+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Focussed cryo EM map from multibody refinement of human RalGAP2 complex (body3: beta-beta homodimer interface) | |||||||||||||||||||||
![]() | Focussed cryo EM map from multibody refinement of RalGAP2 complex (body3: beta-beta homodimer interface) | |||||||||||||||||||||
![]() |
| |||||||||||||||||||||
![]() | Complex / GTPase activating protein / RAL / Asn thumb GAP / RalGAP / SIGNALING PROTEIN | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() Ral protein signal transduction / regulation of exocyst localization / activation of GTPase activity / regulation of small GTPase mediated signal transduction / GTPase activator activity / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / regulation of protein localization / protein heterodimerization activity / extracellular space / nucleus ...Ral protein signal transduction / regulation of exocyst localization / activation of GTPase activity / regulation of small GTPase mediated signal transduction / GTPase activator activity / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / regulation of protein localization / protein heterodimerization activity / extracellular space / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.35 Å | |||||||||||||||||||||
![]() | Rasche R / Klink BU / Gatsogiannis C / Kuemmel D | |||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: The GTPase κB-Ras is an essential subunit of the RalGAP tumor suppressor complex. 著者: René Rasche / Lisa Helene Apken / Sonja Titze / Esther Michalke / Rohit Kumar Singh / Andrea Oeckinghaus / Daniel Kümmel / ![]() ![]() 要旨: κB-Ras1 and κB-Ras2 are small GTPases with non-canonical features that act as tumor suppressors downstream of Ras. Via interaction with the RalGAP (GTPase activating protein) complex, they limit ...κB-Ras1 and κB-Ras2 are small GTPases with non-canonical features that act as tumor suppressors downstream of Ras. Via interaction with the RalGAP (GTPase activating protein) complex, they limit activity of Ral GTPases and restrict anchorage-independent proliferation. We here present the crystal structure of κB-Ras1 in complex with the N-terminal domain of RGα2. The structure suggests a mechanism of intrinsic GTP hydrolysis of κB-Ras1 that relies on a scaffolding function of the GTPase rather than on catalytic residues, which we confirm by mutational analysis. The interaction with RGα2 is nucleotide-independent and does not involve κB-Ras1 switch regions, which establishes κB-Ras proteins as a constitutive third subunit of RalGAP complexes. Functional studies demonstrate that κB-Ras proteins are not required for RalGAP catalytic activity in vitro, but for functionality in vivo. We propose that κB-Ras may thus act as regulator of RalGAP localization and thereby control the Ras/Ral signaling pathway. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
添付画像 |
---|
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 94.4 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 29 KB 29 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 58.2 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 178 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 8.8 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 167 MB 95.2 MB 95.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 701.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 701.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Focussed cryo EM map from multibody refinement of RalGAP2 complex (body3: beta-beta homodimer interface) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.16 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: Sharpened postprocessed focussed cryo EM map from multibody...
