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- EMDB-53573: Murine AA amyloid fibril morphology III (AA III) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-53573
タイトルMurine AA amyloid fibril morphology III (AA III)
マップデータ
試料
  • 複合体: Amyloid fibril containing SAA peptides
    • タンパク質・ペプチド: Serum amyloid A-2 protein
キーワードAmyloid fibril / AA amyloidosis / systemic amyloidosis / AApoAII amyloidosis / misfolfing disease / protein aggregation / PROTEIN FIBRIL
機能・相同性Serum amyloid A protein / : / Serum amyloid A protein / Serum amyloid A proteins signature. / Serum amyloid A proteins / response to stilbenoid / high-density lipoprotein particle / acute-phase response / Serum amyloid A-2 protein
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Andreotti G / Schmidt M / Faendrich M
資金援助 ドイツ, 2件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)1279/Z03 ドイツ
German Research Foundation (DFG)A03 ドイツ
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM Observation of AA Amyloid Fibrils in Mouse Model of Systemic AApoAII Amyloidosis.
著者: Giada Andreotti / Keichii Higuchi / Matthias Schmidt / Marcus Fändrich /
要旨: The co-deposition of amyloid fibrils from different precursor proteins is a topic of increasing relevance for protein misfolding diseases. Using cryo-electron microscopy (cryo-EM), we here determined ...The co-deposition of amyloid fibrils from different precursor proteins is a topic of increasing relevance for protein misfolding diseases. Using cryo-electron microscopy (cryo-EM), we here determined the structures of two serum amyloid A (SAA) protein-derived amyloid fibril morphologies that were extracted from a mouse strain that is primarily known to be associated with apolipoprotein A-II-derived amyloid fibrils. The two fibril morphologies show the same protomer conformation as in previously reported ex vivo amyloid fibrils from SAA protein but a different relative arrangement of fibril protein stacks. These data establish that serum amyloid A-derived amyloid fibrils share the same fibril protein fold in different mouse strains and disease contexts.
履歴
登録2025年5月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月1日-
マップ公開2025年10月1日-
更新2025年10月1日-
現状2025年10月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_53573.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_53573.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 300 pix.
= 312. Å		1.04 Å/pix.
x 300 pix.
= 312. Å		1.04 Å/pix.
x 300 pix.
= 312. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.042014923 - 0.07255008
平均 (標準偏差)0.00010530845 (±0.0016988923)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 312.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_53573_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_53573_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_53573_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_53573_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Amyloid fibril containing SAA peptides

全体名称: Amyloid fibril containing SAA peptides
要素
  • 複合体: Amyloid fibril containing SAA peptides
    • タンパク質・ペプチド: Serum amyloid A-2 protein

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超分子 #1: Amyloid fibril containing SAA peptides

超分子名称: Amyloid fibril containing SAA peptides / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: liver

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分子 #1: Serum amyloid A-2 protein

分子名称: Serum amyloid A-2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 11.622629 KDa
配列文字列:
GFFSFIGEAF QGAGDMWRAY TDMKEAGWKD GDKYFHARGN YDAAQRGPGG VWAAEKISDA RESFQEFFGR GHEDTMADQE ANRHGRSGK DPNYYRPPGL PAKY

UniProtKB: Serum amyloid A-2 protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

緩衝液pH: 7 / 詳細: water
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: LEICA PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 42.7 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 4.8 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -1.26 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C2 (2回回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0) / 使用した粒子像数: 2034
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-9r4z:
Murine AA amyloid fibril morphology III (AA III)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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