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- EMDB-53067: Cryo-EM structure of the A2085-methylated 50S ribosome of a MLSb ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-53067
タイトルCryo-EM structure of the A2085-methylated 50S ribosome of a MLSb resistant S. aureus strain "MNY196" in complex with solithromycin
マップデータPostprocessed map of the focused refinement of the large ribosomal subunit obtained after Multibody refinement in Relion
試料
  • 複合体: A2085-methylated 50S ribosome of a MLSb resistant S. aureus strain "MNY196" in complex with solithromycin
    • タンパク質・ペプチド: x 27種
    • RNA: x 4種
  • リガンド: x 5種
キーワードRIBOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding ...large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. ...Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / : / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / : / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L30, bacterial-type / L28p-like / : / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L20 / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L3, bacterial/organelle-type / Ribosomal protein L15, bacterial-type / 50S ribosomal protein uL4 / Ribosomal protein L13, bacterial-type / Ribosomal protein L5, conserved site / Ribosomal protein L5 signature. / Ribosomal protein L2 signature. / Ribosomal protein L2, conserved site / : / Ribosomal protein L5, N-terminal / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L15, conserved site / Ribosomal protein L15 signature. / Ribosomal protein L5, C-terminal / ribosomal L5P family C-terminus / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L10e/L16 / Ribosomal protein L10e/L16 superfamily / Ribosomal protein L16p/L10e / Ribosomal protein L5 domain superfamily / Ribosomal protein L13 signature. / Ribosomal protein L6, alpha-beta domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 ...Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL33A / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL25
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Rivalta A / Yonath A
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Other private
引用ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2025
タイトル: Structural studies on ribosomes of differentially macrolide-resistant strains.
著者: André Rivalta / Aliza Fedorenko / Alexandre Le Scornet / Sophie Thompson / Yehuda Halfon / Elinor Breiner Goldstein / Sude Çavdaroglu / Tal Melenitzky / Disha-Gajanan Hiregange / Ella ...著者: André Rivalta / Aliza Fedorenko / Alexandre Le Scornet / Sophie Thompson / Yehuda Halfon / Elinor Breiner Goldstein / Sude Çavdaroglu / Tal Melenitzky / Disha-Gajanan Hiregange / Ella Zimmerman / Anat Bashan / Mee-Ngan Frances Yap / Ada Yonath /
要旨: Antimicrobial resistance is a major global health challenge, diminishing the efficacy of many antibiotics, including macrolides. In , an opportunistic pathogen, macrolide resistance is primarily ...Antimicrobial resistance is a major global health challenge, diminishing the efficacy of many antibiotics, including macrolides. In , an opportunistic pathogen, macrolide resistance is primarily mediated by Erm-family methyltransferases, which mono- or dimethylate A2058 in the 23S ribosomal RNA, reducing drug binding. Although macrolide-ribosome interactions have been characterized in nonpathogenic species, their structural basis in clinically relevant pathogens remains limited. In this study, we investigate the impact of -mediated resistance on drug binding by analyzing ribosomes from strains with varying levels of expression and activity. Using cryo-electron microscopy, we determined the high-resolution structures of solithromycin-bound ribosomes, including those with dimethylated A2058. Our structural analysis reveals the specific interactions that enable solithromycin binding despite double methylation and resistance, as corroborated by microbiological and biochemical data, suggesting that further optimization of ketolide-ribosome interactions could enhance macrolide efficacy against resistant strains.
履歴
登録2025年3月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月4日-
マップ公開2025年6月4日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_53067.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_53067.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Postprocessed map of the focused refinement of the large ribosomal subunit obtained after Multibody refinement in Relion
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 440 pix.
= 362.56 Å		0.82 Å/pix.
x 440 pix.
= 362.56 Å		0.82 Å/pix.
x 440 pix.
= 362.56 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.824 Å
密度

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表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.1078327 - 0.29770273
平均 (標準偏差)0.0004785897 (±0.0058266413)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 362.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half-map 2 of the focused refinement of the large subunit

ファイルemd_53067_half_map_1.map
注釈Half-map 2 of the focused refinement of the large subunit
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 1 of the focused refinement of the large subunit

ファイルemd_53067_half_map_2.map
注釈Half-map 1 of the focused refinement of the large subunit
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : A2085-methylated 50S ribosome of a MLSb resistant S. aureus strai...