ファイル | emd_53421_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Sharpened postprocessed focussed cryo EM map from multibody refinement of RalGAP2 complex (body3: beta-beta homodimer interface) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1 focussed cryo EM map from...
ファイル | emd_53421_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map 1 focussed cryo EM map from multibody refinement of RalGAP2 complex (body3: beta-beta homodimer interface) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2 focussed cryo EM map from...
ファイル | emd_53421_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map 2 focussed cryo EM map from multibody refinement of RalGAP2 complex (body3: beta-beta homodimer interface) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
-全体 : Homodimer of two RalGAPa2-RalGAPb heterodimers
全体 | 名称: Homodimer of two RalGAPa2-RalGAPb heterodimers |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Homodimer of two RalGAPa2-RalGAPb heterodimers
超分子 | 名称: Homodimer of two RalGAPa2-RalGAPb heterodimers / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Co-expression of RalGAP subunit alpha2 and beta |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 170 KDa |
-超分子 #2: RalGAP subunit alpha2
超分子 | 名称: RalGAP subunit alpha2 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
-超分子 #3: RalGAP subunit beta
超分子 | 名称: RalGAP subunit beta / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: RalGAP subunit alpha 2
分子 | 名称: RalGAP subunit alpha 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: N-terminal 3xFLAG tag MDYKDHDGDYKDHDIDYKDDDDKLAAA / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MDYKDHDGDY KDHDIDYKDD DDKLAAAFSR RSHGDVKKST QKVLDPKKDV LTRLKHLRAL LDNVDANDLK QFFETNYSQI YFIFYENFIA LENSLKLKGN NKSQREELDS ILFLFEKILQ FLPERIFFRW HYQSIGSTLK KLLHTGNSIK IRCEGIRLFL LWLQALQTNC ...文字列: MDYKDHDGDY KDHDIDYKDD DDKLAAAFSR RSHGDVKKST QKVLDPKKDV LTRLKHLRAL LDNVDANDLK QFFETNYSQI YFIFYENFIA LENSLKLKGN NKSQREELDS ILFLFEKILQ FLPERIFFRW HYQSIGSTLK KLLHTGNSIK IRCEGIRLFL LWLQALQTNC AEEQVLIFAC LVPGFPAVMS SRGPCTLETL INPSPSVADV KIYPEEITPL LPAISGEKIA EDQTCFFLQI LLKYMVIQAA SLEWKNKENQ DTGFKFLFTL FRKYYLPHLF PSFTKLTNIY KPVLDIPHLR PKPVYITTTR DNENIYSTKI PYMAARVVFI KWIVTFFLEK KYLTATQNTK NGVDVLPKII QTVGGGAVQE RAPELDGGGP TEQDKSHSNS STLSDRRLSN SSLCSIEEEH RMVYEMVQRI LLSTRGYVNF VNEVFHQAFL LPSCEIAVTR KVVQVYRKWI LQDKPVFMEE PDRKDVAQED AEKLGFSETD SKEASSESSG HKRSSSWGRT YSFTSAMSRG CVTEEENTNV KAGVQALLQV FLTNSANIFL LEPCAEVPVL LKEQVDACKA VLIIFRRMIM ELTMNKKTWE QMLQILLRIT EAVMQKPKDK QIKDLFAQSL AGLLFRTLMV AWIRANLCVY ISRELWDDFL GVLSSLTEWE ELINEWANIM DSLTAVLART VYGVEMTNLP LDKLSEQKEK KQRGKGCVLD PQKGTTVGRS FSLSWRSHPD VTEPMRFRSA TTSGAPGVEK ARNIVRQKAT EVEECQQSEN APAAGSGHLT VGQQQQVLRS SSTSDIPEPL CSDSSQGQKA ENTQNSSSSE PQPIQENKGH VKREHEGITI LVRRSSSPAE LDLKDDLQQT QGKCRERQKS ESTNSDTTLG CTNEAELSMG PWQTCEEDPE LNTPTDVVAD ADARHWLQLS PTDASNLTDS SECLTDDCSI IAGGSLTGWH PDSAAVLWRR VLGILGDVNN IQSPKIHARV FCYLYELWYK LAKIRDNLAI SLDNQSSPSP PVLIPPLRMF ASWLFKAATL PNEYKEGKLQ AYRLICAMMT RRQDVLPNSD FLVHFYLVMH LGLTSEDQDI LNTIIRHCPP RFFSLGFPGF SMLVGDFITA AARVLSTDIL TAPRSEAVTV LGSLVCFPNT YQEIPLLQSV PEVNEAITGT EDVKHYLINI LLKNATEEPN EYARCIAVCS LGVWICEELA QCTSHPQVKE AINVIGVTLK FPNKIVAQVA CDVLQLLVSY WEKLQMFETS LPRKMAEILV ATVAFLLPSA EYSSVETDKK FIVSLLLCLL DWCMALPVSV LLHPVSTAVL EEQHSARAPL LDYIYRVLHC CVCGSSTYTQ QSHYILTLAD LSSTDYDPFL PLANVKSSEP VQYHSSAELG NLLTVEEEKK RRSLELIPLT ARMVMAHLVN HLGHYPLSGG PAILHSLVSE NHDNAHVEGS ELSFEVFRSP NLQLFVFNDS TLISYLQTPT EGPVGGSPVG SLSDVRVIVR DISGKYSWDG KVLYGPLEGC LAPNGRNPSF LISSWHRDTF GPQKDSSQVE EGDDVLDKLL ENIGHTSPEC LLPSQLNLNE PSLTPCGMNY DQEKEIIEVI LRQNAQEDEY IQSHNFDSAM KVTSQGQPSP VEPRGPFYFC RLLLDDLGMN SWDRRKNFHL LKKNSKLLRE LKNLDSRQCR ETHKIAVFYI AEGQEDKCSI LSNERGSQAY EDFVAGLGWE VDLSTHCGFM GGLQRNGSTG QTAPYYATST VEVIFHVSTR MPSDSDDSLT KKLRHLGNDE VHIVWSEHSR DYRRGIIPTA FGDVSIIIYP MKNHMFFIAI TKKPEVPFFG PLFDGAIVSG KLLPSLVCAT CINASRAVKC LIPLYQSFYE ERALYLEAII QNHREVMTFE DFAAQVFSPS PSYSLSGTD UniProtKB: Ral GTPase-activating protein subunit alpha-2 |
