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- EMDB-53138: Cryo-EM structure of the PlPVC1 central spike, 3-fold symmetrized... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-53138
タイトルCryo-EM structure of the PlPVC1 central spike, 3-fold symmetrized (C3), in extended state
マップデータCryo-EM structure of the PlPVC spike needle, 3-fold symmetrized (C3), in extended state
試料
  • 複合体: PlPVC spike needle (C3) in extended state
    • タンパク質・ペプチド: Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 6/17
    • タンパク質・ペプチド: Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 6/17
キーワードContractile injection system / VIRUS LIKE PARTICLE
機能・相同性Protein of unknown function DUF5908 / Family of unknown function (DUF5908) / Phage tail baseplate hub (GPD) / Gp5/Type VI secretion system Vgr protein, OB-fold domain / Type VI secretion system/phage-baseplate injector OB domain / Vgr protein, OB-fold domain superfamily / Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 6/17 / Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 6/17
機能・相同性情報
生物種Photorhabdus luminescens (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.82 Å
データ登録者Marin-Arraiza L / Taylor NMI
資金援助 デンマーク, スペイン, 5件
OrganizationGrant number国
Novo Nordisk FoundationNNF14CC0001 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF17OC0031006 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF23OC0081528 デンマーク
LundbeckfondenR434-2023-289 デンマーク
La Caixa FoundationLCF/BQ/EU21/11890147 スペイン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural characterization of an extracellular contractile injection system from Photorhabdus luminescens in extended and contracted states
著者: Marin-Arraiza L / Roa-Eguiara A / Pape T / Sofos N / Hendriks IA / Lund Nielsen M / Steiner-Rebrova EM / Taylor NMI
履歴
登録2025年3月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月29日-
マップ公開2025年10月29日-
更新2025年10月29日-
現状2025年10月29日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_53138.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_53138.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of the PlPVC spike needle, 3-fold symmetrized (C3), in extended state
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.2 Å/pix.
x 360 pix.
= 432. Å		1.2 Å/pix.
x 360 pix.
= 432. Å		1.2 Å/pix.
x 360 pix.
= 432. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.2 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.175
最小 - 最大-0.7204229 - 1.4789579
平均 (標準偏差)0.002771763 (±0.05920488)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 432.00003 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Cryo-EM structure of the PlPVC spike needle, 3-fold...

ファイルemd_53138_half_map_1.map
注釈Cryo-EM structure of the PlPVC spike needle, 3-fold symmetrized (C3), in extended state
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Cryo-EM structure of the PlPVC spike needle, 3-fold...

ファイルemd_53138_half_map_2.map
注釈Cryo-EM structure of the PlPVC spike needle, 3-fold symmetrized (C3), in extended state
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : PlPVC spike needle (C3) in extended state

全体名称: PlPVC spike needle (C3) in extended state
要素
  • 複合体: PlPVC spike needle (C3) in extended state
    • タンパク質・ペプチド: Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 6/17
    • タンパク質・ペプチド: Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 6/17

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超分子 #1: PlPVC spike needle (C3) in extended state

超分子名称: PlPVC spike needle (C3) in extended state / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Photorhabdus luminescens (バクテリア)

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分子 #1: Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome se...

分子名称: Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 6/17
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Pvc8 - central spike protein / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Photorhabdus luminescens (バクテリア)
分子量理論値: 58.964836 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKIPEITIKI SGKTLNQFTA INLTVNHYIN GIPSVNITLG IAGDANYIFD AKAQAELANC RPNNELIVQI QKTILFKGII VRQALKFKG QDSLMTLTAK HPLQKLTDGL HSQLFSKQSD EAIIKKLFSQ AGIQTTIKQA PQLKTVHEQM VQFRCNDWTF L KSRLIATN ...文字列:
MKIPEITIKI SGKTLNQFTA INLTVNHYIN GIPSVNITLG IAGDANYIFD AKAQAELANC RPNNELIVQI QKTILFKGII VRQALKFKG QDSLMTLTAK HPLQKLTDGL HSQLFSKQSD EAIIKKLFSQ AGIQTTIKQA PQLKTVHEQM VQFRCNDWTF L KSRLIATN TWLLPGNEVV TLITPKALNQ STVHTIHQST NDQDIVLFEA NLQWDNQRSP KTVSVQSWDI TQQKLSQTIQ VK NSGLGSN KLAVDSITTL TNQDWQWVFN YPLDNEQAKY LAQGIMDNLR SDNVSGSFEV EGDSCYQPGD VLALNGFGQG MDG QGIITG VSQIINQRQG WRTRLTLGMP PDAEQAVPPV KELHVGIVEK YQPDSQSLGR IPVKIPALNL TNSVLFARLG KPYA SHESG FCFYPEPGDE VIIGFFECDP RFPVILGSMH NPKNKAPVEP SEKNPMKTLV IKQGDHQQAL VFNNQDKTVA LNSGK NTLS LQQDKDITLN SANNLITNAQ EIKIQAEKSL SASGKSGVDI KGAKINLTQ

UniProtKB: Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 6/17

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分子 #2: Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome se...

分子名称: Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 6/17
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: Pvc6 - plug protein / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Photorhabdus luminescens (バクテリア)
分子量理論値: 6.577516 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MTVEIKELII QAKVTDSASD LLSPRTLAQE ALDNARLIEM VKQEVLDALR EAGGRYELN

UniProtKB: Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 6/17

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 41.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Patch CTF Estimation in cryoSPARC, fit local CTF to micrograph, including tilted, bent, deformed samples
タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Ab-initio model was generated in cryoSPARC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.82 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 47836
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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