全体名称: A2085-methylated 50S ribosome of a MLSb resistant S. aureus strain "MNY196" in complex with solithromycin
要素
  • 複合体: A2085-methylated 50S ribosome of a MLSb resistant S. aureus strain "MNY196" in complex with solithromycin
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL33A
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL34
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL35
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL36
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL17
    • RNA: 23S rRNA
    • RNA: 5S rRNA
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL2
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL3
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL4
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL5
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL6
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL13
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL14
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL15
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL16
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL18
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL19
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL20
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL21
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL22
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL23
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL24
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L25
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL27
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL28
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL29
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL30
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL32
    • RNA: P_site tRNA
    • RNA: E_site tRNA
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: (3aS,4R,7S,9R,10R,11R,13R,15R,15aR)-1-{4-[4-(3-aminophenyl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]butyl}-4-ethyl-7-fluoro-11-methoxy-3a ,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,8,14-tetraoxotetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-10-yl 3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranoside
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: A2085-methylated 50S ribosome of a MLSb resistant S. aureus strai...

超分子名称: A2085-methylated 50S ribosome of a MLSb resistant S. aureus strain "MNY196" in complex with solithromycin
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#31
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)

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分子 #1: Large ribosomal subunit protein bL33A

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL33A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 6.305343 KDa
配列文字列:
MFNVRVNVTL ACTECGDRNY ITTKNKRNNP ERIEMKKYCP RLNKYTLHRE TK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL33A

+
分子 #2: Large ribosomal subunit protein bL34

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 5.454642 KDa
配列文字列:
MVKRTYQPNK RKHSKVHGFR KRMSTKNGRK VLARRRRKGR KVLSA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL34

+
分子 #3: Large ribosomal subunit protein bL35

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 7.722368 KDa
配列文字列:
MPKMKTHRGA AKRVKRTASG QLKRSRAFTS HLFANKSTKQ KRQLRKARLV SKSDMKRVKQ LLAYKK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL35

+
分子 #4: Large ribosomal subunit protein bL36

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 4.318422 KDa
配列文字列:
MKVRPSVKPI CEKCKVIKRK GKVMVICENP KHKQRQG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL36

+
分子 #5: Large ribosomal subunit protein bL17

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 13.771773 KDa
配列文字列:
MGYRKLGRTS DQRKAMLRDL ATSLIISERI ETTEARAKEV RSVVEKLITL GKKGDLASRR NAAKTLRNVE ILNEDETTQT ALQKLFGEI AERYTERQGG YTRILKQGPR RGDGAESVII ELV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL17

+
分子 #8: Large ribosomal subunit protein uL2

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 30.217164 KDa
配列文字列: MAIKKYKPIT NGRRNMTSLD FAEITKTTPE KSLLKPLPKK AGRNNQGKLT VRHHGGGHKR QYRVIDFKRN KDGINAKVDS IQYDPNRSA NIALVVYADG EKRYIIAPKG LEVGQIVESG AEADIKVGNA LPLQNIPVGT VVHNIELKPG KGGQIARSAG A SAQVLGKE ...文字列:
MAIKKYKPIT NGRRNMTSLD FAEITKTTPE KSLLKPLPKK AGRNNQGKLT VRHHGGGHKR QYRVIDFKRN KDGINAKVDS IQYDPNRSA NIALVVYADG EKRYIIAPKG LEVGQIVESG AEADIKVGNA LPLQNIPVGT VVHNIELKPG KGGQIARSAG A SAQVLGKE GKYVLIRLRS GEVRMILSTC RATIGQVGNL QHELVNVGKA GRSRWKGIRP TVRGSVMNPN DHPHGGGEGR AP IGRPSPM SPWGKPTLGK KTRRGKKSSD KLIVRGRKKK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL2