-分子 #2: RalGAP subunit beta
分子 | 名称: RalGAP subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 詳細: N-terminal 3xHA tag MYPYDVPDYAGSYPYDVPDYAGSYPYDVPDYAGS 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MYPYDVPDYA GSYPYDVPDY AGSYPYDVPD YAGSMYSEWR SLHLVIQNDQ GHTSVLHSYP ESVGREVANA VVRPLGQVLG TPSVAGSENL LKTDKEVKWT MEVICYGLTL PLDGETVKYC VDVYTDWIMA LVLPKDSIPL PVIKEPNQYV QTILKHLQNL FVPRQEQGSS ...文字列: MYPYDVPDYA GSYPYDVPDY AGSYPYDVPD YAGSMYSEWR SLHLVIQNDQ GHTSVLHSYP ESVGREVANA VVRPLGQVLG TPSVAGSENL LKTDKEVKWT MEVICYGLTL PLDGETVKYC VDVYTDWIMA LVLPKDSIPL PVIKEPNQYV QTILKHLQNL FVPRQEQGSS QIRLCLQVLR AIQKLARESS LMARETWEVL LLFLLQINDI LLAPPTVQGG IAENLAEKLI GVLFEVWLLA CTRCFPTPPY WKTAKEMVAN WRHHPAVVEQ WSKVICALTS RLLRFTYGPS FPAFKVPDED ASLIPPEMDN ECVAQTWFRF LHMLSNPVDL SNPAIISSTP KFQEQFLNVS GMPQELNQYP CLKHLPQIFF RAMRGISCLV DAFLGISRPR SDSAPPTPVN RLSMPQSAAV STTPPHNRRH RAVTVNKATM KTSTVSTAHA SKVQHQTSST SPLSSPNQTS SEPRPLPAPR RPKVNSILNL FGSWLFDAAF VHCKLHNGIN RDSSMTAITT QASMEFRRKG SQMSTDTMVS NPMFDASEFP DNYEAGRAEA CGTLCRIFCS KKTGEEILPA YLSRFYMLLI QGLQINDYVC HPVLASVILN SPPLFCCDLK GIDVVVPYFI SALETILPDR ELSKFKSYVN PTELRRSSIN ILLSLLPLPH HFGTVKSEVV LEGKFSNDDS SSYDKPITFL SLKLRLVNIL IGALQTETDP NNTQMILGAM LNIVQDSALL EAIGCQMEMG GGENNLKSHS RTNSGISSAS GGSTEPTTPD SERPAQALLR DYALNTDSAA GLLIRSIHLV TQRLNSQWRQ DMSISLAALE LLSGLAKVKV MVDSGDRKRA ISSVCTYIVY QCSRPAPLHS RDLHSMIVAA FQCLCVWLTE HPDMLDEKDC LKEVLEIVEL GISGSKSKNN EQEVKYKGDK EPNPASMRVK DAAEATLTCI MQLLGAFPSP SGPASPCSLV NETTLIKYSR LPTINKHSFR YFVLDNSVIL AMLEQPLGNE QNDFFPSVTV LVRGMSGRLA WAQQLCLLPR GAKANQKLFV PEPRPVPKND VGFKYSVKHR PFPEEVDKIP FVKADLSIPD LHEIVTEELE ERHEKLRSGM AQQIAYEIHL EQQSEEELQK RSFPDPVTDC KPPPPAQEFQ TARLFLSHFG FLSLEALKEP ANSRLPPHLI ALDSTIPGFF DDIGYLDLLP CRPFDTVFIF YMKPGQKTNQ EILKNVESSR TVQPHFLEFL LSLGWSVDVG RHPGWTGHVS TSWSINCCDD GEGSQQEVIS SEDIGASIFN GQKKVLYYAD ALTEIAFVVP SPVESLTDSL ESNISDQDSD SNMDLMPGIL KQPSLTLELF PNHTDNLNSS QRLSPSSRMR KLPQGRPVPP LGPETRVSVV WVERYDDIEN FPLSELMTEI STGVETTANS STSLRSTTLE KEVPVIFIHP LNTGLFRIKI QGATGKFNMV IPLVDGMIVS RRALGFLVRQ TVINICRRKR LESDSYSPPH VRRKQKITDI VNKYRNKQLE PEFYTSLFQE VGLKNCSS UniProtKB: Ral GTPase-activating protein subunit beta |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
濃度 | 0.7 mg/mL | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
| |||||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.01 kPa | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 286 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: double blotting. | |||||||||||||||
詳細 | Co-expression of RalGAP alpha2 and beta Monodisperse sample from size exclusion chromatography |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
---|---|
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 64606 / 平均露光時間: 3.2 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 詳細: Images were collected in EER mode with 793-819 fractions were generated for motion correction. Micrographs were collected at 0, 10 and 30 degree tilt, in 5 subsets of data. |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 215000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+
画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model |
---|---|
詳細 | A model of the RGalpha2/RGbeta complex was calculated using AlphaFold2 running on a local high performance computing cluster (PALMA II), docked into map from 3D reconstruction with ChimeraX and energy optimized with ISOLDE. In an iterative process, the model was optimized using real space refinement in Phenix Refine against the full density map, and manual model building with Coot using the full density map as well as the resampled multi body refinement maps. |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 129.72 / 当てはまり具合の基準: cross correlation |