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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5381 | |||||||||
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タイトル | Cdc6-induced Conformational Changes in ORC Bound To Origin DNA Revealed by Cryo-Electron Microscopy. This map may be mirrored (based on comparison to EMD-5625). | |||||||||
マップデータ | cryoEM structure of Yeast Origin Recognition complex with dsDNA and Cdc6. This map may be mirrored (based on comparison to EMD-5625). | |||||||||
試料 |
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キーワード | ORC / Cdc6 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 15.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Sun J / Kawakami H / Zech J / Speck C / Stillman B / Li H | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2012 タイトル: Cdc6-induced conformational changes in ORC bound to origin DNA revealed by cryo-electron microscopy. 著者: Jingchuan Sun / Hironori Kawakami / Juergen Zech / Christian Speck / Bruce Stillman / Huilin Li / 要旨: The eukaryotic origin recognition complex (ORC) interacts with and remodels origins of DNA replication prior to initiation in S phase. Here, we report a single-particle cryo-EM-derived structure of ...The eukaryotic origin recognition complex (ORC) interacts with and remodels origins of DNA replication prior to initiation in S phase. Here, we report a single-particle cryo-EM-derived structure of the supramolecular assembly comprising Saccharomyces cerevisiae ORC, the replication initiation factor Cdc6, and double-stranded ARS1 origin DNA in the presence of ATPγS. The six subunits of ORC are arranged as Orc1:Orc4:Orc5:Orc2:Orc3, with Orc6 binding to Orc2. Cdc6 binding changes the conformation of ORC, in particular reorienting the Orc1 N-terminal BAH domain. Segmentation of the 3D map of ORC-Cdc6 on DNA and docking with the crystal structure of the homologous archaeal Orc1/Cdc6 protein suggest an origin DNA binding model in which the DNA tracks along the interior surface of the crescent-like ORC. Thus, ORC bends and wraps the DNA. This model is consistent with the observation that binding of a single Cdc6 extends the ORC footprint on origin DNA from both ends. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5381.map.gz | 390.2 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5381-v30.xml emd-5381.xml | 9.6 KB 9.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5381_1.jpg | 27.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5381 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5381 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_5381_validation.pdf.gz | 78.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_5381_full_validation.pdf.gz | 77.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_5381_validation.xml.gz | 493 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5381 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5381 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5381.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 422.9 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | cryoEM structure of Yeast Origin Recognition complex with dsDNA and Cdc6. This map may be mirrored (based on comparison to EMD-5625). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.23 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Yeast Origin Recognition Complex with dsDNA and Cdc6
全体 | 名称: Yeast Origin Recognition Complex with dsDNA and Cdc6 |
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要素 |
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-超分子 #1000: Yeast Origin Recognition Complex with dsDNA and Cdc6
超分子 | 名称: Yeast Origin Recognition Complex with dsDNA and Cdc6 タイプ: sample / ID: 1000 詳細: ORC and Cdc6 are mixed with 66 bp DNA with ARS1 in ATPrS Number unique components: 8 |
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分子量 | 実験値: 500 KDa / 理論値: 500 KDa |
-分子 #1: Yeast Origin Recognition Complex and Cdc6
分子 | 名称: Yeast Origin Recognition Complex and Cdc6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: ORC, Cdc6 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: ORC, Cdc6 |
分子量 | 実験値: 500 KDa / 理論値: 500 KDa |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 組換プラスミド: pCITE-2a |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.4 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 50 mM HEPES/KOH, pH 7.5, 1 mM EDTA, 1 mM EGTA, 1 mM DTT, 100 mM KGlu |
グリッド | 詳細: 300 mesh lacey grid with thin continuous carbon |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 70 % / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: FEI Vitrobot / 手法: Blot 5 seconds |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 2010F |
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撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: NIKON COOLSCAN / デジタル化 - サンプリング間隔: 6.35 µm / 平均電子線量: 15 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 60000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 8.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 倍率(公称値): 60000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Gatan 626200 / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Each particle set |
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最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN1.8 / 使用した粒子像数: 54000 |