+
分子 #9: Large ribosomal subunit protein uL3

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 23.760256 KDa
配列文字列: MTKGILGRKI GMTQVFGENG ELIPVTVVEA KENVVLQKKT VEVDGYNAIQ VGFEDKKAYK KDAKSNKYAN KPAEGHAKKA DAAPKRFIR EFRNVDVDAY EVGQEVSVDT FVAGDVIDVT GVSKGKGFQG AIKRHGQSRG PMSHGSHFHR APGSVGMASD A SRVFKGQK ...文字列:
MTKGILGRKI GMTQVFGENG ELIPVTVVEA KENVVLQKKT VEVDGYNAIQ VGFEDKKAYK KDAKSNKYAN KPAEGHAKKA DAAPKRFIR EFRNVDVDAY EVGQEVSVDT FVAGDVIDVT GVSKGKGFQG AIKRHGQSRG PMSHGSHFHR APGSVGMASD A SRVFKGQK MPGRMGGNTV TVQNLEVVQV DTENKVILVK GNVPGPKKGL VEIRTSIKKG NK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL3

+
分子 #10: Large ribosomal subunit protein uL4

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 22.495697 KDa
配列文字列: MANYDVLKLD GTKSGSIELS DAVFGIEPNN SVLFEAINLQ RASLRQGTHA VKNRSAVSGG GRKPWKQKGT GRARQGTIRA PQWRGGGIV FGPTPRSYAY KMPKKMRRLA LRSALSFKAQ ENGLTVVDAF NFEAPKTKEF KNVLSTLEQP KKVLVVTENE D VNVELSAR ...文字列:
MANYDVLKLD GTKSGSIELS DAVFGIEPNN SVLFEAINLQ RASLRQGTHA VKNRSAVSGG GRKPWKQKGT GRARQGTIRA PQWRGGGIV FGPTPRSYAY KMPKKMRRLA LRSALSFKAQ ENGLTVVDAF NFEAPKTKEF KNVLSTLEQP KKVLVVTENE D VNVELSAR NIPGVQVTTA QGLNVLDITN ADSLVITEAA AKKVEEVLG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL4

+
分子 #11: Large ribosomal subunit protein uL5

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 20.296637 KDa
配列文字列:
MNRLKEKFNT EVTENLMKKF NYSSVMEVPK IDKIVVNMGV GDAVQNSKVL DNAVEELELI TGQKPLVTKA KKSIATFRLR EGMPIGAKV TLRGERMYEF LDKLISVSLP RVRDFQGVSK KAFDGRGNYT LGVKEQLIFP EIDYDKVSKV RGMDIVIVTT A NTDEEARE LLANFGMPFR K

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL5

+
分子 #12: Large ribosomal subunit protein uL6

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 19.81858 KDa
配列文字列:
MSRVGKKIID IPSDVTVTFD GNHVTVKGPK GELSRTLNER MTFKQEENTI EVVRPSDSKE DRTNHGTTRA LLNNMVQGVS QGYVKVLEL VGVGYRAQMQ GKDLILNVGY SHPVEIKAEE NITFSVEKNT VVKVEGISKE QVGALASNIR SVRPPEPYKG K GIRYQGEY VRRKEGKTGK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL6

+
分子 #13: Large ribosomal subunit protein uL13

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 16.359427 KDa
配列文字列:
MRQTFMANES NIERKWYVID AEGQTLGRLS SEVASILRGK NKVTYTPHVD TGDYVIVINA SKIEFTGNKE TDKVYYRHSN HPGGIKSIT AGELRRTNPE RLIENSIKGM LPSTRLGEKQ GKKLFVYGGA EHPHAAQQPE NYELRG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL13

+
分子 #14: Large ribosomal subunit protein uL14

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 13.157342 KDa
配列文字列:
MIQQETRLKV ADNSGAREVL TIKVLGGSGR KTANIGDVIV CTVKNATPGG VVKKGDVVKA VIVRTKSGVR RNDGSYIKFD ENACVIIRD DKGPRGTRIF GPVARELREG NFMKIVSLAP EVL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL14

