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- EMDB-53936: Structure of A16/G9 in complex with A56/K2 at pH 5.5 (vaccinia virus) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-53936
タイトルStructure of A16/G9 in complex with A56/K2 at pH 5.5 (vaccinia virus)
マップデータ
試料
  • 複合体: Quaternary complex of vaccinia virus A16, G9, K2, and the Ig domain of A56
    • タンパク質・ペプチド: Virion membrane protein OPG143
    • タンパク質・ペプチド: Entry-fusion complex protein OPG094
    • タンパク質・ペプチド: Superinfection exclusion protein
    • タンパク質・ペプチド: Protein OPG185
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードpoxvirus / viral fusion / vaccinia virus / mpox virus / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane fusion involved in viral entry into host cell / host cell membrane / helicase activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / DNA-templated transcription termination / fusion of virus membrane with host plasma membrane / hydrolase activity / viral envelope / symbiont entry into host cell / host cell plasma membrane ...membrane fusion involved in viral entry into host cell / host cell membrane / helicase activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / DNA-templated transcription termination / fusion of virus membrane with host plasma membrane / hydrolase activity / viral envelope / symbiont entry into host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / : / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Pox virus entry-fusion-complex G9/A16 / Pox virus entry-fusion-complex G9/A16 / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Immunoglobulin V-set domain ...Pox virus entry-fusion-complex G9/A16 / Pox virus entry-fusion-complex G9/A16 / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Entry-fusion complex protein OPG094 / Virion membrane protein OPG143 / Superinfection exclusion protein / Protein OPG185
類似検索 - 構成要素
生物種Vaccinia virus (ウイルス) / Vaccinia virus Western Reserve (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Vernuccio R / Battini L / Meola A / Guardado-Calvo P
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-22-CE11-0003 フランス
引用ジャーナル: Cell / 年: 2025
タイトル: Structural basis of poxvirus fusion regulation and anti-A16/G9 antibody-mediated neutralization and protection.
著者: Annalisa Meola / Riccardo Vernuccio / Leandro Battini / Guillermo Albericio / Pilar Delgado / Rebecca Bamford / Laura Pokorny / Manon Broutin / Alejandro Martínez León / Sébastien Gallien ...著者: Annalisa Meola / Riccardo Vernuccio / Leandro Battini / Guillermo Albericio / Pilar Delgado / Rebecca Bamford / Laura Pokorny / Manon Broutin / Alejandro Martínez León / Sébastien Gallien / María Gil / María A Noriega / Florence Guivel-Benhassine / Françoise Porrot / Jeanne Postal / Julian Buchrieser / Mathieu Hubert / Ahmed Haouz / Pierre Lafaye / Mariano Esteban / Jochen S Hub / Matthieu Mahévas / Pascal Chappert / Jason Mercer / Juan Garcia-Arriaza / Olivier Schwartz / Pablo Guardado-Calvo /
要旨: Monkeypox virus (MPXV) is a poxvirus endemic to Central and West Africa with high epidemic potential. Poxviruses enter host cells via a conserved entry-fusion complex (EFC), which mediates viral ...Monkeypox virus (MPXV) is a poxvirus endemic to Central and West Africa with high epidemic potential. Poxviruses enter host cells via a conserved entry-fusion complex (EFC), which mediates viral fusion to the cell membrane. The EFC is a promising therapeutic target, but the absence of structural data has limited the development of fusion-inhibiting treatments. Here, we investigated A16/G9, a subcomplex of the EFC that controls fusion timing. Using cryo-electron microscopy, we showed how A16/G9 interacts with A56/K2, a viral fusion suppressor that prevents superinfection. Immunization with A16/G9 elicited a protective immune response in mice. Using X-ray crystallography, we characterized two neutralizing antibodies and engineered a chimeric antibody that cross-neutralizes several poxviruses more efficiently than 7D11, the most potent antibody targeting the EFC described to date. These findings highlight the potential of A16/G9 as a candidate for subunit vaccines and identify regions of the EFC as targets for antiviral development.
履歴
登録2025年6月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月3日-
マップ公開2025年9月3日-
更新2025年11月12日-
現状2025年11月12日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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添付画像

emd_53936.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_53936.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 34.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
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1.14 Å/pix.
x 208 pix.
= 237.12 Å		1.14 Å/pix.
x 208 pix.
= 237.12 Å		1.14 Å/pix.
x 208 pix.
= 237.12 Å

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表面レベル登録者による: 0.06
最小 - 最大-0.16246091 - 0.2719634
平均 (標準偏差)0.00005377265 (±0.009978399)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ208208208
Spacing208208208
セルA=B=C: 237.12 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Sharpened map after DEEPEMHANCER

ファイルemd_53936_additional_1.map
注釈Sharpened map after DEEPEMHANCER
投影像・断面図
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追加マップ: Sharpened map after refinement

ファイルemd_53936_additional_2.map
注釈Sharpened map after refinement
投影像・断面図
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密度ヒストグラム

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_53936_half_map_1.map
投影像・断面図
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ハーフマップ: #2

ファイルemd_53936_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Quaternary complex of vaccinia virus A16, G9, K2, and the Ig doma...

全体名称: Quaternary complex of vaccinia virus A16, G9, K2, and the Ig domain of A56
要素
  • 複合体: Quaternary complex of vaccinia virus A16, G9, K2, and the Ig domain of A56
    • タンパク質・ペプチド: Virion membrane protein OPG143
    • タンパク質・ペプチド: Entry-fusion complex protein OPG094
    • タンパク質・ペプチド: Superinfection exclusion protein
    • タンパク質・ペプチド: Protein OPG185
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Quaternary complex of vaccinia virus A16, G9, K2, and the Ig doma...

