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- EMDB-53035: Neobacillus vireti Wadjet-II JetABC dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-53035
タイトルNeobacillus vireti Wadjet-II JetABC dimer
マップデータ
試料
  • 複合体: N. vireti JetABC dimer-of-tetramers
    • タンパク質・ペプチド: JetC
    • タンパク質・ペプチド: JetB
    • タンパク質・ペプチド: JetA
キーワードSMC complexes / Wadjet / JetABCD / DNA loop extrusion / DNA BINDING PROTEIN
生物種Neobacillus vireti LMG 21834 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.71 Å
データ登録者Roisne-Hamelin F / Gruber S
資金援助European Union, スイス, 2件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)724482European Union
Swiss National Science Foundation10001017 スイス
引用ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Structure of a type II SMC Wadjet complex from Neobacillus vireti.
著者: Florian Roisné-Hamelin / Hon Wing Liu / Stephan Gruber /
要旨: Structural maintenance of chromosome complexes are essential DNA-folding motors that facilitate critical cellular functions, including chromosome segregation and DNA repair. Wadjet systems are ...Structural maintenance of chromosome complexes are essential DNA-folding motors that facilitate critical cellular functions, including chromosome segregation and DNA repair. Wadjet systems are prokaryotic SMC complexes specialized in cellular immunity against plasmids. Type I Wadjet systems restrict plasmids via a DNA extrusion-cleavage reaction. Two other Wadjet types (II and III) have also been identified, however, their molecular characteristics are unclear. Here, we reconstituted a representative type II Wadjet system from Neobacillus vireti. We show that this system shares substrate selection and cleavage properties with type I but exhibits distinctive structural features, including a long elbow-distal coiled coil, a channel-less hinge, and a tandem KITE subunit. These features help identify the common and distinguishing architectural elements in the family of Wadjet systems and raise intriguing questions about the evolution of prokaryotic SMC complexes.
履歴
登録2025年3月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月25日-
マップ公開2025年6月25日-
更新2025年7月23日-
現状2025年7月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_53035.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_53035.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.45 Å/pix.
x 400 pix.
= 580. Å		1.45 Å/pix.
x 400 pix.
= 580. Å		1.45 Å/pix.
x 400 pix.
= 580. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.45 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.117
最小 - 最大-0.27823418 - 0.67602855
平均 (標準偏差)0.00038481163 (±0.01686646)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 580.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_53035_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Full EM map.

ファイルemd_53035_additional_1.map
注釈Full EM map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_53035_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_53035_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : N. vireti JetABC dimer-of-tetramers

全体名称: N. vireti JetABC dimer-of-tetramers
要素
  • 複合体: N. vireti JetABC dimer-of-tetramers
    • タンパク質・ペプチド: JetC
    • タンパク質・ペプチド: JetB
    • タンパク質・ペプチド: JetA

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超分子 #1: N. vireti JetABC dimer-of-tetramers

超分子名称: N. vireti JetABC dimer-of-tetramers / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Neobacillus vireti LMG 21834 (バクテリア)