+
分子 #15: Large ribosomal subunit protein uL15

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 15.62889 KDa
配列文字列:
MKLHELKPAE GSRKERNRVG RGVATGNGKT SGRGHKGQKA RSGGGVRPGF EGGQLPLFRR LPKRGFTNIN RKEYAIVNLD QLNKFEDGT EVTPALLVES GVVKNEKSGI KILGNGSLDK KLTVKAHKFS ASAAEAIDAK GGAHEVI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL15

+
分子 #16: Large ribosomal subunit protein uL16

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 16.274049 KDa
配列文字列:
MLLPKRVKYR RQHRPKTTGR SKGGNYVTFG EFGLQATTTS WITSRQIESA RIAMTRYMKR GGKVWIKIFP HTPYTKKPLE VRMGAGKGA VEGWIAVVKP GRILFEVAGV SEEVAREALR LASHKLPVKT KFVKREELGG ETNES

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL16

+
分子 #17: Large ribosomal subunit protein uL18

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 13.124093 KDa
配列文字列:
MISKIDKNKV RLKRHARVRT NLSGTAEKPR LNVYRSNKHI YAQIIDDNKG VTLAQASSKD SDIATTATKV ELATKVGEAI AKKAADKGI KEIVFDRGGY LYHGRVKALA EAARESGLEF

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL18

+
分子 #18: Large ribosomal subunit protein bL19

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 13.392771 KDa
配列文字列:
MTNHKLIEAV TKSQLRTDLP SFRPGDTLRV HVRIIEGTRE RIQVFEGVVI KRRGGGVSET FTVRKISSGV GVERTFPLHT PKIEKIEVK RRGKVRRAKL YYLRSLRGKA ARIQEIR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL19

+
分子 #19: Large ribosomal subunit protein bL20

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 13.720295 KDa
配列文字列:
MPRVKGGTVT RARRKKTIKL AKGYFGSKHT LYKVAKQQVM KSGQYAFRDR RQRKRDFRKL WITRINAAAR QHEMSYSRLM NGLKKAGID INRKMLSEIA ISDEKAFAQL VTKAKDALK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL20

+
分子 #20: Large ribosomal subunit protein bL21

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 11.354081 KDa
配列文字列:
MFAIIETGGK QIKVEEGQEI FVEKLDVNEG DTFTFDKVLF VGGDSVKVGA PTVEGATVTA TVNKQGRGKK ITVFTYKRRK NSKRKKGHR QPYTKLTIDK INA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL21

+
分子 #21: Large ribosomal subunit protein uL22

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 12.857922 KDa
配列文字列:
MEAKAVARTI RIAPRKVRLV LDLIRGKNAA EAIAILKLTN KASSPVIEKV LMSALANAEH NYDMNTDELV VKEAYANEGP TLKRFRPRA QGRASAINKR TSHITIVVSD GKEEAKEA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL22

+
分子 #22: Large ribosomal subunit protein uL23

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 10.625398 KDa
配列文字列:
MEARDILKRP VITEKSSEAM AEDKYTFDVD TRVNKTQVKM AVEEIFNVKV ASVNIMNYKP KKKRMGRYQG YTNKRRKAIV TLKEGSIDL FN

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL23

+
分子 #23: Large ribosomal subunit protein uL24

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 11.561504 KDa
配列文字列:
MHIKKGDNVK VIAGKDKGKE GKVIATLPKK DRVVVEGVNI MKKHQKPTQL NPEGGILETE AAIHVSNVQL LDPKTNEPTR VGYKFVDGK KVRIAKKSGE EIKSNN

