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- EMDB-54212: Ypt7 in complex with its GEF Mon1-Ccz1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-54212
タイトルYpt7 in complex with its GEF Mon1-Ccz1
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of nucleotide free Ypt7 with its GEF Mon1-Ccz1
    • タンパク質・ペプチド: Rab small monomeric GTPase-like protein
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar fusion protein MON1
    • タンパク質・ペプチド: CCZ1/INTU/HSP4 first Longin domain-containing protein
キーワードlongin domain / GEF / nucleotide exchange / endosome / autophagosome / small GTPase / CYTOSOLIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Mon1-Ccz1 complex / regulation of vacuole fusion, non-autophagic / protein targeting to vacuole / multivesicular body membrane / fungal-type vacuole membrane / vesicle-mediated transport / autophagy / late endosome / GTPase activity / GTP binding
類似検索 - 分子機能
Vacuolar fusion protein Ccz1 / Vacuolar fusion protein Mon1 / CCZ1/INTU/HSP4, first Longin domain / First Longin domain of INTU, CCZ1 and HPS4 / FUZ/MON1/HPS1, third Longin domain / FUZ/MON1/HPS1, second Longin domain / FUZ/MON1/HPS1, first Longin domain / First Longin domain of FUZ, MON1 and HPS1 / Second Longin domain of FUZ, MON1 and HPS1 / Third Longin domain of FUZ, MON1 and HPS1 ...Vacuolar fusion protein Ccz1 / Vacuolar fusion protein Mon1 / CCZ1/INTU/HSP4, first Longin domain / First Longin domain of INTU, CCZ1 and HPS4 / FUZ/MON1/HPS1, third Longin domain / FUZ/MON1/HPS1, second Longin domain / FUZ/MON1/HPS1, first Longin domain / First Longin domain of FUZ, MON1 and HPS1 / Second Longin domain of FUZ, MON1 and HPS1 / Third Longin domain of FUZ, MON1 and HPS1 / Small GTPase Rab domain profile. / Small GTPase Rho domain profile. / Small GTPase Ras domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
CCZ1/INTU/HSP4 first Longin domain-containing protein / Rab small monomeric GTPase-like protein / Vacuolar fusion protein MON1
類似検索 - 構成要素
生物種Thermochaetoides thermophila (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Wilmes S / Schaefer J / Moeller A / Kuemmel D
資金援助 ドイツ, 2件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)SFB1557-P10 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SFB1557-P11 ドイツ
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Mechanistic adaptation of the metazoan RabGEFs Mon1-Ccz1 and Fuzzy-Inturned.
著者: Stephan Wilmes / Jesse Tönjes / Maik Drechsler / Anita Ruf / Jan-Hannes Schäfer / Anna Lürick / Dovile Januliene / Steven Apelt / Daniele Di Iorio / Seraphine V Wegner / Martin Loose / ...著者: Stephan Wilmes / Jesse Tönjes / Maik Drechsler / Anita Ruf / Jan-Hannes Schäfer / Anna Lürick / Dovile Januliene / Steven Apelt / Daniele Di Iorio / Seraphine V Wegner / Martin Loose / Arne Moeller / Achim Paululat / Daniel Kümmel /
要旨: Rab GTPases organize intracellular trafficking and provide identity to organelles. Their spatiotemporal activation by guanine nucleotide exchange factors (GEFs) is tightly controlled to ensure ...Rab GTPases organize intracellular trafficking and provide identity to organelles. Their spatiotemporal activation by guanine nucleotide exchange factors (GEFs) is tightly controlled to ensure fidelity. Our structural and functional comparison of the tri-longin domain RabGEFs Mon1-Ccz1 and Fuzzy-Inturned reveals the molecular basis for their target specificity. Both complexes rely on a conserved sequence motif of their substrate GTPases for the catalytic mechanism, while secondary interactions allow discrimination between targets. We also find that dimeric Mon1-Ccz1 from fungi and the metazoan homologs with the additional third subunit RMC1/Bulli bind membranes through electrostatic interactions via distinct interfaces. Protein-lipid interaction studies and functional characterization in flies reveal an essential function of RMC1/Bulli as mediator of GEF complex membrane recruitment. In the case of Fuzzy-Inturned, reconstitution experiments demonstrate that the BAR (Bin-Amphiphysin-Rvs) domain protein CiBAR1 can support membrane recruitment of the GEF. Collectively, our study demonstrates the molecular basis for the adaptation of TLD-RabGEFs to different cellular functions.
履歴
登録2025年6月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月30日-
マップ公開2025年7月30日-
更新2025年9月3日-
現状2025年9月3日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_54212.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_54212.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.68 Å/pix.
x 440 pix.
= 299.2 Å		0.68 Å/pix.
x 440 pix.
= 299.2 Å		0.68 Å/pix.
x 440 pix.
= 299.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.68 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0559
最小 - 最大-0.15418492 - 0.30810615
平均 (標準偏差)-0.00013428486 (±0.005776)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 299.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_54212_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_54212_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of nucleotide free Ypt7 with its GEF Mon1-Ccz1

全体名称: Complex of nucleotide free Ypt7 with its GEF Mon1-Ccz1
要素
  • 複合体: Complex of nucleotide free Ypt7 with its GEF Mon1-Ccz1
    • タンパク質・ペプチド: Rab small monomeric GTPase-like protein
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar fusion protein MON1
    • タンパク質・ペプチド: CCZ1/INTU/HSP4 first Longin domain-containing protein

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超分子 #1: Complex of nucleotide free Ypt7 with its GEF Mon1-Ccz1

超分子名称: Complex of nucleotide free Ypt7 with its GEF Mon1-Ccz1
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)

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分子 #1: Rab small monomeric GTPase-like protein

