EMDB-53454: Singlet microtubule after masked refinement.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-53454

タイトル

Singlet microtubule after masked refinement.

マップデータ

試料

複合体: microtubule assembled by MAP6d1

キーワード

microtubule / neuron / protein / CELL CYCLE

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.5 Å

データ登録者

GOPAL D / Wu J / Delaroche J / Bosc C / De Andrade M / Denarier E / Effantin G / Andrieux A / Gory-Faure S / Serre L / Arnal I

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Mn-motif protein MAP6d1 assembles ciliary doublet microtubules
著者: Gopal D / Wu J / Delaroche J / Bosc C / De Andrade M / Denarier E / Effantin G / Andrieux A / Gory-Faure S / Serre L / Arnal I

履歴

登録	2025年4月18日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年7月9日	-
マップ公開	2025年7月9日	-
更新	2025年7月9日	-
現状	2025年7月9日	処理サイト: PDBe / 状態: 公開

添付画像	emd_53454.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_53454.map.gz	3.8 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-53454-v30.xml emd-53454.xml	13.7 KB 13.7 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_53454.png	86.3 KB
マスクデータ	emd_53454_msk_1.map	13.5 MB		マスクマップ
Filedesc metadata	emd-53454.cif.gz	4.3 KB
その他	emd_53454_half_map_1.map.gz emd_53454_half_map_2.map.gz	25.1 MB 25.1 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-53454 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-53454	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_53454_validation.pdf.gz	731.8 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_53454_full_validation.pdf.gz	731.4 KB	表示
XML形式データ	emd_53454_validation.xml.gz	10.6 KB	表示
CIF形式データ	emd_53454_validation.cif.gz	12.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-53454 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-53454	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	52569C 52572C 52574C 52575C 52623C 53452C 53457C C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_53454.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	2.7 Å/pix. x 192 pix. = 518.4 Å	2.7 Å/pix. x 192 pix. = 518.4 Å	2.7 Å/pix. x 192 pix. = 518.4 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 2.7 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 1750.0
最小 - 最大	0.0 - 4094.0
平均 (標準偏差)	1651.550500000000056 (±369.339999999999975)

対称性

空間群: 1

詳細

-
マスク #1

ファイル

emd_53454_msk_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_53454_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_53454_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : microtubule assembled by MAP6d1

全体	名称: microtubule assembled by MAP6d1
要素	複合体: microtubule assembled by MAP6d1

-
超分子 #1: microtubule assembled by MAP6d1

超分子	名称: microtubule assembled by MAP6d1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: Bos taurus (ウシ)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	サブトモグラム平均法
試料の集合状態	filament

-
試料調製

緩衝液	pH: 6.7
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	TFS KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 2.87 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 3.0 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終再構成	想定した対称性 - 点群: C₁ (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2 / 使用したサブトモグラム数: 5881
抽出	トモグラム数: 252 / 使用した粒子像数: 5881
CTF補正	ソフトウェア - 名称: EMAN2 / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
最終角度割当	タイプ: NOT APPLICABLE

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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