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- EMDB-53386: Asgard Archaeal HHoB nucleosome in the closed conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-53386
タイトルAsgard Archaeal HHoB nucleosome in the closed conformation
マップデータHHoB Asgard nucleosome in the closed conformation
試料
  • 複合体: Closed complex of HHoB Asgard archaeal histone HHoB and DNA
    • タンパク質・ペプチド: Archaeal histone A
    • DNA: DNA (120-MER) part of a full 147 bp Widom601 DNA
    • DNA: DNA (120-MER) part of a full 147 bp Widom601 DNA
キーワードArchaea / Asgard / chromatin / nucleosome / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性:
機能・相同性情報
生物種Candidatus Heimdallarchaeota archaeon LC_3 (古細菌) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Ranawat HM / Dodonova SO
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)3DchromArchaea 101076671European Union
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM reveals open and closed Asgard chromatin assemblies.
著者: Harsh M Ranawat / Marc K Cajili / Natalia Lopez-Barbosa / Thomas Quail / Remus T Dame / Svetlana O Dodonova /
要旨: Asgards are the closest archaeal relatives of eukaryotes, representing an important step in chromatin evolution. However, their chromatin organization has remained enigmatic until now. In this study, ...Asgards are the closest archaeal relatives of eukaryotes, representing an important step in chromatin evolution. However, their chromatin organization has remained enigmatic until now. In this study, we present the first structures of Asgard chromatin assemblies formed by the Hodarchaeal histone HHoB. Our high-resolution cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures reveal that this Asgard histone assembles into compact "closed" and into extended "open" hypernucleosomes. Thus, the closed hypernucleosome conformation is conserved across archaeal lineages, while the open conformation resembles a eukaryotic H3-H4 octasome and likely represents an Asgard-specific innovation. Moreover, we show that Mg²⁺ ions influence Asgard chromatin conformation, suggesting a regulatory role. Overall, our study provides the first structure-based model of Asgard chromatin organization, expanding our understanding of chromatin architecture in an evolutionary context.
履歴
登録2025年4月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月29日-
マップ公開2025年10月29日-
更新2025年11月12日-
現状2025年11月12日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_53386.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_53386.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.3 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈HHoB Asgard nucleosome in the closed conformation
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.37 Å/pix.
x 704 pix.
= 256.96 Å		0.37 Å/pix.
x 704 pix.
= 256.96 Å		0.37 Å/pix.
x 704 pix.
= 256.96 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.365 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.0596885 - 0.09380742
平均 (標準偏差)0.000057502177 (±0.0017088207)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ704704704
Spacing704704704
セルA=B=C: 256.96002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_53386_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_53386_half_map_1.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map A

ファイルemd_53386_half_map_2.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Closed complex of HHoB Asgard archaeal histone HHoB and DNA

全体名称: Closed complex of HHoB Asgard archaeal histone HHoB and DNA
要素
  • 複合体: Closed complex of HHoB Asgard archaeal histone HHoB and DNA
    • タンパク質・ペプチド: Archaeal histone A
    • DNA: DNA (120-MER) part of a full 147 bp Widom601 DNA
    • DNA: DNA (120-MER) part of a full 147 bp Widom601 DNA

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超分子 #1: Closed complex of HHoB Asgard archaeal histone HHoB and DNA

超分子名称: Closed complex of HHoB Asgard archaeal histone HHoB and DNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: in presence of 1mM Mg
由来(天然)生物種: Candidatus Heimdallarchaeota archaeon LC_3 (古細菌)
分子量理論値: 137 KDa

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分子 #1: Archaeal histone A

分子名称: Archaeal histone A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Candidatus Heimdallarchaeota archaeon LC_3 (古細菌)
株: LC_3
分子量理論値: 7.524643 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MAGNFANARV EKLIRQAGAQ RVSADAVDKM NEILTDWGKN IAKYAVEIAR HSGRKTVKEN DIKLAAQK

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A1Q9NRY6

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分子 #2: DNA (120-MER) part of a full 147 bp Widom601 DNA

分子名称: DNA (120-MER) part of a full 147 bp Widom601 DNA / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 36.849469 KDa
配列文字列: (DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC) (DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DC) (DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA) (DC) (DC)(DG)(DC)(DT)(DT) ...文字列:
(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC) (DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DC) (DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA) (DC) (DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA) (DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG) (DC)(DG) (DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA) (DA)(DC)(DC) (DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG) (DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC) (DC)(DC)(DT)(DA) (DG)(DT)(DC)(DT)(DC) (DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG) (DT)(DC)(DA)(DG)(DA)

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分子 #3: DNA (120-MER) part of a full 147 bp Widom601 DNA

分子名称: DNA (120-MER) part of a full 147 bp Widom601 DNA / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 37.218699 KDa
配列文字列: (DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT) (DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC) (DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA) (DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG) (DC) (DG)(DG)(DT)(DT)(DA) ...文字列:
(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT) (DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC) (DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA) (DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG) (DC) (DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA) (DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC) (DA)(DG) (DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC) (DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA) (DG)(DC)(DG) (DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA) (DC)(DG)(DA)(DC) (DC)(DA)(DA)(DT)(DT) (DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC) (DG)(DG)(DC)(DA)(DC)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.192 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMHEPESHEPES
100.0 mMNaClSodium Chloride
1.0 mMMgCl2Magnesium Chloride

詳細: 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 1mM MgCl2
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: at 20* C.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 59.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.75 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 165000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3108514
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio reconstruction in cryosparc
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1) / 詳細: in cryosparc / 使用した粒子像数: 117260
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1) / ソフトウェア - 詳細: Ab-initio reconstruction
詳細: stochastic gradient descent (SGD), which optimizes particle poses by iteratively minimizing the alignment error.
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1) / ソフトウェア - 詳細: Non-uniform refinement
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain詳細

nry6

chain_id: A, residue_range: 1-68, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico modelMonomer prediction of HHoB

1aoi

chain_id: I, residue_range: 1-120, source_name: PDB, initial_model_type: experimental modelDNA monomer

1aoi

chain_id: J, residue_range: 172-292, source_name: PDB, initial_model_type: experimental modelDNA monomer
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9qv5:
Asgard Archaeal HHoB nucleosome in the closed conformation

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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