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万見
- EMDB-5378: The structure of PBCV-1 (icosahedrally averaged map) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5378
タイトルThe structure of PBCV-1 (icosahedrally averaged map)
マップデータIcosahedrally averaged cryo-EM electron density map of PBCV-1.
試料
  • 試料: PBCV-1
  • ウイルス: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
キーワードCell entry / minor protein / double jelly-roll
生物種Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.8 Å
データ登録者Zhang XZ / Xiang Y / Dunigan DD / Klose T / Chipman PR / Etten JLV / Rossmann MG
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2011
タイトル: Three-dimensional structure and function of the Paramecium bursaria chlorella virus capsid.
著者: Xinzheng Zhang / Ye Xiang / David D Dunigan / Thomas Klose / Paul R Chipman / James L Van Etten / Michael G Rossmann /
要旨: A cryoelectron microscopy 8.5 Å resolution map of the 1,900 Å diameter, icosahedral, internally enveloped Paramecium bursaria chlorella virus was used to interpret structures of the virus at ...A cryoelectron microscopy 8.5 Å resolution map of the 1,900 Å diameter, icosahedral, internally enveloped Paramecium bursaria chlorella virus was used to interpret structures of the virus at initial stages of cell infection. A fivefold averaged map demonstrated that two minor capsid proteins involved in stabilizing the capsid are missing in the vicinity of the unique vertex. Reconstruction of the virus in the presence of host chlorella cell walls established that the spike at the unique vertex initiates binding to the cell wall, which results in the enveloped nucleocapsid moving closer to the cell. This process is concurrent with the release of the internal viral membrane that was linked to the capsid by many copies of a viral membrane protein in the mature infectous virus. Simultaneously, part of the trisymmetrons around the unique vertex disassemble, probably in part because two minor capsid proteins are absent, causing Paramecium bursaria chlorella virus and the cellular contents to merge, possibly as a result of enzyme(s) within the spike assembly. This may be one of only a few recordings of successive stages of a virus while infecting a eukaryotic host in pseudoatomic detail in three dimensions.
履歴
登録2012年1月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年6月28日-
マップ公開2012年6月28日-
更新2012年6月28日-
現状2012年6月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5378_1.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5378.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 500 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Icosahedrally averaged cryo-EM electron density map of PBCV-1.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.84 Å/pix.
x 512 pix.
= 1966.08 Å		3.84 Å/pix.
x 512 pix.
= 1966.08 Å		3.84 Å/pix.
x 512 pix.
= 1966.08 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.84 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-6.01991463 - 9.40255642
平均 (標準偏差)0.15141939 (±0.99999994)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-512-512-512
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 1966.08 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.843.843.84
M x/y/z512512512
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1966.0801966.0801966.080
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-62-62-62
NX/NY/NZ125125125
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-512-512-512
NC/NR/NS512512512
D min/max/mean-6.0209.4030.151

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : PBCV-1

全体名称: PBCV-1
要素
  • 試料: PBCV-1
  • ウイルス: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)

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超分子 #1000: PBCV-1

超分子名称: PBCV-1 / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 8

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超分子 #1: Paramecium bursaria Chlorella virus 1

超分子名称: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: PBCV-1 / NCBI-ID: 10506 / 生物種: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: PBCV-1
宿主生物種: Chlorella variabilis (植物) / 別称: ALGAE
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: VP54 / 直径: 1850 Å

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7 / 詳細: BBM
グリッド詳細: 200 mesh grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / チャンバー内温度: 174 K / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM300FEG/T
温度平均: 175 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 250,000 times magnification
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - サンプリング間隔: 6.75 µm / 実像数: 800 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 33065 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 33000
試料ステージ試料ホルダー: Single tilt holder / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: Each micrograph
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN / 使用した粒子像数: 17016

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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