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万見
- EMDB-53725: Asymmetric unit of the nNPC in S. cerevisiae Not4 deletion Nup188... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-53725
タイトルAsymmetric unit of the nNPC in S. cerevisiae Not4 deletion Nup188::GFP Nup170::mars cells
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Asymmetric unit, nucleoplasmic nuclear pore complex (nNPC)
キーワードAsymmetric unit / NPC / Nuclear Pore Complex / Yeast / TRANSPORT PROTEIN
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 39.2 Å
データ登録者Sachweh J / Beck M
資金援助 ドイツ, European Union, 3件
OrganizationGrant number国
Hessian Ministry of Science, Higher Education and Art (HMWK)EnABLE ドイツ
European Research Council (ERC)724379-Complex AssemblyEuropean Union
European Research Council (ERC)101054823-NPCvalveEuropean Union
引用ジャーナル: Cell / 年: 2025
タイトル: The small GTPase Ran defines nuclear pore complex asymmetry.
著者: Jenny Sachweh / Mandy Börmel / Sven Klumpe / Anja Becker / Reiya Taniguchi / Marta Anna Kubańska / Verena Pintschovius / Eva Kaindl / Jürgen M Plitzko / Florian Wilfling / Martin Beck / Bernhard Hampoelz /
要旨: Nuclear pore complexes (NPCs) bridge across the nuclear envelope and mediate nucleocytoplasmic exchange. They consist of hundreds of nucleoporin building blocks and exemplify the structural ...Nuclear pore complexes (NPCs) bridge across the nuclear envelope and mediate nucleocytoplasmic exchange. They consist of hundreds of nucleoporin building blocks and exemplify the structural complexity of macromolecular assemblies. To ensure transport directionality, different nucleoporin complexes are attached to the cytoplasmic and nuclear face of the NPC. How those asymmetric structures are faithfully assembled onto the symmetric scaffold architecture that exposes the same interaction surfaces to either side remained enigmatic. Here, we combine cryo-electron tomography, subtomogram averaging, and template matching with live imaging to address this question in budding yeast and Drosophila. We genetically induce ectopic nuclear pores and show that pores outside the nuclear envelope are symmetric. We furthermore demonstrate that the peripheral NPC configuration is affected by the nucleotide state of the small GTPase Ran. Our findings indicate that the nuclear transport system is self-regulatory, namely that the same molecular mechanism controls both transport and transport channel composition.
履歴
登録2025年5月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月27日-
マップ公開2025年8月27日-
更新2025年9月3日-
現状2025年9月3日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_53725.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_53725.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
8.7 Å/pix.
x 90 pix.
= 783.36 Å		8.7 Å/pix.
x 90 pix.
= 783.36 Å		8.7 Å/pix.
x 90 pix.
= 783.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 8.704 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.126
最小 - 最大-0.38552266 - 0.51041645
平均 (標準偏差)0.00012061924 (±0.0817695)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ909090
Spacing909090
セルA=B=C: 783.36005 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_53725_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Halfmap used for FSC calculation

ファイルemd_53725_half_map_1.map
注釈Halfmap used for FSC calculation
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Halfmap used for FSC calculation

ファイルemd_53725_half_map_2.map
注釈Halfmap used for FSC calculation
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Asymmetric unit, nucleoplasmic nuclear pore complex (nNPC)

全体名称: Asymmetric unit, nucleoplasmic nuclear pore complex (nNPC)
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Asymmetric unit, nucleoplasmic nuclear pore complex (nNPC)

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超分子 #1: Asymmetric unit, nucleoplasmic nuclear pore complex (nNPC)

超分子名称: Asymmetric unit, nucleoplasmic nuclear pore complex (nNPC)
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Asymmetric unit of the nNPC in S. cerevisiae Not4 deletion Nup188::GFP Nup170::mars cells
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R1/4 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: SILICON DIOXIDE / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: LEICA EM GP
詳細Liquid cultures, OD600 of 0.3-0.8, synthetic complete (SD) medium with 2% glucose

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 2.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 39.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: novaSTA / 使用したサブトモグラム数: 1654
抽出トモグラム数: 40 / 使用した粒子像数: 278 / ソフトウェア - 名称: novaSTA
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: novaSTA
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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