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- EMDB-53140: Cryo-EM structure of the PlPVC1 fiber in extended state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-53140
タイトルCryo-EM structure of the PlPVC1 fiber in extended state
マップデータCryo-EM structure of the PlPVC fiber in extended state
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of PlPVC fiber and interaction between PlPVC baseplate and PlPVC fiber in extended state
    • タンパク質・ペプチド: Tail fiber protein
    • タンパク質・ペプチド: Baseplate protein J-like domain-containing protein
キーワードcontractile injection system / VIRUS LIKE PARTICLE
機能・相同性Phage tail collar domain / Phage Tail Collar Domain / Attachment protein shaft domain superfamily / virion attachment to host cell / Tail fiber protein / Baseplate protein J-like domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Photorhabdus luminescens (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.0 Å
データ登録者Marin-Arraiza L / Taylor NMI
資金援助 デンマーク, スペイン, 5件
OrganizationGrant number国
Novo Nordisk FoundationNNF14CC0001 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF17OC0031006 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF23OC0081528 デンマーク
LundbeckfondenR434-2023-289 デンマーク
La Caixa FoundationLCF/BQ/EU21/11890147 スペイン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural characterization of an extracellular contractile injection system from Photorhabdus luminescens in extended and contracted states
著者: Marin-Arraiza L / Roa-Eguiara A / Pape T / Sofos N / Hendriks IA / Lund Nielsen M / Steiner-Rebrova EM / Taylor NMI
履歴
登録2025年3月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月29日-
マップ公開2025年10月29日-
更新2025年10月29日-
現状2025年10月29日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_53140.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_53140.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 669.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of the PlPVC fiber in extended state
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.5 Å/pix.
x 560 pix.
= 840. Å		1.5 Å/pix.
x 560 pix.
= 840. Å		1.5 Å/pix.
x 560 pix.
= 840. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.5 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-1.1634562 - 2.1153908
平均 (標準偏差)-0.00040091126 (±0.043742847)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ560560560
Spacing560560560
セルA=B=C: 840.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_53140_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Cryo-EM structure of the PlPVC fiber in extended state

ファイルemd_53140_half_map_1.map
注釈Cryo-EM structure of the PlPVC fiber in extended state
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Cryo-EM structure of the PlPVC fiber in extended state

ファイルemd_53140_half_map_2.map
注釈Cryo-EM structure of the PlPVC fiber in extended state
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of PlPVC fiber and interaction between PlPVC ba...

全体名称: Cryo-EM structure of PlPVC fiber and interaction between PlPVC baseplate and PlPVC fiber in extended state
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of PlPVC fiber and interaction between PlPVC baseplate and PlPVC fiber in extended state
    • タンパク質・ペプチド: Tail fiber protein
    • タンパク質・ペプチド: Baseplate protein J-like domain-containing protein

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超分子 #1: Cryo-EM structure of PlPVC fiber and interaction between PlPVC ba...

超分子名称: Cryo-EM structure of PlPVC fiber and interaction between PlPVC baseplate and PlPVC fiber in extended state
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Photorhabdus luminescens (バクテリア)

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分子 #1: Tail fiber protein

分子名称: Tail fiber protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Pvc13 - tail fiber protein / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Photorhabdus luminescens (バクテリア)
分子量理論値: 45.745395 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MEKEHNPYNS ETNLETNLEN TNIKSTGPSA DDLKSRFKEG SIPLQTDYAD LIDIADIGRR AVGKAPDQTN NPNSALELDD NSGLKIKIN STGGLKADQD GLSVKLKDKS LLADPNGLAV NAGRGVKINN DQLEVDGYHG IEIVNEGVKV KASNGINVNS D GVSVKAGN ...文字列:
MEKEHNPYNS ETNLETNLEN TNIKSTGPSA DDLKSRFKEG SIPLQTDYAD LIDIADIGRR AVGKAPDQTN NPNSALELDD NSGLKIKIN STGGLKADQD GLSVKLKDKS LLADPNGLAV NAGRGVKINN DQLEVDGYHG IEIVNEGVKV KASNGINVNS D GVSVKAGN GISVSGKGVE VKAKDKGSIS VDSDGIAVKY WDGGGIVATD NSGLYLKLEG GNTNNGWSGV SGLSLSKNGV KV KAGNGIT VDSSGVSIDP KTVLPKGMIV MFSGSSAPTG WAFCDGNHGT PDLRSRFVMC SETISETGKS SNKASGSGNG KNY SRNTTS TTVSVSVTVK NTTLTESQIP YHYHIGGMGY WTNKGMKYGT EYYSEYASYI RNDLDSVMQS ANGARYAYTS PSGG GQGHN HPATASSPSH DHSVNVIPPY YLLAFIMKL