分子名称: Rab small monomeric GTPase-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: nucleotide free variant N125I / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)
分子量理論値: 23.218189 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GSMSSRKKVL LKVIILGDSG VGKTSLMNQY VNKKFSASYK ATIGADFLTR EVMVDDRQVT MQLWDTAGQE RFQSLGVAFY RGADCCVLV FDVNNAKSFD ALDSWRDEFL IQASPRDPEN FPFVVLGIKI DVEESKRVIS TKRAQTFCQS KGGIPYFETS A KEAINVEE ...文字列:
GSMSSRKKVL LKVIILGDSG VGKTSLMNQY VNKKFSASYK ATIGADFLTR EVMVDDRQVT MQLWDTAGQE RFQSLGVAFY RGADCCVLV FDVNNAKSFD ALDSWRDEFL IQASPRDPEN FPFVVLGIKI DVEESKRVIS TKRAQTFCQS KGGIPYFETS A KEAINVEE AFQVIARNAL MQEESEEFSG DFQDPINIHI ENERDGCAC

UniProtKB: Rab small monomeric GTPase-like protein

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分子 #2: Vacuolar fusion protein MON1

分子名称: Vacuolar fusion protein MON1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)
分子量理論値: 72.198766 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GPLGSMTQNN APESVAAEGT VAGQQTDTTK PEPSSQPAPE PPSQVTTDFP PNNKPNDVPA TEPASSSPRP TEPPAPPPPK PTIALSPLD IATLTFPDGT RGTFPAPPQT SAQSVSTPSI ASGHVTPQRD TDTASITSVA GTLRGVTGTA GDLASLLAGD G LGRKSKAW ...文字列:
GPLGSMTQNN APESVAAEGT VAGQQTDTTK PEPSSQPAPE PPSQVTTDFP PNNKPNDVPA TEPASSSPRP TEPPAPPPPK PTIALSPLD IATLTFPDGT RGTFPAPPQT SAQSVSTPSI ASGHVTPQRD TDTASITSVA GTLRGVTGTA GDLASLLAGD G LGRKSKAW RVLRAQQQAC GEGSGEEGEI TEIEGLGLGE GMEGFERELD NIPDTLPDDE RLALWKGKLK HYLILSSAGK PI WSRHGDL SLVNSTMGVV QTIISFYEGA RNPLLGFTAG KVRFVILIKG PLYFVAISRL RESDAQLRAQ LEALYMQILS TLT LPILTN IFAHRPSTDL RGPLQGTESL LASLADSFTK GSPSTLLSAL ECLRLRKSQR QAITNIFLKS RCEELLYGLL VAGG KLVSV IRPRKHSLHP SDLQLIFNML FESGGIKGNG GENWIPLCLP AFNNTGYLYM YVSFLDDKAP DDQNQPPESS NLDAS NKNS SNTPDDDLTA LILISPSREA FYALQSMRTR LVSQLLSTGY LSLIRSTALS GRPSITSILP KTPLLHFLYK SRPNVQ WCM SSLSSLTPPG ATATETLLAR RKLMSVYEEL HAALHARHAH LRVVYSTADE KEGEGLACLG WSTPAFEVYC VAPGCVG RA GMAREVNRVV QWARREEERL FILGGGVF

UniProtKB: Vacuolar fusion protein MON1

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分子 #3: CCZ1/INTU/HSP4 first Longin domain-containing protein

分子名称: CCZ1/INTU/HSP4 first Longin domain-containing protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)
分子量理論値: 75.867539 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SMTTPVSPSP SGIIPAQLGF LAIYNPALGT TDETLEDQIV YYATASTLSQ ARRRHRRPRR RDRQRAQSVV KDSRPNAAGA TGDSEAVAE DKDPVSKEER HERLRQIGLA QGMVEFAKSF SDGEPVDTID TEKARVILVE VEEGWWILAS IDLTRLPLPQ I KTPTSSSA ...文字列:
SMTTPVSPSP SGIIPAQLGF LAIYNPALGT TDETLEDQIV YYATASTLSQ ARRRHRRPRR RDRQRAQSVV KDSRPNAAGA TGDSEAVAE DKDPVSKEER HERLRQIGLA QGMVEFAKSF SDGEPVDTID TEKARVILVE VEEGWWILAS IDLTRLPLPQ I KTPTSSSA PPPAPNLNPL PPEPAYEYSS REVKPPSLLR ADLLRAYDLF LLHHGSSLSS LLASQGRAQL VASLTRFWDH FL ATWNVLL HGNPACDVFG GIKLAASGEL GIGVGEEERG SGEREVLEGL VERVEGLVDV VVGRYGGPPS EKGPEEEQWL GLG GEVGEE DGAVFLGVGA LDRKSLRGVV QWMEEVYVWG ENAFGKPRRD LSTGHFLLGL SECSEEELTS SQANPKAIFV ELKP SYQHP SRKIPPEDPQ PLGKVGPELP RDHTARLRPV IYVSQPFIYI LLFSEITPSP STWPTLAESL HAQLSPLQKP LLHST SYRP ERPVVETTSS SGTTTQHQIF DLVYDTETLT LQSTIPNIPD PFPYSATTPT GHSTGQQHHQ QSIWTRVEAL QTHAQI LAI LSSGRAIPTD PSSFTHLPWE EGERTCKTAR GWWIVWTRVV EHSPPDAVSL HHARDDDDND DDASCSVLGH LRSVSSS HA AGSTSSSSGS GFGLGAIPGL GGLGGWAADG ATRLAQGIGI DTRRYVEGLL TSLGR

UniProtKB: CCZ1/INTU/HSP4 first Longin domain-containing protein, CCZ1/INTU/HSP4 first Longin domain-containing protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.8 mg/mL
緩衝液pH: 7.3
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 524738
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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