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL24

+
分子 #24: 50S ribosomal protein L25

分子名称: 50S ribosomal protein L25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 23.810609 KDa
配列文字列: MASLKSIIRQ GKQTRSDLKQ LRKSGKVPAV VYGYGTKNVS VKVDEVEFIK VIREVGRNGV IELGVGSKTI KVMVADYQFD PLKNQITHI DFLAINMSEE RTVEVPVQLV GEAVGAKEGG VVEQPLFNLE VTATPDNIPE AIEVDITELN INDSLTVADV K VTGDFKIE ...文字列:
MASLKSIIRQ GKQTRSDLKQ LRKSGKVPAV VYGYGTKNVS VKVDEVEFIK VIREVGRNGV IELGVGSKTI KVMVADYQFD PLKNQITHI DFLAINMSEE RTVEVPVQLV GEAVGAKEGG VVEQPLFNLE VTATPDNIPE AIEVDITELN INDSLTVADV K VTGDFKIE NDSAESVVTV VAPTEEPTEE EIEAMEGEQQ TEEPEVVGES KEDEEKTEE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL25

+
分子 #25: Large ribosomal subunit protein bL27

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 10.334798 KDa
配列文字列:
MLKLNLQFFA SKKGVSSTKN GRDSESKRLG AKRADGQFVT GGSILYRQRG TKIYPGENVG RGGDDTLFAK IDGVVKFERK GRDKKQVSV YAVAE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL27

+
分子 #26: Large ribosomal subunit protein bL28

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 6.995289 KDa
配列文字列:
MGKQCFVTGR KASTGNRRSH ALNSTKRRWN ANLQKVRILV DGKPKKVWVS ARALKSGKVT RV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL28

+
分子 #27: Large ribosomal subunit protein uL29

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 8.5929 KDa
配列文字列:
MVKQMKAKEI RDLTTSEIEE QIKSSKEELF NLRFQLATGQ LEETARIRTV RKTIARLKTV AREREIEQSK ANQ

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL29

+
分子 #28: Large ribosomal subunit protein uL30

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 6.565683 KDa
配列文字列:
MAKLQITLTR SVIGRPETQR KTVEALGLKK TNSSVVVEDN PAIRGQINKV KHLVTVEEK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL30

+
分子 #29: Large ribosomal subunit protein bL32

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 6.500609 KDa
配列文字列:
MAVPKRRTSK TRKNKRRTHF KISVPGMTEC PNCGEYKLSH RVCKNCGSYN GEEVAAK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL32

