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- PDB-9hpa: Structure of A16/G9 (vaccinia virus) in complex with VHH D07 and ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hpa
タイトルStructure of A16/G9 (vaccinia virus) in complex with VHH D07 and VHH E12
要素
  • Entry-fusion complex protein OPG094
  • VHH D07
  • VHH E12
  • Virion membrane protein OPG143
キーワードVIRAL PROTEIN / poxvirus / viral fusion / vaccinia virus / mpox virus
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane fusion involved in viral entry into host cell / DNA-templated transcription termination / helicase activity / hydrolase activity / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion membrane / DNA binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Pox virus entry-fusion-complex G9/A16 / Pox virus entry-fusion-complex G9/A16
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION / Entry-fusion complex protein OPG094 / Virion membrane protein OPG143
類似検索 - 構成要素
生物種Vaccinia virus Western Reserve (ウイルス)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Vernuccio, R. / Meola, A. / Guardado-Calvo, P.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-22-CE11-0003 フランス
引用ジャーナル: Cell / 年: 2025
タイトル: Structural basis of poxvirus fusion regulation and anti-A16/G9 antibody-mediated neutralization and protection.
著者: Annalisa Meola / Riccardo Vernuccio / Leandro Battini / Guillermo Albericio / Pilar Delgado / Rebecca Bamford / Laura Pokorny / Manon Broutin / Alejandro Martínez León / Sébastien Gallien ...著者: Annalisa Meola / Riccardo Vernuccio / Leandro Battini / Guillermo Albericio / Pilar Delgado / Rebecca Bamford / Laura Pokorny / Manon Broutin / Alejandro Martínez León / Sébastien Gallien / María Gil / María A Noriega / Florence Guivel-Benhassine / Françoise Porrot / Jeanne Postal / Julian Buchrieser / Mathieu Hubert / Ahmed Haouz / Pierre Lafaye / Mariano Esteban / Jochen S Hub / Matthieu Mahévas / Pascal Chappert / Jason Mercer / Juan Garcia-Arriaza / Olivier Schwartz / Pablo Guardado-Calvo /
要旨: Monkeypox virus (MPXV) is a poxvirus endemic to Central and West Africa with high epidemic potential. Poxviruses enter host cells via a conserved entry-fusion complex (EFC), which mediates viral ...Monkeypox virus (MPXV) is a poxvirus endemic to Central and West Africa with high epidemic potential. Poxviruses enter host cells via a conserved entry-fusion complex (EFC), which mediates viral fusion to the cell membrane. The EFC is a promising therapeutic target, but the absence of structural data has limited the development of fusion-inhibiting treatments. Here, we investigated A16/G9, a subcomplex of the EFC that controls fusion timing. Using cryo-electron microscopy, we showed how A16/G9 interacts with A56/K2, a viral fusion suppressor that prevents superinfection. Immunization with A16/G9 elicited a protective immune response in mice. Using X-ray crystallography, we characterized two neutralizing antibodies and engineered a chimeric antibody that cross-neutralizes several poxviruses more efficiently than 7D11, the most potent antibody targeting the EFC described to date. These findings highlight the potential of A16/G9 as a candidate for subunit vaccines and identify regions of the EFC as targets for antiviral development.
履歴
登録2024年12月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年9月10日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22025年11月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Virion membrane protein OPG143
B: Entry-fusion complex protein OPG094
D: VHH E12
C: VHH D07
E: Virion membrane protein OPG143
F: Entry-fusion complex protein OPG094
H: VHH E12
G: VHH D07
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)225,99519
ポリマ－224,8918
非ポリマー1,10511
水1,78399
1
A: Virion membrane protein OPG143
B: Entry-fusion complex protein OPG094
D: VHH E12
C: VHH D07
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,04110
ポリマ－112,4454
非ポリマー5956
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Virion membrane protein OPG143
F: Entry-fusion complex protein OPG094
H: VHH E12
G: VHH D07
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,9559
ポリマ－112,4454
非ポリマー5095
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.204, 148.041, 185.708
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 AEBF