UniProtKB: Tail fiber protein

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分子 #2: Baseplate protein J-like domain-containing protein

分子名称: Baseplate protein J-like domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: Pvc12 - baseplate protein / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Photorhabdus luminescens (バクテリア)
分子量理論値: 110.905555 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MNNQDALFPI VKDDIAFETL LTQAKTVIEQ QSGQLWSNTE ENDPGITLLE ACCYGASDLA YRHSLPLRDL LTPEKQEQTL GDGIFPQEF GPQQMLTCGP ITAEDYRRAL LDLHSSDTDN ETSEDYFFFN DVRLICEPES ERYKYWYNKE SREYSFIQEQ E QEQEQLQL ...文字列:
MNNQDALFPI VKDDIAFETL LTQAKTVIEQ QSGQLWSNTE ENDPGITLLE ACCYGASDLA YRHSLPLRDL LTPEKQEQTL GDGIFPQEF GPQQMLTCGP ITAEDYRRAL LDLHSSDTDN ETSEDYFFFN DVRLICEPES ERYKYWYNKE SREYSFIQEQ E QEQEQLQL TLRGNYWLYL LPNRETEDDK TLTQKRLNDF LKDNRNLGES VSKIIWLQPV DFLLQLDIEL DDDVSDLADI FA QVYMTTE QMVLTSPLRY STQAMIEQGY SNEEIFEGPY LHHGWIPELS AAKDYTKPTE LKLSHLANRL LAIPGVQNIT RLA LGKHDE NISPLADDSW SWTIAQGYYP RLWGNDPLDL ISSSASPLTI TAKGGVKITV SKQDIENKII AEPLIETQPE LLNW GKHRK VLDYYPVSNK LPACYGLQTY AETQQQVHLH QFMLPFEQML ANGCAELALL PKLLAFKQRG NTVYGTQWPF KANTV GQQV HQEIMPDLIK QLNNDSQINS DDGIHSQNYT KELSILNYLL EYFGTHRAAR PLTLDSLDFL STQRGYLAQQ PELTYQ RNN IRIDKVSALQ KRIAARLGLG GKCFEETSKL DELPFYLIEH RQLLPVKPDT KFDKEQKPDK LKIKSVPNSK NQQLIIT QN GTTGQLLYGQ VINLIIKEKE NQDIRVKFIL RGQMITDITG ESFILDTRNS TALARSLIDV QNAYNDGNLY WCNSPVWM E DMDYQLVYAS EIYQTGTENE RWITSSPQSP FPAMIEENDE ITLKYVITPS GPKKSDHELK ANVIKFDRIQ GKILIKLTQ DSQDNFPLAA DAWRYRWYFS SEKYALADRF SFVVSMVINS QLVKNDDVDP YKLESWAKTE ILAEFPAHLS MIIHWLSPED FKDFVSTYQ RWQNNGAPLG DEAYHVLETL TLGRLPSAAT GIGNMRIATA QQRIGVVGES GKEWNTEVII SNQLVYVPYT G ENLNKR

UniProtKB: Baseplate protein J-like domain-containing protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 41.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Patch CTF Estimation in cryoSPARC, fit local CTF to micrograph, including tilted, bent, deformed samples
タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Ab-initio model was generated in cryoSPARC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
詳細: 71148 particles from a symmetry expanded set Resolution range 4-6 angstrom
使用した粒子像数: 71148
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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