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- EMDB-53139: Cryo-EM structure of the PlPVC1 cap, 6-fold symmetrized (C6), in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-53139
タイトルCryo-EM structure of the PlPVC1 cap, 6-fold symmetrized (C6), in extended state
マップデータCryo-EM structure of the PlPVC cap in extended state
試料
  • 複合体: PlPVC cap (C6) in extended state
    • タンパク質・ペプチド: DUF4255 domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Phage tail protein
    • タンパク質・ペプチド: Phage tail sheath family protein
キーワードContractile injection system / VIRUS LIKE PARTICLE
機能・相同性
機能・相同性情報


structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Pvc16, N-terminal / Pvc16 N-terminal domain / Conserved hypothetical protein CHP02241 / Bacteriophage T4, Gp19, tail tube / T4-like virus tail tube protein gp19 / : / Tail sheath protein, C-terminal domain / Phage tail sheath C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Phage tail sheath family protein / Phage tail protein / DUF4255 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Photorhabdus luminescens (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.46 Å
データ登録者Marin-Arraiza L / Taylor NMI
資金援助 デンマーク, スペイン, 5件
OrganizationGrant number国
Novo Nordisk FoundationNNF14CC0001 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF17OC0031006 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF23OC0081528 デンマーク
LundbeckfondenR434-2023-289 デンマーク
La Caixa FoundationLCF/BQ/EU21/11890147 スペイン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural characterization of an extracellular contractile injection system from Photorhabdus luminescens in extended and contracted states.
著者: Leyre Marín-Arraiza / Aritz Roa-Eguiara / Tillmann Pape / Nicholas Sofos / Ivo Alexander Hendriks / Michael Lund Nielsen / Eva Maria Steiner-Rebrova / Nicholas M I Taylor /
要旨: Contractile injection systems (CISs) are phage tail-like nanosyringes that mediate bacterial interactions by puncturing target cell membranes. Within these systems, Photorhabdus Virulence Cassettes ...Contractile injection systems (CISs) are phage tail-like nanosyringes that mediate bacterial interactions by puncturing target cell membranes. Within these systems, Photorhabdus Virulence Cassettes (PVCs) can translocate toxins across eukaryotic target cell membranes and have been engineered to deliver diverse protein cargoes into non-natively-targeted organisms. Despite the structural insights into several CISs, including one PVC from P. asymbiotica, information on PVCs from other species and details on the contraction mechanism remain limited. Here, we present the single-particle cryo-electron microscopy structure of PlPVC1, a PVC from the nematode symbiont and insect pathogen Photorhabdus luminescens DJC, in both extended and contracted states. This particle displays distinct structural features that differ from other CISs, such as a cage surrounding the central spike, a larger sheath adaptor, and a plug exposed to the tube lumen. Moreover, we present the structures of the PlPVC1 fiber and the baseplate of the contracted particle, yielding insight into the contraction mechanism. This study provides structural details of the extended and contracted states of the PlPVC1 particle and supports the model in which contraction is triggered. Furthermore, it facilitates the comparison of PlPVC1 with other CISs and expands the scope of engineering opportunities for future biomedical and biotechnological applications.
履歴
登録2025年3月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月29日-
マップ公開2025年10月29日-
更新2025年11月5日-
現状2025年11月5日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_53139.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_53139.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 669.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of the PlPVC cap in extended state
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.2 Å/pix.
x 560 pix.
= 672. Å		1.2 Å/pix.
x 560 pix.
= 672. Å		1.2 Å/pix.
x 560 pix.
= 672. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.2 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.35
最小 - 最大-0.57271016 - 1.4613732
平均 (標準偏差)-0.000006120524 (±0.045746196)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ560560560
Spacing560560560
セルA=B=C: 672.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Cryo-EM structure of the PlPVC cap in extended state

ファイルemd_53139_half_map_1.map
注釈Cryo-EM structure of the PlPVC cap in extended state
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Cryo-EM structure of the PlPVC cap in extended state

ファイルemd_53139_half_map_2.map
注釈Cryo-EM structure of the PlPVC cap in extended state
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : PlPVC cap (C6) in extended state

