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万見
- EMDB-5429: Negative stain 3D EM of MCM2-7 from Encephalitozoon cuniculi -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5429
タイトルNegative stain 3D EM of MCM2-7 from Encephalitozoon cuniculi
マップデータSingle-particle 3D reconstruction of EcuMCM2-7 with ATPgammaS
試料
  • 試料: Encephalitozoon cuniculi MCM2-7 complex bound to ATPgammaS
  • タンパク質・ペプチド: Minichromosome maintenance protein 2
  • タンパク質・ペプチド: Minichromosome maintenance protein 3
  • タンパク質・ペプチド: Minichromosome maintenance protein 4
  • タンパク質・ペプチド: Minichromosome maintenance protein 5
  • タンパク質・ペプチド: Minichromosome maintenance protein 6
  • タンパク質・ペプチド: Minichromosome maintenance protein 7
キーワードDNA replication / replicative helicase / MCM2-7 / ATPase / hexameric motor
生物種Encephalitozoon cuniculi (ウサギエンケファリトゾーン)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 24.0 Å
データ登録者Lyubimov AY / Costa A / Bleichert F / Botchan MR / Berger JM
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2012
タイトル: ATP-dependent conformational dynamics underlie the functional asymmetry of the replicative helicase from a minimalist eukaryote.
著者: Artem Y Lyubimov / Alessandro Costa / Franziska Bleichert / Michael R Botchan / James M Berger /
要旨: The heterohexameric minichromosome maintenance (MCM2-7) complex is an ATPase that serves as the central replicative helicase in eukaryotes. During initiation, the ring-shaped MCM2-7 particle is ...The heterohexameric minichromosome maintenance (MCM2-7) complex is an ATPase that serves as the central replicative helicase in eukaryotes. During initiation, the ring-shaped MCM2-7 particle is thought to open to facilitate loading onto DNA. The conformational state accessed during ring opening, the interplay between ATP binding and MCM2-7 architecture, and the use of these events in the regulation of DNA unwinding are poorly understood. To address these issues in isolation from the regulatory complexity of existing eukaryotic model systems, we investigated the structure/function relationships of a naturally minimized MCM2-7 complex from the microsporidian parasite Encephalitozoon cuniculi. Electron microscopy and small-angle X-ray scattering studies show that, in the absence of ATP, MCM2-7 spontaneously adopts a left-handed, open-ring structure. Nucleotide binding does not promote ring closure but does cause the particle to constrict in a two-step process that correlates with the filling of high- and low-affinity ATPase sites. Our findings support the idea that an open ring forms the default conformational state of the isolated MCM2-7 complex, and they provide a structural framework for understanding the multiphasic ATPase kinetics observed in different MCM2-7 systems.
履歴
登録2012年6月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年6月29日-
マップ公開2012年7月11日-
更新2012年7月11日-
現状2012年7月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5429.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5429.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1001 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Single-particle 3D reconstruction of EcuMCM2-7 with ATPgammaS
ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.56 Å
密度
表面レベル登録者による: 2.0 / ムービー #1: 1.8
最小 - 最大-3.18536615 - 7.23052835
平均 (標準偏差)0.00000743 (±0.99999636)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ646464
Spacing646464
セルA=B=C: 227.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.563.563.56
M x/y/z646464
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z227.840227.840227.840
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-150-1500
NX/NY/NZ301301151
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS646464
D min/max/mean-3.1857.2310.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Encephalitozoon cuniculi MCM2-7 complex bound to ATPgammaS

全体名称: Encephalitozoon cuniculi MCM2-7 complex bound to ATPgammaS
要素
  • 試料: Encephalitozoon cuniculi MCM2-7 complex bound to ATPgammaS
  • タンパク質・ペプチド: Minichromosome maintenance protein 2
  • タンパク質・ペプチド: Minichromosome maintenance protein 3
  • タンパク質・ペプチド: Minichromosome maintenance protein 4
  • タンパク質・ペプチド: Minichromosome maintenance protein 5
  • タンパク質・ペプチド: Minichromosome maintenance protein 6
  • タンパク質・ペプチド: Minichromosome maintenance protein 7

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超分子 #1000: Encephalitozoon cuniculi MCM2-7 complex bound to ATPgammaS

超分子名称: Encephalitozoon cuniculi MCM2-7 complex bound to ATPgammaS
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: MCM2-7 heterohexamer / Number unique components: 6
分子量理論値: 480 KDa

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分子 #1: Minichromosome maintenance protein 2

分子名称: Minichromosome maintenance protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Mcm2 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Encephalitozoon cuniculi (ウサギエンケファリトゾーン)
分子量理論値: 88 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組換プラスミド: pFastBac

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分子 #2: Minichromosome maintenance protein 3

分子名称: Minichromosome maintenance protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: Mcm3 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Encephalitozoon cuniculi (ウサギエンケファリトゾーン)
分子量理論値: 77 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組換プラスミド: pFastBac

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分子 #3: Minichromosome maintenance protein 4

分子名称: Minichromosome maintenance protein 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: Mcm4 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Encephalitozoon cuniculi (ウサギエンケファリトゾーン)
分子量理論値: 80 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組換プラスミド: pFastBac

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分子 #4: Minichromosome maintenance protein 5

分子名称: Minichromosome maintenance protein 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / Name.synonym: Mcm5 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Encephalitozoon cuniculi (ウサギエンケファリトゾーン)
分子量理論値: 79 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組換プラスミド: pFastBac

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分子 #5: Minichromosome maintenance protein 6

分子名称: Minichromosome maintenance protein 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / Name.synonym: Mcm6 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Encephalitozoon cuniculi (ウサギエンケファリトゾーン)
分子量理論値: 82 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組換プラスミド: pFastBac

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分子 #6: Minichromosome maintenance protein 7

分子名称: Minichromosome maintenance protein 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / Name.synonym: Mcm7 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Encephalitozoon cuniculi (ウサギエンケファリトゾーン)
分子量理論値: 77 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組換プラスミド: pFastBac

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.0 mg/mL
緩衝液pH: 8
詳細: 300 mM NaOAc, 50 mM imidazole, pH 8.0, 5 mM Mg(OAc)2, 0.2 mM TCEP, 10% glycerol, 10 mM ATPgammaS
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Grids with adsorbed protein (diluted to 0.03 mg/mL) floated on 2% uranyl formate for 10 sec (x 5 times)
グリッド詳細: 400 mesh copper grids, nitrocellulose amyl acetate support, glow discharged, holey
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 12
日付2011年1月5日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN / 実像数: 16532 / 平均電子線量: 20 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 30000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC

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画像解析

詳細Particles selected automatically using DoG Picker and Batchboxer in the APPION environment
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 24.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2, SPARX
詳細: Nine iterative rounds were performed, with the output of each round used as starting model (after filtering) for the subsequent round until convergence. Convergence was determined by lack of ...詳細: Nine iterative rounds were performed, with the output of each round used as starting model (after filtering) for the subsequent round until convergence. Convergence was determined by lack of further changes in volume features and distortion of FSC at higher resolution.
使用した粒子像数: 16532

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3f9v

ソフトウェア名称: Chimera
詳細Protocol: Rigid body. The 6 protomers were fit using sequential volume-to-volume fitting in Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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