#1: タンパク質 Virion membrane protein OPG143


分子量: 40941.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vaccinia virus Western Reserve (ウイルス)
遺伝子: OPG143, VACWR136, A16L
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P16710
#2: タンパク質 Entry-fusion complex protein OPG094 / EFC protein OPG094 / Myristoylated protein G9 / Protein F1


分子量: 37432.238 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vaccinia virus Western Reserve (ウイルス)
遺伝子: OPG094, VACWR087, G9R
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P07611

-
抗体 , 2種, 4分子 DHCG

#3: 抗体 VHH E12


分子量: 17105.908 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#4: 抗体 VHH D07


分子量: 16965.787 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

-
非ポリマー , 4種, 110分子

#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.54 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20 % w/v PEG 1K, 0.1 M Na Phos Cit pH 4.2, 0.2 M LiSO4 (cryoprotected with 33% Ethylene glycol)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.978565 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年9月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978565 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→39.33 Å / Num. obs: 38737 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 70.7 Å2 / CC1/2: 0.989 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 3.1→3.24 Å / Num. unique obs: 4739 / CC1/2: 0.373

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→39.33 Å / SU ML: 0.4769 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.8725
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2652 1982 5.13 %
Rwork0.2225 36656 -
obs0.2248 38638 96.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 85.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→39.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12624 0 65 99 12788
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002312976
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.468517535
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04061824
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00372288
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.64924824
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.180.38151340.33952594X-RAY DIFFRACTION97.85
3.18-3.260.35281470.32962650X-RAY DIFFRACTION98.14
3.26-3.360.38251270.3152605X-RAY DIFFRACTION98.06
3.36-3.470.30161260.29592615X-RAY DIFFRACTION97.86
3.47-3.590.33911500.27012582X-RAY DIFFRACTION96.88
3.59-3.740.29471410.25062613X-RAY DIFFRACTION96.9
3.74-3.910.29981340.23222625X-RAY DIFFRACTION97.63
3.91-4.110.25341460.22972618X-RAY DIFFRACTION97.56
4.11-4.370.26731460.1982601X-RAY DIFFRACTION97.2
4.37-4.70.23861480.17462592X-RAY DIFFRACTION96.82
4.71-5.180.23861490.17812620X-RAY DIFFRACTION96.21
5.18-5.920.24651430.19292606X-RAY DIFFRACTION95.52
5.92-7.450.22121460.20612640X-RAY DIFFRACTION95.64
7.46-39.330.20621450.18212695X-RAY DIFFRACTION93.02
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.09010395394-0.6028643226422.361027260441.68350165456-0.7815178196581.656346543730.14367223201-0.1383640269-0.02952943249760.2328435932680.114552063491-0.1698698899010.01846502126480.00506325585435-0.0001459179638680.8522321904040.0115553265242-0.06787542187140.809724030790.04304838024440.692056817495-10.1902403228-15.748796754560.4270666139
21.44056584982-0.1601106357722.77161346460.255336722881-0.4567387965255.56214848352-0.126144587984-0.134061217201-0.08128877118060.1191538474070.0219221346995-0.0216689789467-0.150511859748-0.2310353480486.99917084551E-50.770423526999-0.0098324684417-0.0187952209140.713427736064-0.00231666699040.733521774229-26.2361472194-18.830425772526.9062010071
