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- PDB-9qeg: Cryo-EM structure of the 70S ribosome of a MLSb sensitive S. aure... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9qeg
タイトルCryo-EM structure of the 70S ribosome of a MLSb sensitive S. aureus strain "KES34" in complex with solithromycin
要素
  • (Large ribosomal subunit protein ...) x 27
  • (Small ribosomal subunit protein ...) x 19
  • 16S ribosomal RNA
  • 23S ribosomal RNA
  • 50S ribosomal protein L25
  • 5S ribosomal RNA
  • A-site tRNA molecule
  • E-site tRNA molecule
  • P-site tRNA molecule
  • mRNA molecule
キーワードRIBOSOME / resistance / rRNA / antibiotic
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit ...large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L31 type B / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily ...Ribosomal protein L31 type B / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / : / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / : / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / L28p-like / Ribosomal protein S15, bacterial-type / : / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L21
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EM1 / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL34 ...Chem-EM1 / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein uS14B / Small ribosomal subunit protein uS8 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein bL31B / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Large ribosomal subunit protein bL33A / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein bS6
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Rivalta, A. / Yonath, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2025
タイトル: Structural studies on ribosomes of differentially macrolide-resistant strains.
著者: André Rivalta / Aliza Fedorenko / Alexandre Le Scornet / Sophie Thompson / Yehuda Halfon / Elinor Breiner Goldstein / Sude Çavdaroglu / Tal Melenitzky / Disha-Gajanan Hiregange / Ella ...著者: André Rivalta / Aliza Fedorenko / Alexandre Le Scornet / Sophie Thompson / Yehuda Halfon / Elinor Breiner Goldstein / Sude Çavdaroglu / Tal Melenitzky / Disha-Gajanan Hiregange / Ella Zimmerman / Anat Bashan / Mee-Ngan Frances Yap / Ada Yonath /
要旨: Antimicrobial resistance is a major global health challenge, diminishing the efficacy of many antibiotics, including macrolides. In , an opportunistic pathogen, macrolide resistance is primarily ...Antimicrobial resistance is a major global health challenge, diminishing the efficacy of many antibiotics, including macrolides. In , an opportunistic pathogen, macrolide resistance is primarily mediated by Erm-family methyltransferases, which mono- or dimethylate A2058 in the 23S ribosomal RNA, reducing drug binding. Although macrolide-ribosome interactions have been characterized in nonpathogenic species, their structural basis in clinically relevant pathogens remains limited. In this study, we investigate the impact of -mediated resistance on drug binding by analyzing ribosomes from strains with varying levels of expression and activity. Using cryo-electron microscopy, we determined the high-resolution structures of solithromycin-bound ribosomes, including those with dimethylated A2058. Our structural analysis reveals the specific interactions that enable solithromycin binding despite double methylation and resistance, as corroborated by microbiological and biochemical data, suggesting that further optimization of ketolide-ribosome interactions could enhance macrolide efficacy against resistant strains.
履歴
登録2025年3月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update
改定 1.22025年7月2日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: Large ribosomal subunit protein bL33A
2: Large ribosomal subunit protein bL34
3: Large ribosomal subunit protein bL35
4: Large ribosomal subunit protein bL36
B: 5S ribosomal RNA
C: Large ribosomal subunit protein uL2
D: Large ribosomal subunit protein uL3
E: Large ribosomal subunit protein uL4
G: Large ribosomal subunit protein uL6
H: Large ribosomal subunit protein uL13
I: Large ribosomal subunit protein uL14
J: Large ribosomal subunit protein uL15
K: Large ribosomal subunit protein uL16
L: Large ribosomal subunit protein bL17
M: Large ribosomal subunit protein uL18
N: Large ribosomal subunit protein bL19
O: Large ribosomal subunit protein bL20
P: Large ribosomal subunit protein bL21
Q: Large ribosomal subunit protein uL22
R: Large ribosomal subunit protein uL23
S: Large ribosomal subunit protein uL24
T: 50S ribosomal protein L25
U: Large ribosomal subunit protein bL27
V: Large ribosomal subunit protein bL28
W: Large ribosomal subunit protein uL29
X: Large ribosomal subunit protein uL30
Z: Large ribosomal subunit protein bL32
F: Large ribosomal subunit protein uL5
11: E-site tRNA molecule
A: 23S ribosomal RNA
Ae: Small ribosomal subunit protein uS5
Af: Small ribosomal subunit protein bS6
Ag: Small ribosomal subunit protein uS7
Ai: Small ribosomal subunit protein uS9
Al: Small ribosomal subunit protein uS12
Ao: Small ribosomal subunit protein uS15
Ap: Small ribosomal subunit protein bS16
Aq: Small ribosomal subunit protein uS17
Ar: Small ribosomal subunit protein bS18
At: Small ribosomal subunit protein bS20
Aa: 16S ribosomal RNA
Aj: Small ribosomal subunit protein uS10
Ac: Small ribosomal subunit protein uS3
Am: Small ribosomal subunit protein uS13
Ak: Small ribosomal subunit protein uS11
Ab: Small ribosomal subunit protein uS2
Ah: Small ribosomal subunit protein uS8
Ad: Small ribosomal subunit protein uS4
An: Small ribosomal subunit protein uS14B
As: Small ribosomal subunit protein uS19
d: mRNA molecule
8: P-site tRNA molecule
9: A-site tRNA molecule
13: Large ribosomal subunit protein bL31B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,178,858308
ポリマ－2,171,43354
非ポリマー7,425254
水11,187621
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

