[日本語] English
万見
- EMDB-53172: Nucleotide-free wild type Wzm-Wzt from Mycobacterium abscessus in... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-53172
タイトルNucleotide-free wild type Wzm-Wzt from Mycobacterium abscessus in nanodiscs
マップデータCryo-EM map of the nucleotide-free wild type Wzm-Wzt from Mycobacterium abscessus in nanodiscs at 3.6 A resolution. Map was sharpened with a b factor of 104 A2
試料
  • 複合体: Wzm-Wzt
    • タンパク質・ペプチド: ABC transporter ATP-binding protein
  • タンパク質・ペプチド: ABC transporter permease
  • リガンド: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
キーワードABC transporter Type V ABC transporter Arabinogalactan precursor Lipid-linked galactan exporter / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


teichoic-acid-transporting ATPase / ABC-type transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ABC transporter, teichoic acids export TagH-like / : / ABC-2 type transporter / ABC-2 type transporter / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ABC transporter ATP-binding protein / ABC transporter permease
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacteroides abscessus (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.57 Å
データ登録者Garaeva AA / Fabianova V / Savkova K / Huszar S / Xue X / Lowary TL / Mikusova K / Seeger MA
資金援助European Union, スイス, 4件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)772190European Union
Swiss National Science FoundationPP00P3_170625 スイス
European Union (EU)NextGenerationEU, Recovery and Resilience Plan for Slovakia, project No. 09I01-03-V03- 00001European Union
University of ZurichFK-21-041 スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2026
タイトル: Structural basis of lipid-linked galactan export by the mycobacterial ABC transporter Wzm-Wzt.
著者: Alisa A Garaeva / Viktória Fabianová / Karin Savková / Stanislav Huszár / Xiaochao Xue / Todd L Lowary / Katarína Mikušová / Markus A Seeger /
要旨: Mycobacteria, including Mycobacterium tuberculosis, possess a unique cell envelope containing arabinogalactan, a heteropolysaccharide critical for cell wall integrity and target of several ...Mycobacteria, including Mycobacterium tuberculosis, possess a unique cell envelope containing arabinogalactan, a heteropolysaccharide critical for cell wall integrity and target of several tuberculosis drugs. The cytosolic precursor of arabinogalactan, lipid-linked galactan (LLG), is translocated across the plasma membrane by the essential ABC transporter Wzm-Wzt through a molecular mechanism that is poorly understood. Here, we present a series of cryo-EM structures of Wzm-Wzt from Mycobacterium abscessus, representing different conformations of the transport cycle. Conserved residues lining the proposed LLG translocation pathway were investigated by three orthologous functional assays, revealing that the cytosolic gate helix (GH) plays a key functional role in polysaccharide transport. Our data suggests that the hydrophobic polyprenyl-moiety is translocated first, followed by the galactan-polysaccharide, which requires Wzm-Wzt to open a continuous channel through which the sugar chain is ratcheted at the expense of ATP hydrolysis. Our results provide a rational basis for the development of drugs that inhibit mycobacterial cell wall biosynthesis.
履歴
登録2025年3月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年3月11日-
マップ公開2026年3月11日-
更新2026年4月8日-
現状2026年4月8日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_53172.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_53172.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM map of the nucleotide-free wild type Wzm-Wzt from Mycobacterium abscessus in nanodiscs at 3.6 A resolution. Map was sharpened with a b factor of 104 A2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.44 Å/pix.
x 200 pix.
= 288. Å		1.44 Å/pix.
x 200 pix.
= 288. Å		1.44 Å/pix.
x 200 pix.
= 288. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.44 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.332
最小 - 最大-1.1849595 - 1.8808274
平均 (標準偏差)-0.0007752316 (±0.038035233)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 288.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_53172_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half-map A used for post processing step and...

ファイルemd_53172_half_map_1.map
注釈half-map A used for post processing step and FSC resolution calculation.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half-map B used for post processing step and...

