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万見
- EMDB-5381: Cdc6-induced Conformational Changes in ORC Bound To Origin DNA Re... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5381
タイトルCdc6-induced Conformational Changes in ORC Bound To Origin DNA Revealed by Cryo-Electron Microscopy. This map may be mirrored (based on comparison to EMD-5625).
マップデータcryoEM structure of Yeast Origin Recognition complex with dsDNA and Cdc6. This map may be mirrored (based on comparison to EMD-5625).
試料
  • 試料: Yeast Origin Recognition Complex with dsDNA and Cdc6
  • タンパク質・ペプチド: Yeast Origin Recognition Complex and Cdc6
キーワードORC / Cdc6
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 15.0 Å
データ登録者Sun J / Kawakami H / Zech J / Speck C / Stillman B / Li H
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Cdc6-induced conformational changes in ORC bound to origin DNA revealed by cryo-electron microscopy.
著者: Jingchuan Sun / Hironori Kawakami / Juergen Zech / Christian Speck / Bruce Stillman / Huilin Li /
要旨: The eukaryotic origin recognition complex (ORC) interacts with and remodels origins of DNA replication prior to initiation in S phase. Here, we report a single-particle cryo-EM-derived structure of ...The eukaryotic origin recognition complex (ORC) interacts with and remodels origins of DNA replication prior to initiation in S phase. Here, we report a single-particle cryo-EM-derived structure of the supramolecular assembly comprising Saccharomyces cerevisiae ORC, the replication initiation factor Cdc6, and double-stranded ARS1 origin DNA in the presence of ATPγS. The six subunits of ORC are arranged as Orc1:Orc4:Orc5:Orc2:Orc3, with Orc6 binding to Orc2. Cdc6 binding changes the conformation of ORC, in particular reorienting the Orc1 N-terminal BAH domain. Segmentation of the 3D map of ORC-Cdc6 on DNA and docking with the crystal structure of the homologous archaeal Orc1/Cdc6 protein suggest an origin DNA binding model in which the DNA tracks along the interior surface of the crescent-like ORC. Thus, ORC bends and wraps the DNA. This model is consistent with the observation that binding of a single Cdc6 extends the ORC footprint on origin DNA from both ends.
履歴
登録2012年1月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年1月11日-
マップ公開2012年3月14日-
更新2014年6月4日-
現状2014年6月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5381_1.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5381.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 422.9 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈cryoEM structure of Yeast Origin Recognition complex with dsDNA and Cdc6. This map may be mirrored (based on comparison to EMD-5625).
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.23 Å/pix.
x 48 pix.
= 203.04 Å		4.23 Å/pix.
x 48 pix.
= 203.04 Å		4.23 Å/pix.
x 48 pix.
= 203.04 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.23 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-0.47482175 - 7.11127949
平均 (標準偏差)0.21266665 (±0.72353882)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-24-24-24
サイズ484848
Spacing484848
セルA=B=C: 203.04001 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.234.234.23
M x/y/z484848
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z203.040203.040203.040
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-62-62-62
NX/NY/NZ125125125
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-24-24-24
NC/NR/NS484848
D min/max/mean-0.4757.1110.213

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Yeast Origin Recognition Complex with dsDNA and Cdc6

全体名称: Yeast Origin Recognition Complex with dsDNA and Cdc6
要素
  • 試料: Yeast Origin Recognition Complex with dsDNA and Cdc6
  • タンパク質・ペプチド: Yeast Origin Recognition Complex and Cdc6

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超分子 #1000: Yeast Origin Recognition Complex with dsDNA and Cdc6

超分子名称: Yeast Origin Recognition Complex with dsDNA and Cdc6
タイプ: sample / ID: 1000
詳細: ORC and Cdc6 are mixed with 66 bp DNA with ARS1 in ATPrS
Number unique components: 8
分子量実験値: 500 KDa / 理論値: 500 KDa

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分子 #1: Yeast Origin Recognition Complex and Cdc6

分子名称: Yeast Origin Recognition Complex and Cdc6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: ORC, Cdc6 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: ORC, Cdc6
分子量実験値: 500 KDa / 理論値: 500 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 組換プラスミド: pCITE-2a

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.4 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 50 mM HEPES/KOH, pH 7.5, 1 mM EDTA, 1 mM EGTA, 1 mM DTT, 100 mM KGlu
グリッド詳細: 300 mesh lacey grid with thin continuous carbon
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 70 % / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: FEI Vitrobot / 手法: Blot 5 seconds

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2010F
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: NIKON COOLSCAN / デジタル化 - サンプリング間隔: 6.35 µm / 平均電子線量: 15 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 60000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 8.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダー: Gatan 626200 / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle set
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN1.8 / 使用した粒子像数: 54000

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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