超分子名称: Quaternary complex of vaccinia virus A16, G9, K2, and the Ig domain of A56
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Vaccinia virus (ウイルス) / 株: Western reserve
分子量理論値: 155 KDa

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分子 #1: Virion membrane protein OPG143

分子名称: Virion membrane protein OPG143 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vaccinia virus Western Reserve (ウイルス)
分子量理論値: 39.110977 KDa
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
配列文字列: RSAAAVTLNR IKIAPGIADI RDKYMELGFN YPEYNRAVKF AEESYTYYYE TSPGEIKPKF CLIDGMSIDH CSSFIVPEFA KQYVLIHGE PCSSFKFRPG SLIYYQNEVT PEYIKDLKHA TDYIASGQRC HFIKKDYLLG DSDSVAKCCS KTNTKHCPKI F NNNYKTEH ...文字列:
RSAAAVTLNR IKIAPGIADI RDKYMELGFN YPEYNRAVKF AEESYTYYYE TSPGEIKPKF CLIDGMSIDH CSSFIVPEFA KQYVLIHGE PCSSFKFRPG SLIYYQNEVT PEYIKDLKHA TDYIASGQRC HFIKKDYLLG DSDSVAKCCS KTNTKHCPKI F NNNYKTEH CDDFMTGFCR NDPGNPNCLE WLRAKRKPAM STYSDICSKH MDARYCSEFI RIIRPDYFTF GDTALYVFCN DH KGNRNCW CANYPKSNSG DKYLGPRVCW LHECTDESRD RKWLYYNQDV QRTRCKYVGG SGLVPRGSGG SGGSHHHHHH HHG GSGTGG LNDIFEAQKI EWHE

UniProtKB: Virion membrane protein OPG143

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分子 #2: Entry-fusion complex protein OPG094

分子名称: Entry-fusion complex protein OPG094 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vaccinia virus Western Reserve (ウイルス)
分子量理論値: 35.601871 KDa
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
配列文字列: AGGVSVELPK RDPPPGVPTD EMLLNVDKMH DVIAPAKLLE YVHIGPLAKD KEDKVKKRYP EFRLVNTGPG GLSALLRQSY AGTAPNCCR TFQRTHYWKK DGKISDKYEE GAVLESCWPD VHDTGKCDVD LFDWCQGDTF DRNICHQWIG SAFNRADRTV E GQQSLINL ...文字列:
AGGVSVELPK RDPPPGVPTD EMLLNVDKMH DVIAPAKLLE YVHIGPLAKD KEDKVKKRYP EFRLVNTGPG GLSALLRQSY AGTAPNCCR TFQRTHYWKK DGKISDKYEE GAVLESCWPD VHDTGKCDVD LFDWCQGDTF DRNICHQWIG SAFNRADRTV E GQQSLINL YNKMQTLCSK DASVPICESF LHHLRAHNTE DSKEMIDYIL RQQSADFKQK YMRCSYPTRD KLEESLKYAE PR ECWDPEC SNANVNFLLT RNYNNLGLCN IVRGSGLVPR GSLEDDDDKA GWSHPQFEKG GGSGGGSGGG SWSHPQFEK

UniProtKB: Entry-fusion complex protein OPG094

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分子 #3: Superinfection exclusion protein

分子名称: Superinfection exclusion protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vaccinia virus Western Reserve (ウイルス)
分子量理論値: 46.73891 KDa
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
配列文字列: YRLQGFTNAG IVAYKNIQDD NIVFSPFGYS FSMFMSLLPA SGNTRIELLK TMDLRKRDLG PAFTELISGL AKLKTSKYTY TDLTYQSFV DNTVSIKPSY YQQYHRFGLY RLNFRRDAVN KINSIVERRS GMSNVVDSNM LDNNTLWAII NTIYFKGIWQ Y PFDITKTR ...文字列:
YRLQGFTNAG IVAYKNIQDD NIVFSPFGYS FSMFMSLLPA SGNTRIELLK TMDLRKRDLG PAFTELISGL AKLKTSKYTY TDLTYQSFV DNTVSIKPSY YQQYHRFGLY RLNFRRDAVN KINSIVERRS GMSNVVDSNM LDNNTLWAII NTIYFKGIWQ Y PFDITKTR NASFTNKYGT KTVPMMNVVT KLQGNTITID DEEYDMVRLP YKDANISMYL AIGDNMTHFT DSITAAKLDY WS FQLGNKV YNLKLPKFSI ENKRDIKSIA EMMAPSMFNP DNASFKHMTR DPLYIYKMFQ NAKIDVDEQG TVAEASTIMV ATA RSSPEK LEFNTPFVFI IRHDITGFIL FMGKVESPGS GLVPRGSGSA GWSHPQFEKG GGSGGGSGGG SWSHPQFEKG TGGL NDIFE AQKIEWHE

UniProtKB: Superinfection exclusion protein

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分子 #4: Protein OPG185

分子名称: Protein OPG185 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vaccinia virus Western Reserve (ウイルス)
分子量理論値: 15.592021 KDa
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
配列文字列:
RSTPFPQTSK KIGDDATLSC NRNNTNDYVV MSAWYKEPNS IILLAAKSDV LYFDNYTKDK ISYDSPYDDL VTTITIKSLT ARDAGTYVC AFFMTSTTND TDKVDYEEYS TELIVNTDSE GSGLVPRGSG SGHHHHHHHH

UniProtKB: Protein OPG185

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分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 5.5 / 詳細: Tris 100 mM MES 50 mM NaOAc 50 mM NaCl 150 mM
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: GOLD
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細concentration = 2 uM

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 205000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

9hbk

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 65223
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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