全体名称: PlPVC cap (C6) in extended state
要素
  • 複合体: PlPVC cap (C6) in extended state
    • タンパク質・ペプチド: DUF4255 domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Phage tail protein
    • タンパク質・ペプチド: Phage tail sheath family protein

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超分子 #1: PlPVC cap (C6) in extended state

超分子名称: PlPVC cap (C6) in extended state / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Photorhabdus luminescens (バクテリア)

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分子 #1: DUF4255 domain-containing protein

分子名称: DUF4255 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Pvc16 - cap protein / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Photorhabdus luminescens (バクテリア)
分子量理論値: 33.299473 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTIIIASDNA IIEINQALNT ILSQYLNITG QNIDIRFDLP EINSIQSEPT VSVFLYEIHE DLQLRSAESR RYNPSTNTLL PGWVNINCN YLITYWDASK PSSDSSSPDS QPNNQAAQVM TRILNALINN RQLTGLPGAY TRIIPQQENL NSLGNFWQAL G NRPRLSLL ...文字列:
MTIIIASDNA IIEINQALNT ILSQYLNITG QNIDIRFDLP EINSIQSEPT VSVFLYEIHE DLQLRSAESR RYNPSTNTLL PGWVNINCN YLITYWDASK PSSDSSSPDS QPNNQAAQVM TRILNALINN RQLTGLPGAY TRIIPQQENL NSLGNFWQAL G NRPRLSLL YSITVPMKLK NIEDNVIPVS KISASVDQKP NLDNSQINQA LIDKLCVELG GTEDVRLALA KVNLTTKPDT EN NQNQENE SVIVEVSGIT SVTYLPQIKD TLTKWKSSQE AIVKINGVSI VVSKENADKL IGI

UniProtKB: DUF4255 domain-containing protein

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分子 #2: Phage tail protein

分子名称: Phage tail protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: Pvc1 - tube protein / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Photorhabdus luminescens (バクテリア)
分子量理論値: 16.574574 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MAITPEQIAV EYPIPTYRFV VSVGDEQIPF NNVSGLDVHY DVIEYKDGIG NYYKMPGQRQ SINITLRKGV FPGDTKLFDW INSIQLNQV EKKDIAISLT NEAGTEILMT WNVANAFPTS FTSPSFDATS NEIAVQEIAL TADRVTIQAA

UniProtKB: Phage tail protein

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分子 #3: Phage tail sheath family protein

分子名称: Phage tail sheath family protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: Pvc2 - sheath protein / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Photorhabdus luminescens (バクテリア)
分子量理論値: 39.009828 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTTITTYPGV YIEEDASLSL SVSSSATAVP VFAVAGDNPL ISGKPYIRIS NWLEYLTLKN EQFDPANTLD ISLRAYFING GGYCYLVQT TDLEKQVPKL DDVTLLVAAG ENITTAVSTL CKPGKGLFAI FDGPTTELKS DGTSNSDYDP NPFAAVYYPW L TADWTTTI ...文字列:
MTTITTYPGV YIEEDASLSL SVSSSATAVP VFAVAGDNPL ISGKPYIRIS NWLEYLTLKN EQFDPANTLD ISLRAYFING GGYCYLVQT TDLEKQVPKL DDVTLLVAAG ENITTAVSTL CKPGKGLFAI FDGPTTELKS DGTSNSDYDP NPFAAVYYPW L TADWTTTI DIPPSAAIAG VYCSVDSTRG VWKAPANVPI QGGLQPKYPV TDDLQAQYNQ GKALNMIRTF PKSGTLVWGA RT LEDNDNW RYIPVRRLFN SAERDIKNAM SFAVFEPNSQ PTWERVRSAV NNYLYSLWQQ GGLAGNKPDD AYFVQIGKDI TMT DDDIKQ GKMIIKIGMA AVRPAEFIIL QFTQNTAQ

UniProtKB: Phage tail sheath family protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 41.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Patch CTF Estimation in cryoSPARC, fit local CTF to micrograph, including tilted, bent, deformed samples)
タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Ab-initio model was generated in cryoSPARC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 57353
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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