ファイルemd_53172_half_map_2.map
注釈half-map B used for post processing step and FSC resolution calculation.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Wzm-Wzt

全体名称: Wzm-Wzt
要素
  • 複合体: Wzm-Wzt
    • タンパク質・ペプチド: ABC transporter ATP-binding protein
  • タンパク質・ペプチド: ABC transporter permease
  • リガンド: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE

-
超分子 #1: Wzm-Wzt

超分子名称: Wzm-Wzt / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Mycobacteroides abscessus (バクテリア)

-
分子 #1: ABC transporter permease

分子名称: ABC transporter permease / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: MGSSHHHHHHSQ - expression tag / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacteroides abscessus (バクテリア)
分子量理論値: 35.249207 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SQMSSSAGLT SQRPGSKEND MANELIELSS DSRTFKRAWR DLSEGFEHRQ LWLQLGWQDI KQRYRRSVLG PFWITIATG STALAMGILY SQLFKLPLAE HLPYVTIGLI VWNLFNAAIL EGSDVFVANE GLIKQLPTPL SVHVYRLVWR Q LLLFAHNI ...文字列:
MGSSHHHHHH SQMSSSAGLT SQRPGSKEND MANELIELSS DSRTFKRAWR DLSEGFEHRQ LWLQLGWQDI KQRYRRSVLG PFWITIATG STALAMGILY SQLFKLPLAE HLPYVTIGLI VWNLFNAAIL EGSDVFVANE GLIKQLPTPL SVHVYRLVWR Q LLLFAHNI IIFLIVVAVY TPHWHFTDLS FIPALVLITL NCLWVSLVFG VLATRYRDIS PLLGSLVQLL FFMTPIIWNE NM LNQRVGK LATVVQLNPF VHFLAIIRDP LLGLDQQLHH WIIALSITVV GWIVAIVVMR QYRARVPYWV

UniProtKB: ABC transporter permease

-
分子 #2: ABC transporter ATP-binding protein

分子名称: ABC transporter ATP-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: teichoic-acid-transporting ATPase
由来(天然)生物種: Mycobacteroides abscessus (バクテリア)
分子量理論値: 28.76401 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MVSIQTHQAW VEFPIFDAKS RSLKKAFLGK AGGAIGRNES NVVVIEALRD ITLSLKEGDR VGLVGHNGAG KSTLLRLLSG IYEPTRGSS YIKGRVAPVF DLGVGMDPEI SGYENIIIRG MFLGQTRKQM QAKVDEIADF TELGEYLSMP LRTYSTGMRV R LAMGVVTS ...文字列:
MVSIQTHQAW VEFPIFDAKS RSLKKAFLGK AGGAIGRNES NVVVIEALRD ITLSLKEGDR VGLVGHNGAG KSTLLRLLSG IYEPTRGSS YIKGRVAPVF DLGVGMDPEI SGYENIIIRG MFLGQTRKQM QAKVDEIADF TELGEYLSMP LRTYSTGMRV R LAMGVVTS IDPEILLLDE GIGAVDAEFM KKARIRLQQL VERSGMLVFA SHSNEFLARL CNTAMWIDHG TIKMSGGIED VV RAYEGDE AGDHVAQILA EDAHDG

UniProtKB: ABC transporter ATP-binding protein

-
分子 #3: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE

分子名称: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: PTY
分子量理論値: 734.039 Da
Chemical component information

ChemComp-PTY:
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / リン脂質*YM

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20 mM Tris-HCl pH 7.5, 150 mM NaCl
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 詳細: at 15 mA
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
温度最低: 90.0 K / 最高: 105.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5989 / 平均露光時間: 6.06 sec. / 平均電子線量: 60.21 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 20.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.8 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 190000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 2265781
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.57 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 26575
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

9qfx


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-9qhk:
Nucleotide-free wild type Wzm-Wzt from Mycobacterium abscessus in nanodiscs

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る