+
分子 #6: 23S rRNA

分子名称: 23S rRNA / タイプ: rna / ID: 6 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 946.85075 KDa
配列文字列: GAUUAAGUUA UUAAGGGCGC ACGGUGGAUG CCUUGGCACU AGAAGCCGAU GAAGGACGUU ACUAACGACG AUAUGCUUUG GGGAGCUGU AAGUAAGCUU UGAUCCAGAG AUUUCCGAAU GGGGAAACCC AGCAUGAGUU AUGUCAUGUU AUCGAUAUGU G AAUACAUA ...文字列:
GAUUAAGUUA UUAAGGGCGC ACGGUGGAUG CCUUGGCACU AGAAGCCGAU GAAGGACGUU ACUAACGACG AUAUGCUUUG GGGAGCUGU AAGUAAGCUU UGAUCCAGAG AUUUCCGAAU GGGGAAACCC AGCAUGAGUU AUGUCAUGUU AUCGAUAUGU G AAUACAUA GCAUAUCAGA AGGCACACCC GGAGAACUGA AACAUCUUAG UACCCGGAGG AAGAGAAAGA AAAUUCGAUU CC CUUAGUA GCGGCGAGCG AAACGGGAAG AGCCCAAACC AACAAGCUUG CUUGUUGGGG UUGUAGGACA CUCUGUACGG AGU UACAAA GGACGACAUU AGACGAAUCA UCUGGAAAGA UGAAUCAAAG AAGGUAAUAA UCCUGUAGUC GAAAAUGUUG UCUC UCUUG AGUGGAUCCU GAGUACGACG GAGCACGUGA AAUUCCGUCG GAAUCUGGGA GGACCAUCUC CUAAGGCUAA AUACU CUCU AGUGACCGAU AGUGAACCAG UACCGUGAGG GAAAGGUGAA AAGCACCCCG GAAGGGGAGU GAAAUAGAAC CUGAAA CCG UGUGCUUACA AGUAGUCAGA GCCCGUUAAU GGGUGAUGGC GUGCCUUUUG UAGAAUGAAC CGGCGAGUUA CGAUUUG AU GCAAGGUUAA GCAGUAAAUG UGGAGCCGUA GCGAAAGCGA GUCUGAAUAG GGCGUUUAGU AUUUGGUCGU AGACCCGA A ACCAGGUGAU CUACCCUUGG UCAGGUUGAA GUUCAGGUAA CACUGAAUGG AGGACCGAAC CGACUUACGU (5MU)GAAA AGUG AGCGGAUGAA CUGAGGGUAG CGGAGAAAUU CCAAUCGAAC CUGGAGAUAG CUGGUUCUCU CCGAAAUAGC UUUAGG GCU AGCCUCAAGU GAUGAUUAUU GGAGGUAGAG CACUGUUUGG ACGAGGGGCC CCUCUCGGGU UACCGAAUUC AGACAAA CU CCGAAUGCCA AUUAAUUUAA CUUGGGAGUC AGAACAUGGG UGAUAAGGUC CGUGUUCGAA AGGGAAACAG CCCAGACC A CCAGCUAAGG UCCCAAAAUA UAUGUUAAGU GGAAAAGGAU GUGGCGUUGC CCAGACAACU AGGAUGUUGG CUUAGAAGC AGCCAUCAUU UAAAGAGUGC GUAAUAGCUC ACUAGUCGAG UGACACUGCG CCGAAAAUGU ACCGGGGCUA AACAUAUUAC CGAAGCUGU GGAUUGUCCU UUGGACAAUG GUAGGAGAGC GUUCUAAGGG CGUUGAAGCA UGAUCGUAAG GACAUGUGGA G CGCUUAGA AGUGAGAAUG CCGGUGUGAG UAGCGAAAGA CGGGUGAGAA UCCCGUCCAC CGAUUGACUA AGGUUUCCAG AG GAAGGCU CGUCCGCUCU GGGUUAGUCG GGUCCUAAGC UGAGGCCGAC AGGCGUAGGC GAUGGAUAAC AGGUUGAUAU UCC UGUACC ACCUAUAAUC GUUUUAAUCG AUGGGGGGAC GCAGUAGGAU AGGCGAAGCG UGCGAUUGGA UUGCACGUCU AAGC AGUAA GGCUGAGUAU UAGGCAAAUC CGGUACUCGU UAAGGCUGAG CUGUGAUGGG GAGAAGACAU UGAGUCUUCG AGUCG UUGA UUUCACACUG CCGAGAAAAG CCUCUAGAUA GAAAAUAGGU GCCCGUACCG CAAACCGACA CAGGUAGUCA AGAUGA GAA UUCUAAGGUG AGCGAGCGAA CUCUCGUUAA GGAACUCGGC AAAAUGACCC CGUAACUUCG GGAGAAGGGG UGCUCUU UA GGGUUAACGC CCAGAAGAGC CGCAGUGAAU AGGCCCAAGC GACUGUUUAU CAAAAACACA GGUCUCUGCU AAACCGUA A GGUGAUGUAU AGGGGCUGAC GCCUGCCCGG UGCUGGAAGG UUAAGAGGAG UGGUUAGCUU CUGCGAAGCU ACGAAUCGA AGCCCCAGUA AACGGCGGCC GUAACUAUAA CGGUCCUAAG GUAGCGAAA(5MU) UCCUUGUCGG GUAAGUUCCG ACCCGC ACG AAAGGCGUAA CGAUUUGGGC ACUGUCUCAA CGAGAGACUC GGUGAAAUCA UAGUACCUGU GAAGAUGCAG GUUACCC GC GACAGGACGG (MA6)AAGACCCCG UGGAGCUUUA CUGUAGCCUG AUAUUGAAAU UCGGCACAGC UUGUACAGGA UAGG UAGGA GCCUUUGAAA CGUGAGCGCU AGCUUACGUG GAGGCGCUGG UGGGAUACUA CCCUAGCUGU GUUGGCUUUC UAACC CGCA CCACUUAUCG UGGUGGGAGA CAGUGUCAGG CGGGCAGUUU GACUG(OMG)GGCG GUCGCCUCCU AAAAGGUAAC GG AGGCGCU CAAAGGUUCC CUCAGAAUGG UUGGAAAUCA UUCAUAGAGU GUAAAGGCAU AAGGGAGCUU GACUGCGAGA CCU ACAAGU CGAGCAGGGU CGAAAGACGG ACUUAGUGAU CCGGUGGUUC CGCAUGGAAG GGCCAUCGCU CAACGGAUAA AAGC UACCC CG(2MG)GGA(H2U)AAC AGGC(PSU)UAUCU CCCCCAAGAG UUCACAUCGA CGGGGAGGUU UGGCACCUCG (2MA)UGUCGGCU CAUCGCAUCC UGGGGCUGUA GUCGGUCCCA AGGGUUGGGC UGUUCGCCCA UUAAAGCGGU AC(G7M) CGAGC(PSU) GGGUUCAGAA CGUCGUGAGA CAGU(PSU)CGGUC CCUAUCCGUC GUGGGCGUAG GAAAUUUGAG AGGAGC UGU CCUUAGUACG AGAGGACCGG GAUGGACAUA CCUCUGGUGU ACCAGUUGUC GUGCCAACGG CAUAGCUGGG UAGCUAU GU GUGGACGGGA UAAGUGCUGA AAGCAUCUAA GCAUGAAGCC CCCCUCAAGA UGAGAUUUCC CAACUUCGGU UAUAAGAU C CCUCAAAGAU GAUGAGGUUA AUAGGUUCGA GGUGGAAGCA UGGUGACAUG UGGAGCUGAC GAAUACUAAU CGAUCGAAG ACUUAAUCAA

