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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5371 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of full-length NSF in the ADP state | |||||||||
マップデータ | NSF hexamer in the ADP state | |||||||||
試料 |
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キーワード | membrane fusion / AAA+ ATPase | |||||||||
生物種 | Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Chang LF / Chen S / Liu CC / Pan X / Jiang J / Bai XC / Xie X / Wang HW / Sui SF | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2012 タイトル: Structural characterization of full-length NSF and 20S particles. 著者: Lei-Fu Chang / Song Chen / Cui-Cui Liu / Xijiang Pan / Jiansen Jiang / Xiao-Chen Bai / Xin Xie / Hong-Wei Wang / Sen-Fang Sui / 要旨: The 20S particle, which is composed of the N-ethylmaleimide-sensitive factor (NSF), soluble NSF attachment proteins (SNAPs) and the SNAP receptor (SNARE) complex, has an essential role in ...The 20S particle, which is composed of the N-ethylmaleimide-sensitive factor (NSF), soluble NSF attachment proteins (SNAPs) and the SNAP receptor (SNARE) complex, has an essential role in intracellular vesicle fusion events. Using single-particle cryo-EM and negative stain EM, we reconstructed four related three-dimensional structures: Chinese hamster NSF hexamer in the ATPγS, ADP-AlFx and ADP states, and the 20S particle. These structures reveal a parallel arrangement between the D1 and D2 domains of the hexameric NSF and characterize the nucleotide-dependent conformational changes in NSF. The structure of the 20S particle shows that it holds the SNARE complex at two interaction interfaces around the C terminus and N-terminal half of the SNARE complex, respectively. These findings provide insight into the molecular mechanism underlying disassembly of the SNARE complex by NSF. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5371.map.gz | 6.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5371-v30.xml emd-5371.xml | 7.3 KB 7.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5371_1.jpg | 123.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5371 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5371 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_5371_validation.pdf.gz | 77.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_5371_full_validation.pdf.gz | 76.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_5371_validation.xml.gz | 493 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5371 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5371 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5371.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | NSF hexamer in the ADP state | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : N-ethylmaleimide-sensitive factor (NSF)
全体 | 名称: N-ethylmaleimide-sensitive factor (NSF) |
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要素 |
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-超分子 #1000: N-ethylmaleimide-sensitive factor (NSF)
超分子 | 名称: N-ethylmaleimide-sensitive factor (NSF) / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was freshly purified. / 集合状態: homohexamer / Number unique components: 1 |
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-分子 #1: N-ethylmaleimide-sensitive factor
分子 | 名称: N-ethylmaleimide-sensitive factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: NSF / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 別称: Chinese hamster |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER |
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-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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日付 | 2010年11月15日 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダー: CT3500 / 試料ホルダーモデル: OTHER |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF |
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-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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精密化 | 空間: REAL |