[日本語] English
万見
- EMDB-5374: Structural basis for broad detection of genogroup II noroviruses ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5374
タイトルStructural basis for broad detection of genogroup II noroviruses by a monoclonal antibody that binds to a site occluded in the viral particle
マップデータSurface rendering of GII.10 norovirus VLP
試料
  • 試料: GII.10 norovirus VLP
  • ウイルス: Norovirus genogroup GII.10 (ウイルス)
キーワードnorovirus
生物種Norovirus genogroup GII.10 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.0 Å
データ登録者Hansman GS / Taylor DW / McLellan JS / Smith TJ / Georgiev I / Tame JRH / Park SY / Yamazaki M / Gondaira F / Miki M ...Hansman GS / Taylor DW / McLellan JS / Smith TJ / Georgiev I / Tame JRH / Park SY / Yamazaki M / Gondaira F / Miki M / Katayama K / Murata K / Kwong PD
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2012
タイトル: Structural basis for broad detection of genogroup II noroviruses by a monoclonal antibody that binds to a site occluded in the viral particle.
著者: Grant S Hansman / David W Taylor / Jason S McLellan / Thomas J Smith / Ivelin Georgiev / Jeremy R H Tame / Sam-Yong Park / Makoto Yamazaki / Fumio Gondaira / Motohiro Miki / Kazuhiko Katayama ...著者: Grant S Hansman / David W Taylor / Jason S McLellan / Thomas J Smith / Ivelin Georgiev / Jeremy R H Tame / Sam-Yong Park / Makoto Yamazaki / Fumio Gondaira / Motohiro Miki / Kazuhiko Katayama / Kazuyoshi Murata / Peter D Kwong /
要旨: Human noroviruses are genetically and antigenically highly divergent. Monoclonal antibodies raised in mice against one kind of norovirus virus-like particle (VLP), however, were found to have broad ...Human noroviruses are genetically and antigenically highly divergent. Monoclonal antibodies raised in mice against one kind of norovirus virus-like particle (VLP), however, were found to have broad recognition. In this study, we present the crystal structure of the antigen-binding fragment (Fab) for one of these broadly reactive monoclonal antibodies, 5B18, in complex with the capsid-protruding domain from a genogroup II genotype 10 (GII.10) norovirus at 3.3-Å resolution and, also, the cryo-electron microscopy structure of the GII.10 VLP at ∼10-Å resolution. The GII.10 VLP structure was more similar in overall architecture to the GV.1 murine norovirus virion than to the prototype GI.1 human norovirus VLP, with the GII.10 protruding domain raised ∼15 Å off the shell domain and rotated ∼40° relative to the GI.1 protruding domain. In the crystal structure, the 5B18 Fab bound to a highly conserved region of the protruding domain. Based on the VLP structure, this region is involved in interactions with other regions of the capsid and is buried in the virus particle. Despite the occluded nature of the recognized epitope in the VLP structure, enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) binding suggested that the 5B18 antibody was able to capture intact VLPs. Together, the results provide evidence that the norovirus particle is capable of extreme conformational flexibility, which may allow for antibody recognition of conserved surfaces that would otherwise be buried on intact particles.
履歴
登録2011年12月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年1月9日-
マップ公開2012年1月30日-
更新2012年2月8日-
現状2012年2月8日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.87
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2.87
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5374.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5374.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 58.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Surface rendering of GII.10 norovirus VLP
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.4 Å/pix.
x 250 pix.
= 600. Å		2.4 Å/pix.
x 250 pix.
= 600. Å		2.4 Å/pix.
x 250 pix.
= 600. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.4 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.87 / ムービー #1: 2.87
最小 - 最大-6.03285646 - 14.81038094
平均 (標準偏差)0.0 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-125-125-125
サイズ250250250
Spacing250250250
セルA=B=C: 600.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.42.42.4
M x/y/z250250250
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z600.000600.000600.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-62-62-62
NX/NY/NZ125125125
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-125-125-125
NC/NR/NS250250250
D min/max/mean-6.03314.810-0.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : GII.10 norovirus VLP

全体名称: GII.10 norovirus VLP
要素
  • 試料: GII.10 norovirus VLP
  • ウイルス: Norovirus genogroup GII.10 (ウイルス)

-
超分子 #1000: GII.10 norovirus VLP

超分子名称: GII.10 norovirus VLP / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: icosahedral (T3) / Number unique components: 1
分子量実験値: 10 MDa / 理論値: 10 MDa

-
超分子 #1: Norovirus genogroup GII.10

超分子名称: Norovirus genogroup GII.10 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: GII.10 Vietnam 026 VLP / NCBI-ID: 747305 / 生物種: Norovirus genogroup GII.10 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes / Syn species name: GII.10 Vietnam 026 VLP
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES
分子量実験値: 10 MDa / 理論値: 10 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / T番号(三角分割数): 3

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.3 / 詳細: PBS
グリッド詳細: Quantifoil R1.2/1.3 Mo 200 mesh
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Vitrification instrument: FEI Vitrobot Mark IV. Quantifoil Mo 200 mesh holey carbon grid with a thin layer of carbon over the holes
手法: automatic blotting for 8 seconds

-
電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2200FS
日付2011年7月22日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GENERIC TVIPS (4k x 4k)
平均電子線量: 20 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 40000
試料ステージ試料ホルダー: Gatan / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

-
画像解析

詳細The particles were selected semi-automatically using the swarm program in EMAN2.
CTF補正詳細: Each image
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2 / 使用した粒子像数: 8000

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る