[日本語] English
万見
- EMDB-5405: Icosahedral reconstruction of bacteriophage P4 procapsid -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5405
タイトルIcosahedral reconstruction of bacteriophage P4 procapsid
マップデータReconstruction of P4 procapsid
試料
  • 試料: Satellite bacteriophage P4 procapsid
  • タンパク質・ペプチド: gpN
  • タンパク質・ペプチド: Sid
キーワードbacteriophage / P2 / P4 / capsid / procapsid / assembly / size determination / scaffolding protein / triangulation numbers / T=7 dextro / Sid / gpN
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.0 Å
データ登録者Dearborn AD / Laurinmaki P / Chandramouli P / Rodenburg CM / Wang S / Butcher SJ / Dokland T
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2012
タイトル: Structure and size determination of bacteriophage P2 and P4 procapsids: function of size responsiveness mutations.
著者: Altaira D Dearborn / Pasi Laurinmaki / Preethi Chandramouli / Cynthia M Rodenburg / Sifang Wang / Sarah J Butcher / Terje Dokland /
要旨: Bacteriophage P4 is dependent on structural proteins supplied by a helper phage, P2, to assemble infectious virions. Bacteriophage P2 normally forms an icosahedral capsid with T=7 symmetry from the ...Bacteriophage P4 is dependent on structural proteins supplied by a helper phage, P2, to assemble infectious virions. Bacteriophage P2 normally forms an icosahedral capsid with T=7 symmetry from the gpN capsid protein, the gpO scaffolding protein and the gpQ portal protein. In the presence of P4, however, the same structural proteins are assembled into a smaller capsid with T=4 symmetry. This size determination is effected by the P4-encoded protein Sid, which forms an external scaffold around the small P4 procapsids. Size responsiveness (sir) mutants in gpN fail to assemble small capsids even in the presence of Sid. We have produced large and small procapsids by co-expression of gpN with gpO and Sid, respectively, and applied cryo-electron microscopy and three-dimensional reconstruction methods to visualize these procapsids. gpN has an HK97-like fold and interacts with Sid in an exposed loop where the sir mutations are clustered. The T=7 lattice of P2 has dextro handedness, unlike the laevo lattices of other phages with this fold observed so far.
履歴
登録2012年2月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年2月22日-
マップ公開2012年5月29日-
更新2012年5月29日-
現状2012年5月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5405_1.jpg

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5405.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 38.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of P4 procapsid
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.73 Å/pix.
x 217 pix.
= 592.41 Å		2.73 Å/pix.
x 217 pix.
= 592.41 Å		2.73 Å/pix.
x 217 pix.
= 592.41 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.73 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.0 / ムービー #1: 2
最小 - 最大-6.67676449 - 11.10193157
平均 (標準偏差)-0.00000002 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-108-108-108
サイズ217217217
Spacing217217217
セルA=B=C: 592.41003 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.732.732.73
M x/y/z217217217
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z592.410592.410592.410
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-62-62-62
NX/NY/NZ125125125
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-108-108-108
NC/NR/NS217217217
D min/max/mean-6.67711.102-0.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Satellite bacteriophage P4 procapsid

全体名称: Satellite bacteriophage P4 procapsid
要素
  • 試料: Satellite bacteriophage P4 procapsid
  • タンパク質・ペプチド: gpN
  • タンパク質・ペプチド: Sid

-
超分子 #1000: Satellite bacteriophage P4 procapsid

超分子名称: Satellite bacteriophage P4 procapsid / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 240 copies of gpN and 60 copies of Sid / Number unique components: 2
分子量理論値: 11.268 MDa

-
分子 #1: gpN

分子名称: gpN / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: N*, major capsid protein / 集合状態: icosahedral / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21(DE3) / 別称: Escherichia coli
分子量理論値: 9.648 MDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pET21

-
分子 #2: Sid

分子名称: Sid / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: external scaffolding protein / 集合状態: icosahedral / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21(DE3) / 別称: E. coli
分子量理論値: 1.62 MDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pET21

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1.0 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 10 mM Tris-HCl, pH 8.0, 20 mM NaCl, 1 mM MgCl2
グリッド詳細: 200 mesh Quantifoil R2/2
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 110 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 手法: Blot for 2 sec before plunging

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度最低: 95 K / 最高: 99 K / 平均: 97 K
日付1999年1月1日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 4.545 µm / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 50000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

CTF補正詳細: Each micrograph
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN,AUTO3DEM / 使用した粒子像数: 2286

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3e8k


Chain - Chain ID: B
ソフトウェア名称: Chimera
詳細Protocol: Rigid body fitting of individual subsegments
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る