32.16253628544-0.663338000785-0.4932921017390.988668495657-0.3329107389822.43623347921-0.129961956892-0.4477794177160.303636084042-0.0427634882193-0.3341183439470.0958629538049-0.0371887003969-0.2448463485950.000240064772740.710751484246-0.145946410602-0.04680812137040.8202613424060.0003835662178560.734378148705-41.4387162442-14.7100820039-12.3742216074
40.87174095360.249931902095-0.4735056619670.4795733799041.210974980413.044061678180.2060683879260.150232084455-0.0123432917730.011627849381-0.017924114746-0.09236978413860.2575797139290.195810270537-1.131504289E-50.8674777121620.0286959612063-0.0992100281090.6381289015510.01650217634530.779949887402-19.5523364569-30.677198399733.2418248541
52.33669095435-1.12449790272-0.03420156844151.77267651430.8377618657533.03347572491-0.01390745404880.0486207063725-0.265604810947-0.079026061629-0.01168889307730.2550175444520.2648947771390.350568756329-5.16111815773E-60.918362759505-0.0389597500191-0.07551944803140.6983392243310.09533180338260.931803864547-22.1465632322-30.36325974135.87972471245
62.69272375034-1.275151027391.191719694632.56819185374-1.111271648474.046685839330.1350454359270.3194970403270.115650708977-0.0117706698957-0.24598684285-0.1641956984370.5829474131690.481666371353-3.45328497144E-50.681633169224-0.02688015119660.06818444344040.7904586104430.02806332598490.702654512667-25.6654611621-22.869220593-20.0880489972
71.20236501335-0.38888271788-0.9523657678862.08988499271-0.755976514753.222221768470.334729262976-0.09916844061450.00818521402576-0.196310798725-0.365027181139-0.06523569386370.08934628777390.0606447285185-3.78476214237E-50.5441093922710.0274391016213-0.01949943787330.610346265116-0.1156494284950.679111415233-18.2716758124-11.490588435-43.8417742926
81.37718926506-0.0661546955129-1.429812342290.162790122908-0.1295437621641.830233838340.0264078841611-0.302885027503-0.2912975800230.4322068004460.005527748167960.05653616702980.0783736544792-0.414308067846.33985880342E-50.5868121037340.0984752386649-0.02908035801380.8076100735170.06024205481030.619452673698-19.0282572616-14.6021422793-37.4472117158
90.777412548190.456949707587-0.3224669123440.545043246259-0.4163244620841.65705777658-0.140312419142-1.146550821170.253085671941-0.3126533378970.4321733880330.378561064425-0.239320096691-0.2573127146050.0003983385146370.776372772980.0955705267897-0.1028199383621.09230725410.09529654712580.977860388099-23.4352645627-11.2295662621-46.424717339
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain A and resid 5:94)AA5 - 941 - 90
22(chain A and resid 95:241)AA95 - 24191 - 237
33(chain A and resid 242:294)AA242 - 294238 - 290
44(chain B and resid 7:107)BB7 - 1071 - 101
55(chain B and resid 108:158)BB108 - 158102 - 152
66(chain B and resid 159:271)BB159 - 271153 - 265
77(chain C and resid 3:47)CG3 - 471 - 45
88(chain C and resid 48:100)CG48 - 10046 - 98
99(chain C and resid 101:120)CG101 - 12099 - 118
1010(chain D and resid 3:62)DF3 - 621 - 60
1111(chain D and resid 63:96)DF63 - 9661 - 94
1212(chain D and resid 97:119)DF97 - 11995 - 117
1313(chain E and resid 5:81)EI5 - 811 - 77
1414(chain E and resid 82:133)EI82 - 13378 - 129
1515(chain E and resid 134:294)EI134 - 294130 - 290
1616(chain F and resid 7:83)FK7 - 831 - 77
1717(chain F and resid 84:174)FK84 - 17478 - 168
1818(chain F and resid 175:271)FK175 - 271169 - 265
1919(chain G and resid 3:13)GN3 - 131 - 11
2020(chain G and resid 14:89)GN14 - 8912 - 87
2121(chain G and resid 90:120)GN90 - 12088 - 118
2222(chain H and resid 3:16)HM3 - 161 - 14
2323(chain H and resid 17:91)HM17 - 9115 - 89
2424(chain H and resid 92:119)HM92 - 11990 - 117

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る