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- EMDB-54246: Subtomogram average of an ionotropic glutamate receptor within ma... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-54246
タイトルSubtomogram average of an ionotropic glutamate receptor within mammalian glutamatergic synapses
マップデータSubtomogram average of an ionotropic glutamate receptor from mammalian synapses
試料
  • 複合体: Inotropic glutamate receptor (iGluR)
キーワードglutamate receptor / Synapse / Neurotransmission / Ion channel / SIGNALING PROTEIN
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 25.0 Å
データ登録者Peukes J / Frank R / Briggs JAG
資金援助European Union, 英国, 7件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)ERC-CoG-648432 MEMBRANEFUSIONEuropean Union
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_1201/16 英国
UK Research and Innovation (UKRI)MR/V022644/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M011151/1 英国
European Research Council (ERC)695568 SYNNOVATEEuropean Union
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_1201/8 英国
Wellcome TrustSBF005/1046 英国
引用
ジャーナル: Elife / 年: 2025
タイトル: The molecular infrastructure of glutamatergic synapses in the mammalian forebrain.
著者: Julia Peukes / Charlie Lovatt / Conny Leistner / Jerome Boulanger / Dustin R Morado / Martin J G Fuller / Wanda Kukulski / Fei Zhu / Noboru H Komiyama / John A G Briggs / Seth G N Grant / René A W Frank /
要旨: Glutamatergic synapses form the vast majority of connections within neuronal circuits, but how these subcellular structures are molecularly organized within the mammalian brain is poorly understood. ...Glutamatergic synapses form the vast majority of connections within neuronal circuits, but how these subcellular structures are molecularly organized within the mammalian brain is poorly understood. Conventional electron microscopy using chemically fixed, metal-stained tissue has identified a proteinaceous, membrane-associated thickening called the 'postsynaptic density' (PSD). Here, we combined mouse genetics and cryo-electron tomography to determine the 3D molecular architecture of fresh isolated and anatomically intact synapses in the adult forebrain. The native glutamatergic synapse did not consistently show a higher density of proteins at the postsynaptic membrane, thought to be characteristic of the PSD. Instead, a 'synaptoplasm' consisting of cytoskeletal elements, macromolecular complexes, and membrane-bound organelles extended throughout the pre- and post-synaptic compartments. Snapshots of active processes gave insights into membrane remodeling processes. Clusters of up to 60 ionotropic glutamate receptors were positioned inside and outside the synaptic cleft. Together, these information-rich tomographic maps present a detailed molecular framework for the coordinated activity of synapses in the adult mammalian brain.
#1: ジャーナル: eLife / 年: 2024
タイトル: The molecular infrastructure of glutamatergic synapses in the mammalian forebrain
著者: Peukes J / Lovatt C / Leistner C / Boulanger J / Morado DR / Fuller MJG / Kukulski W / Zhu F / Komiyama NH / Briggs JAG / Grant SGN / Frank RAW
履歴
登録2025年7月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月24日-
マップ公開2025年9月24日-
更新2025年10月8日-
現状2025年10月8日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_54246.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_54246.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Subtomogram average of an ionotropic glutamate receptor from mammalian synapses
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
5.97 Å/pix.
x 96 pix.
= 573.12 Å		5.97 Å/pix.
x 96 pix.
= 573.12 Å		5.97 Å/pix.
x 96 pix.
= 573.12 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.97 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.25
最小 - 最大-0.76974773 - 0.85207
平均 (標準偏差)0.00067972636 (±0.06785162)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ969696
Spacing969696
セルA=B=C: 573.12 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_54246_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_54246_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_54246_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Inotropic glutamate receptor (iGluR)

全体名称: Inotropic glutamate receptor (iGluR)
要素
  • 複合体: Inotropic glutamate receptor (iGluR)

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超分子 #1: Inotropic glutamate receptor (iGluR)

超分子名称: Inotropic glutamate receptor (iGluR) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: Predominantly AMPA subtype
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: PSD95-GFP knockin mouse / 器官: Brain / 組織: Brain / 細胞中の位置: Postsynaptic membrane

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態tissue

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
詳細: 125 mM NaCl, 25 mM KCl, 25 mM NHCO3, 25 mM glucose, 2.5 mM KCl, 2 mM CaCl2, 1.25 mM NaH2PO4, 1 mM MgCl2; Osmolality: 310 mOsM/L
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 6e-05 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Mouse forebrain homogeneized in artificial cerebrospinal fluid (ACSF) to generate suspension of Psd95-GFP containing synaptoneurosomes. Samples was applied to cryoEM grid and plunge frozen in liquid ethane. CryET dataset collection was guided by Psd95-GFP cryoCLEM.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 1.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.25 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 42000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 2368
抽出トモグラム数: 93 / 使用した粒子像数: 2522 / 手法: Manual picking
CTF補正タイプ: NONE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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