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万見
- EMDB-5318: FcRY-IgY complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5318
タイトルFcRY-IgY complex
マップデータThis is the cryoEM map of FcRY-IgY complex.
試料
  • 試料: FcRY-IgY complex
  • タンパク質・ペプチド: FcRY
  • タンパク質・ペプチド: IgY
キーワードavian Fc receptor complex
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 26.0 Å
データ登録者He Y / Bjorkman PJ
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2011
タイトル: Structure of FcRY, an avian immunoglobulin receptor related to mammalian mannose receptors, and its complex with IgY.
著者: Yongning He / Pamela J Bjorkman /
要旨: Fc receptors transport maternal antibodies across epithelial cell barriers to passively immunize newborns. FcRY, the functional counterpart of mammalian FcRn (a major histocompatibility complex ...Fc receptors transport maternal antibodies across epithelial cell barriers to passively immunize newborns. FcRY, the functional counterpart of mammalian FcRn (a major histocompatibility complex homolog), transfers IgY across the avian yolk sac, and represents a new class of Fc receptor related to the mammalian mannose receptor family. FcRY and FcRn bind immunoglobulins at pH ≤6.5, but not pH ≥7, allowing receptor-ligand association inside intracellular vesicles and release at the pH of blood. We obtained structures of monomeric and dimeric FcRY and an FcRY-IgY complex and explored FcRY's pH-dependent binding mechanism using electron cryomicroscopy (cryoEM) and small-angle X-ray scattering. The cryoEM structure of FcRY at pH 6 revealed a compact double-ring "head," in which the N-terminal cysteine-rich and fibronectin II domains were folded back to contact C-type lectin-like domains 1-6, and a "tail" comprising C-type lectin-like domains 7-8. Conformational changes at pH 8 created a more elongated structure that cannot bind IgY. CryoEM reconstruction of FcRY dimers at pH 6 and small-angle X-ray scattering analysis at both pH values confirmed both structures. The cryoEM structure of the FcRY-IgY revealed symmetric binding of two FcRY heads to the dimeric FcY, each head contacting the C(H)4 domain of one FcY chain. FcRY shares structural properties with mannose receptor family members, including a head and tail domain organization, multimerization that may regulate ligand binding, and pH-dependent conformational changes. Our results facilitate understanding of immune recognition by the structurally related mannose receptor family and comparison of diverse methods of Ig transport across evolution.
履歴
登録2011年6月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2011年10月26日-
マップ公開2011年10月27日-
更新2011年10月27日-
現状2011年10月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5318_1.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5318.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is the cryoEM map of FcRY-IgY complex.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.24 Å/pix.
x 96 pix.
= 407.04 Å		4.24 Å/pix.
x 96 pix.
= 407.04 Å		4.24 Å/pix.
x 96 pix.
= 407.04 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.24 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.0 / ムービー #1: 4
最小 - 最大-0.741495 - 5.74799
平均 (標準偏差)-0.00000000616029 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ969696
Spacing969696
セルA=B=C: 407.04 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.244.244.24
M x/y/z969696
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z407.040407.040407.040
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-62-62-62
NX/NY/NZ125125125
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS969696
D min/max/mean-0.7415.748-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : FcRY-IgY complex

全体名称: FcRY-IgY complex
要素
  • 試料: FcRY-IgY complex
  • タンパク質・ペプチド: FcRY
  • タンパク質・ペプチド: IgY

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超分子 #1000: FcRY-IgY complex

超分子名称: FcRY-IgY complex / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: two FcRY bind to one IgY / Number unique components: 2

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分子 #1: FcRY

分子名称: FcRY / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: FcRY / コピー数: 2 / 集合状態: complex / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ) / 別称: chicken
分子量実験値: 180 KDa
組換発現生物種: insect cell (unknown) / 組換プラスミド: pVL1392

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分子 #2: IgY

分子名称: IgY / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: IgY / コピー数: 1 / 集合状態: complex / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ) / 別称: chicken
組換発現生物種: insect cell (unknown) / 組換プラスミド: pVL1392

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 6 / 詳細: 50 mM Tris, 150 mM NaCl
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: cryo
凍結凍結剤: NITROGEN / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 77 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: FEI vitrobot

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
温度平均: 77 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Gatan
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 1000 (2k x 2k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 4.24 µm / 平均電子線量: 20 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: eucentric / 試料ホルダーモデル: OTHER
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 26.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN, Frealign / 使用した粒子像数: 8407

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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