+
分子 #7: 5S rRNA

分子名称: 5S rRNA / タイプ: rna / ID: 7 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 36.974945 KDa
配列文字列:
UCUGGUGACU AUAGCAAGGA GGUCACACCU GUUCCCAUGC CGAACACAGA AGUUAAGCUC CUUAGCGUCG AUGGUAGUCG AACUUACGU UCCGCUAGAG UAGAACGUUG CCAGGC

GENBANK: GENBANK: CP030384.1

+
分子 #30: P_site tRNA

分子名称: P_site tRNA / タイプ: rna / ID: 30 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 22.969725 KDa
配列文字列:
CGCGGGAUGG AGCAGGAGCU CGUCGGGCUC AUAGGCCGAA GGCGGUGGUU CAAAUCCGCC UCCCGCAACC A

+
分子 #31: E_site tRNA

分子名称: E_site tRNA / タイプ: rna / ID: 31 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 4.170574 KDa
配列文字列:
GGCCGGGCCA CCA

+
分子 #32: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 3 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #33: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 231 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #34: (3aS,4R,7S,9R,10R,11R,13R,15R,15aR)-1-{4-[4-(3-aminophenyl)-1H-1,...

分子名称: (3aS,4R,7S,9R,10R,11R,13R,15R,15aR)-1-{4-[4-(3-aminophenyl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]butyl}-4-ethyl-7-fluoro-11-methoxy-3a ,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,8,14-tetraoxotetradecahydro-2H- ...名称: (3aS,4R,7S,9R,10R,11R,13R,15R,15aR)-1-{4-[4-(3-aminophenyl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]butyl}-4-ethyl-7-fluoro-11-methoxy-3a ,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,8,14-tetraoxotetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-10-yl 3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranoside
タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 1 / 式: EM1
分子量理論値: 845.009 Da

+
分子 #35: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 12 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

+
分子 #36: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 665 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

10079

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.08 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION
詳細: Resolution refers to gold-standard FSC 0.143 cutoff calculated on the postprocessed, solvent mask map
使用した粒子像数: 263087
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る