+
Large ribosomal subunit protein ... , 27種, 27分子 1234CDEGHIJKLMNOPQRSUVWXZF13

#1: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL33A / 50S ribosomal protein L33 1


分子量: 6305.343 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FH98
#2: タンパク質・ペプチド Large ribosomal subunit protein bL34 / 50S ribosomal protein L34


分子量: 5454.642 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FDE6
#3: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL35 / 50S ribosomal protein L35


分子量: 7722.368 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FG57
#4: タンパク質・ペプチド Large ribosomal subunit protein bL36 / 50S ribosomal protein L36


分子量: 4318.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FER2
#6: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL2 / 50S ribosomal protein L2


分子量: 30217.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FEP2
#7: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL3 / 50S ribosomal protein L3


分子量: 23760.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FEN9
#8: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL4 / 50S ribosomal protein L4


分子量: 22495.697 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FEP0
#9: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL6 / 50S ribosomal protein L6


分子量: 19818.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FEQ4
#10: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL13 / 50S ribosomal protein L13


分子量: 16359.427 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FES1
#11: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL14 / 50S ribosomal protein L14


分子量: 13157.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FEP9
#12: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL15 / 50S ribosomal protein L15


分子量: 15628.890 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FEQ8
#13: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL16 / 50S ribosomal protein L16


分子量: 16274.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FEP6
#14: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL17 / 50S ribosomal protein L17


分子量: 13771.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FER6
#15: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL18 / 50S ribosomal protein L18


分子量: 13124.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FEQ5
#16: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL19 / 50S ribosomal protein L19


分子量: 13392.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FHJ7
#17: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL20 / 50S ribosomal protein L20


分子量: 13720.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FG58
#18: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL21 / 50S ribosomal protein L21


分子量: 11354.081 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FG80
#19: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL22 / 50S ribosomal protein L22


分子量: 12857.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FEP4
#20: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL23 / 50S ribosomal protein L23


分子量: 10625.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FEP1
#21: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL24 / 50S ribosomal protein L24


分子量: 11561.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FEQ0
#23: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL27 / 50S ribosomal protein L27


分子量: 10334.798 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FG82
#24: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL28 / 50S ribosomal protein L28


分子量: 6995.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FHL4
#25: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL29


分子量: 8592.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A0H2XHC7
#26: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL30 / 50S ribosomal protein L30


