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- EMDB-53417: Human UPF1 in complex with the histone stem loop RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-53417
タイトルHuman UPF1 in complex with the histone stem loop RNA
マップデータ
試料
  • 複合体: Upf1
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 2 of Regulator of nonsense transcripts 1
    • RNA: RNA stem loop
  • リガンド: ZINC ION
キーワードATP-DEPENDENT HELICASE RENT1 / UP-FRAMESHIFT SUPPRESSOR 1 HOMOLOG / HUPF1 / UP FRAMESHIFT / histone stem loop mRNA / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mRNA cis splicing, via spliceosome / supraspliceosomal complex / double-stranded DNA helicase activity / exon-exon junction complex / cell cycle phase transition / positive regulation of mRNA catabolic process / telomere maintenance via semi-conservative replication / regulation of translational termination / histone mRNA catabolic process / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization ...positive regulation of mRNA cis splicing, via spliceosome / supraspliceosomal complex / double-stranded DNA helicase activity / exon-exon junction complex / cell cycle phase transition / positive regulation of mRNA catabolic process / telomere maintenance via semi-conservative replication / regulation of translational termination / histone mRNA catabolic process / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / regulation of telomere maintenance / telomeric DNA binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / cellular response to interleukin-1 / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / mRNA export from nucleus / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / P-body / helicase activity / cellular response to lipopolysaccharide / DNA helicase / DNA replication / chromosome, telomeric region / RNA helicase activity / RNA helicase / DNA repair / chromatin binding / chromatin / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / ATP hydrolysis activity / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA helicase UPF1, 1B domain / RNA helicase (UPF2 interacting domain) / RNA helicase UPF1, 1B domain / Upf1 cysteine-histidine-rich (CH-rich) domain profile. / RNA helicase UPF1, Cys/His rich zinc-binding domain / DNA2/NAM7 helicase, helicase domain / AAA domain / DNA2/NAM7-like helicase / : / Helicase/UvrB, N-terminal ...RNA helicase UPF1, 1B domain / RNA helicase (UPF2 interacting domain) / RNA helicase UPF1, 1B domain / Upf1 cysteine-histidine-rich (CH-rich) domain profile. / RNA helicase UPF1, Cys/His rich zinc-binding domain / DNA2/NAM7 helicase, helicase domain / AAA domain / DNA2/NAM7-like helicase / : / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Regulator of nonsense transcripts 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Machado de Amorim A / Loll B / Hilal T / Chakrabarti S
資金援助 ドイツ, 6件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)CH1245/5-1, CH1245/6-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)INST 335/589-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)INST 335/590-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)INST 335/590-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)(INST 130/1014-1 ドイツ
EIPOD fellowship under Marie Sklodowska-Curie Actions COFUND664726 ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human UPF1 in complex with the histone stem loop RNA
著者: Machado de Amorim A / Loll B / Hilal T / Chakrabarti S
履歴
登録2025年4月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月3日-
マップ公開2025年12月3日-
更新2025年12月3日-
現状2025年12月3日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_53417.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_53417.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 288 pix.
= 235.872 Å		0.82 Å/pix.
x 288 pix.
= 235.872 Å		0.82 Å/pix.
x 288 pix.
= 235.872 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.819 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-0.0 - 1.3158137
平均 (標準偏差)0.0043509635 (±0.043056186)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 235.87201 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Map with improved SL density after local classification

ファイルemd_53417_additional_1.map
注釈Map with improved SL density after local classification
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_53417_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_53417_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Upf1

全体名称: Upf1
要素
  • 複合体: Upf1
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 2 of Regulator of nonsense transcripts 1
    • RNA: RNA stem loop
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Upf1

超分子名称: Upf1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 100 KDa

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分子 #1: Isoform 2 of Regulator of nonsense transcripts 1

分子名称: Isoform 2 of Regulator of nonsense transcripts 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 89.972188 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌)
配列文字列: TKDLPIHACS YCGIHDPACV VYCNTSKKWF CNGRGNTSGS HIVNHLVRAK CKEVTLHKDG PLGETVLECY NCGCRNVFLL GFIPAKADS VVVLLCRQPC ASQSSLKDIN WDSSQWQPLI QDRCFLSWLV KIPSEQEQLR ARQITAQQIN KLEELWKENP S ATLEDLEK ...文字列:
TKDLPIHACS YCGIHDPACV VYCNTSKKWF CNGRGNTSGS HIVNHLVRAK CKEVTLHKDG PLGETVLECY NCGCRNVFLL GFIPAKADS VVVLLCRQPC ASQSSLKDIN WDSSQWQPLI QDRCFLSWLV KIPSEQEQLR ARQITAQQIN KLEELWKENP S ATLEDLEK PGVDEEPQHV LLRYEDAYQY QNIFGPLVKL EADYDKKLKE SQTQDNITVR WDLGLNKKRI AYFTLPKTDS DM RLMQGDE ICLRYKGDLA PLWKGIGHVI KVPDNYGDEI AIELRSSVGA PVETVHNFQV DFVWKSTSFD RMQSALKTFA VDE TSVSGY IYHKLLGHEV EDVITKCQLP KRFTAQGLPD LNHSQVYAVK TVLQRPLSLI QGPPGTGKTV TSATIVYHLA RQGN GPVLV CAPSNIAVDQ LTEKIHQTGL KVVRLCAKSR EAIDSPVSFL ALHNQIRNMD SMPELQKLQQ LKDETGELSS ADEKR YRAL KRTAERELLM NADVICCTCV GAGDPRLAKM QFRSILIDES TQATEPECMV PVVLGAKQLI LVGDHCQLGP VVMCKK AAK AGLSQSLFER LVVLGIRPIR LQVQYRMHPA LSAFPSNIFY EGSLQNGVTA ADRVKKGFDF QWPQPDKPMF FYVTQGQ EE IASSGTSYLN RTEAANVEKI TTKLLKAGAK PDQIGIITPY EGQRSYLVQY MQFSGSLHTK LYQEVEIASV DAFQGREK D FIILSCVRAN EHQGIGFLND PRRLNVALTR ARYGVIIVGN PKALSKQPLW NHLLNYYKEQ KVLVEGPLNN LRESLMQFS

UniProtKB: Regulator of nonsense transcripts 1

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分子 #2: RNA stem loop

分子名称: RNA stem loop / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 11.896942 KDa
配列文字列:
UUUUUUUUUU UUCCAAAGGC UCUUUUCAGA GCCACCCA

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分子 #3: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5.6 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 5498 / 平均露光時間: 40.57 sec. / 平均電子線量: 44.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 96000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3102505
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 300222
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類クラス数: 3
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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