[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルThe small GTPase Ran defines nuclear pore complex asymmetry.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 188, Issue 21, Page 5931-5946.e16, Year 2025
掲載日2025年10月16日
著者Jenny Sachweh / Mandy Börmel / Sven Klumpe / Anja Becker / Reiya Taniguchi / Marta Anna Kubańska / Verena Pintschovius / Eva Kaindl / Jürgen M Plitzko / Florian Wilfling / Martin Beck / Bernhard Hampoelz /
PubMed 要旨Nuclear pore complexes (NPCs) bridge across the nuclear envelope and mediate nucleocytoplasmic exchange. They consist of hundreds of nucleoporin building blocks and exemplify the structural ...Nuclear pore complexes (NPCs) bridge across the nuclear envelope and mediate nucleocytoplasmic exchange. They consist of hundreds of nucleoporin building blocks and exemplify the structural complexity of macromolecular assemblies. To ensure transport directionality, different nucleoporin complexes are attached to the cytoplasmic and nuclear face of the NPC. How those asymmetric structures are faithfully assembled onto the symmetric scaffold architecture that exposes the same interaction surfaces to either side remained enigmatic. Here, we combine cryo-electron tomography, subtomogram averaging, and template matching with live imaging to address this question in budding yeast and Drosophila. We genetically induce ectopic nuclear pores and show that pores outside the nuclear envelope are symmetric. We furthermore demonstrate that the peripheral NPC configuration is affected by the nucleotide state of the small GTPase Ran. Our findings indicate that the nuclear transport system is self-regulatory, namely that the same molecular mechanism controls both transport and transport channel composition.
リンクCell / PubMed:40829587
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度31.1 - 69.0 Å
構造データ

EMDB-53721: Asymmetric unit of the NE-NPC in S. cerevisiae Not4 deletion Nup188::GFP Nup170::mars cells
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 37.3 Å

EMDB-53722: Cytoplasmic ring asymmetric unit of the NE-NPC in S. cerevisiae Not4 deletion Nup188::GFP Nup170::mars cells
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 44.0 Å

EMDB-53723: Inner ring asymmetric unit of the NE-NPC in S. cerevisiae Not4 deletion Nup188::GFP Nup170::mars cells
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 35.3 Å

EMDB-53724: Nuclear ring asymmetric unit of the NE-NPC in S. cerevisiae Not4 deletion Nup188::GFP Nup170::mars cells
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 46.4 Å

EMDB-53725: Asymmetric unit of the nNPC in S. cerevisiae Not4 deletion Nup188::GFP Nup170::mars cells
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 39.2 Å

EMDB-53727: Top nuclear ring asymmetric unit of the nNPC in S. cerevisiae Not4 deletion Nup188::GFP Nup170::mars cells
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 38.3 Å

EMDB-53728: Inner ring asymmetric unit of the nNPC in S. cerevisiae Not4 deletion Nup188::GFP Nup170::mars cells
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 36.8 Å

EMDB-53729: Bottom nuclear ring asymmetric unit of the nNPC in S. cerevisiae Not4 deletion Nup188::GFP Nup170::mars cells
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 39.9 Å

EMDB-53731: Nuclear pore complex in the nuclear envelope (NE-NPC) in S. cerevisiae Not4 deletion Nup188::GFP Nup170::mars cells, composite structure
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 35.5 Å

EMDB-53732: Nuclear pore complex in nucleoplasmic membranes (nNPC) in S. cerevisiae Not4 deletion Nup188::GFP Nup170::mars cells, composite structure
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 36.8 Å

EMDB-53739: Asymmetric unit of the NE-NPC in D. melanogaster Nup358::VN/Nup358::VC cells
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 40.2 Å

EMDB-53740: Cytoplasmic ring asymmetric unit of the NE-NPC in D. melanogaster Nup358::VN/Nup358::VC cells
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 34.5 Å

EMDB-53741: Inner ring asymmetric unit of the NE-NPC in D. melanogaster Nup358::VN/Nup358::VC cells
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 31.1 Å

EMDB-53742: Nuclear ring asymmetric unit of the NE-NPC in D. melanogaster Nup358::VN/Nup358::VC cells
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 34.5 Å

EMDB-53743: Nuclear basket asymmetric unit of the NE-NPC in D. melanogaster Nup358::VN/Nup358::VC cells
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 43.9 Å

EMDB-53744: Asymmetric unit of the cNPC in D. melanogaster Nup358::VN/Nup358::VC cells
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 69.0 Å

EMDB-53745: Top cytoplasmic ring asymmetric unit of the cNPC in D. melanogaster Nup358::VN/Nup358::VC cells
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 50.8 Å

EMDB-53746: Inner ring asymmetric unit of the cNPC in D. melanogaster Nup358::VN/Nup358::VC cells
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 37.1 Å

EMDB-53747: Bottom cytoplasmic ring asymmetric unit of the cNPC in D. melanogaster Nup358::VN/Nup358::VC cells
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 46.0 Å

EMDB-53750: Nuclear pore complex in the nuclear envelope (NE-NPC) in D. melanogaster Nup358::VN/Nup358::VC cells, composite structure
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 31.1 Å

EMDB-53751: Nuclear pore complex in cytoplasmic membranes (cNPC) in D. melanogaster Nup358::VN/Nup358::VC cells, composite structure
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 37.1 Å

由来
  • Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
  • Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る