分子量: 6565.683 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FEQ7
#27: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL32 / 50S ribosomal protein L32


分子量: 6500.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FHV3
#28: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL5 / 50S ribosomal protein L5


分子量: 20296.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FEQ1
#54: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL31B / 50S ribosomal protein L31 type B


分子量: 9737.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FF08

-
RNA鎖 , 7種, 7分子 B11AAad89

#5: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 36975.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
参照: GenBank: 1335862171
#29: RNA鎖 E-site tRNA molecule


分子量: 4804.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
#30: RNA鎖 23S ribosomal RNA


分子量: 946822.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
#41: RNA鎖 16S ribosomal RNA


分子量: 502199.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
参照: GenBank: 1733371935
#51: RNA鎖 mRNA molecule


分子量: 6165.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
#52: RNA鎖 P-site tRNA molecule


分子量: 22913.701 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
#53: RNA鎖 A-site tRNA molecule


分子量: 1554.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)

-
タンパク質 , 1種, 1分子 T

#22: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / General stress protein CTC


分子量: 23810.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FJE0

-
Small ribosomal subunit protein ... , 19種, 19分子 AeAfAgAiAlAoApAqArAtAjAcAmAkAbAhAdAnAs

#31: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS5 / 30S ribosomal protein S5


分子量: 17770.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FEQ6
#32: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS6 / 30S ribosomal protein S6


分子量: 11613.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FJP8
#33: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS7 / 30S ribosomal protein S7


分子量: 17826.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FJ94
#34: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS9 / 30S ribosomal protein S9


分子量: 14856.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FES2
#35: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS12 / 30S ribosomal protein S12


分子量: 15320.870 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FJ95
#36: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS15 / 30S ribosomal protein S15


分子量: 10634.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FHG5
#37: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS16 / 30S ribosomal protein S16


分子量: 10253.886 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FHK0
#38: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS17 / 30S ribosomal protein S17


分子量: 10196.888 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FEP8
#39: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS18 / 30S ribosomal protein S18


分子量: 9332.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FJP6
#40: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS20 / 30S ribosomal protein S20


分子量: 9039.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FGD8
#42: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS10 / 30S ribosomal protein S10


分子量: 11598.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FEN8
#43: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS3 / 30S ribosomal protein S3


分子量: 24143.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FEP5
#44: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS13 / 30S ribosomal protein S13


分子量: 13747.919 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FER3
#45: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS11 / 30S ribosomal protein S11


分子量: 13907.978 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FER4
#46: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS2 / 30S ribosomal protein S2


分子量: 29136.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FHI2
#47: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS8 / 30S ribosomal protein S8


分子量: 14854.315 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FEQ3
#48: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS4 / 30S ribosomal protein S4


分子量: 23051.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FG18
#49: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS14B / 30S ribosomal protein S14 type Z


分子量: 7317.769 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FEQ2
#50: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS19 / 30S ribosomal protein S19


分子量: 10639.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FEP3

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非ポリマー , 5種, 875分子

#55: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#56: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#57: 化合物 ChemComp-EM1 / (3aS,4R,7S,9R,10R,11R,13R,15R,15aR)-1-{4-[4-(3-aminophenyl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]butyl}-4-ethyl-7-fluoro-11-methoxy-3a ,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,8,14-tetraoxotetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-10-yl 3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranoside / CEM-101 / ソリスロマイシン


分子量: 845.009 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C43H65FN6O10 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#58: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#59: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 621 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cryo-EM structure of the 70S ribosome of a MLSb sensitive S. aureus strain "KES34" in complex with solithromycin
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#54 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 1 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2EPU画像取得
11RELION最終オイラー角割当
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.21 Å / 解像度の算出法: OTHER / 粒子像の数: 408831
詳細: FSC (model) = 0.5 unmasked resolution calculated using PHENIX Mtriage and the composite map and the model.
対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 29.07 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0039140826
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.624211347
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.037627318
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.005111050
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.944556679

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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