPMSELKLE NLCENNYPSA NTCY GPINN SSQQTQQVQT QQQQQPQHAT QNPAEQRLNS VNQTLKQRIN TLVIRTLAEN LEKDKQSLAN QQGGPISPHA SPVHS IANS SSNQNAGSAA NNANSNSNAN PNNANHSPSH SYFVGDTWKI KVLQNTTVIA NVKQSVFVTD IILKYAAKNE SIVVSL DCE GINLGLKGEI TLIEIGTTRG EAFLFDVQSC PAMVTDGGLK TVLEHDQVIK VIHDCRNDAA NLYLQFGILL RNVFDTQ AA HAILQYQESG KQVYKAKYIS LNSLCEQYNA PCNPIKDQLK QIYRRDQKFW AKRPLTREMM LYAAGDVLVL IHDQLFGN L ARQIKPENRA LFSELCTEQI LMQIKPNEVK IRKKQRKVST EVSDLKQKLA QTSKSIVLSN REIRLLRYMD LTEDEKERL KGYYKVAKKL EKMESAGNPS KDQSDSEDEQ EPNENDAFPS LDSVPSDNSL SGTFSPRFSS EPPSLTESMQ MLEEILQNKS MDRIARIDK LEAILTTATS LPCEQIIASN SMQEQLGSSI ATTENLQIIR EKSKNIKNCN CQGERSVTPI MRTTDKRVVK L VDAESQTL STGDVVITKI FFQDEHERAK EAALLSNSPA KRVSPTGSEN LYFQ

UniProtKB: Egalitarian, isoform B

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分子 #3: TLS

分子名称: TLS / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 2
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 18.962188 KDa
配列文字列:
UUACACCACU UGAUUGUAUU UUUAAAUUAA UUCUUAAAAA CUACAAAUUA AGAUCACUCU

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.3
詳細: 25 mM HEPES pH 7.3, 150 mM KCl, 1 mM MgCl2, 1mM DTT, 0.00125% IGEPAL
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 48.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 81000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab-initio model was generated in cryoSPARC
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5) / 使用した粒子像数: 256835
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4) / 詳細: Cryosparc
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model / 詳細: Predicted models used for all components
得られたモデル

PDB-9rvz:
Egalitarian-BicD in complex with K10 TLS RNA (Structure B)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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