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分子 #1: JetC

分子名称: JetC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: The last "G" in the theorical sequence is the result of a DNA cloning scar.
コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Neobacillus vireti LMG 21834 (バクテリア)
分子量理論値: 161.659016 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: MMTEAKWVMN RAGLLNFWYY DDEIFPFSDG KLLLRGTNGS GKSVTMQSFL PVLLDGKKSP DRLDPFGSKA RRMEDYLLGE KEVVDRDER TGYLFIEYKK AGVERYITTG IGMQAKRHKG IKSWYFVITD NRRIGYDFEL AHSQLGDRVP FSAKELENRI G EGGYVVHT ...文字列:
MMTEAKWVMN RAGLLNFWYY DDEIFPFSDG KLLLRGTNGS GKSVTMQSFL PVLLDGKKSP DRLDPFGSKA RRMEDYLLGE KEVVDRDER TGYLFIEYKK AGVERYITTG IGMQAKRHKG IKSWYFVITD NRRIGYDFEL AHSQLGDRVP FSAKELENRI G EGGYVVHT QREYMELVNK YIFGFQSNEA YEDLIKLLIQ LRSPKLSKDF KPTVIYEILE SALPPLTDDE LRHLSDTIES MD QTQQQLE QLEREFASSS RLVNQYHSYN QYILAERAGK WQDALKRYTV AEEHVKGLTA QDEELTQEIK QEEEQKQQFA QQQ EIALEE KKRLERHEVW NLEEDKRKKI ENTKSLSSEI NSLQKKWDHK NSQYNRLWQE REQSQNQIRQ HESGMEDLLG ELQF DAEEA AFSEHEVNVH DFERHQEEEF DFSIWIGEIG SHEQLLANLN QLADEENRLS EEHNRLQRQS SEKKKEVDAI RKNLD HLAD WFTEEKQRLE HQVFTWIEQH PKLIFSNERR QEIARSIEGL YEENRYEQVR EKLLAVVNDY ITDISTKKKL METKIE DKK HELEAARAEL HHWKTLKMPN PDRAKDTEAF RLQLLEDGQA FIPFYAAVEF QDDVTEEQKE RIESALKQTG ILDSLIT EN ALAPTHDRVI RPEPQLLGYT LADYLRPDLE ADSLISNKLV DEILRSISLE QEGAGFHVDV DGSYSLGCLV GHAPNEGP S KYIGRSSRKR YQQEKIKECQ ETIEQLQLEL EELKVQLSQY EENLLQAAQW KQTMPTDQEL NDLNVQIEKT GHQLEEQKK VLFQLDEQWK QVHGHLQVIK IQLHQEGRQL NLSLTKEVLG QALISAKNYR DQLYSFKDLF QKCLFARKRI EDLTHRLFEM ETELDDLKG DQNVKESQLR KEKAEIESIE QQLKLKGIEE VRLRIQQVQQ ELREATEGIN HLLETIPQKK AKQETCQNEL A AAKTSAEF WSNMADEWEQ MVRADIARGF VEVVEMDPVK IVKQLESILG KYDRSKLNEQ LTKTFINEQI FLTEYRMFEY PE ETERPEW FSKEWGEYYE PFMNEWNQLQ SRRLILMEYK GQRVSPYFVF TSLEKELEDQ KGWLDEQDRQ LYEDIIVNTV GVI LRNRIK RAEKWVSEMD KIMESRDNSS GLTFSIAWKP LTAESEQELD TKDLVKLLQR NSKFLNEDDL NRITKHFQSR IGKA KELIQ LRNEGSTLHQ VLKEVLDYRK WFTFVLSFKR VNEPKRELTN NAFFKFSGGE KAMAMYIPLF TAAYSRYKEA GEMAP YIIS LDEAFAGVDE NNIRDMFEVV EQLGFNYIMN SQALWGDYDT ISSLSICELV RPKNADFVTV IRYQWDGKQR TFVVDD EHV EELVTHDG

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分子 #2: JetB

分子名称: JetB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: The last "G" in the theorical sequence is the result of a DNA cloning scar.
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Neobacillus vireti LMG 21834 (バクテリア)
分子量理論値: 46.569652 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: MIMEQTQLFD EKAIQGMDIL FHHYWILRAE QPEWYQLIRE REKVLRRYLD EKFGLRLIVH QHFIKLEKIP VEPEGWMGIQ DFQEPMDYA IFCCALAFLE GKAVDEQFLL SELCQEIQAD YPGDFPLDWT LYTHRKSLIR AVKVLMEFQL IRTIDGDIGR F DQNEEQEV ...文字列:
MIMEQTQLFD EKAIQGMDIL FHHYWILRAE QPEWYQLIRE REKVLRRYLD EKFGLRLIVH QHFIKLEKIP VEPEGWMGIQ DFQEPMDYA IFCCALAFLE GKAVDEQFLL SELCQEIQAD YPGDFPLDWT LYTHRKSLIR AVKVLMEFQL IRTIDGDIGR F DQNEEQEV LYEASTYSRY FMRTYPDDFS SYQHWSELLK EDWKLNQEDE RRKRVYRKLF FSPGLHRLDQ QDPDFLYIRN YR NRLAEDI EKHSEYKLHV YKNTAFLSIA EPRQYQQVFP NSKASTDIIL QLSKYIHGEP ERFKANENGE ILMTEGEFEQ VVD DLRQQF GTGWAKYFRD MSTKGIRTEL LRAMKDWMMA EVDSETSLIR IKSLTGVMTG EYPSDFQTGG TEG

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分子 #3: JetA

分子名称: JetA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3
詳細: "GPAA" at the begining of the theorical sequence is the remaining of the purification tag after tag cleavage. The last "G" in the theorical sequence is the result of a DNA cloning scar.
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Neobacillus vireti LMG 21834 (バクテリア)
分子量理論値: 59.719617 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: GPAAMDSTMK KIIEASYLTA DSAAHYRTIL RYFYHQHERM RDFIAPEELL EHMRSIPAFA DFQEDQLHQQ LAQLVKWNNL IARQDMTNA KTIEEYKKKR FRYQCTPYTV EIERMIVQLE KLGDTFQGSL ERSQFDRLFQ AITSLQNELE NDLNKSAEEY M RIWEDVFR ...文字列:
GPAAMDSTMK KIIEASYLTA DSAAHYRTIL RYFYHQHERM RDFIAPEELL EHMRSIPAFA DFQEDQLHQQ LAQLVKWNNL IARQDMTNA KTIEEYKKKR FRYQCTPYTV EIERMIVQLE KLGDTFQGSL ERSQFDRLFQ AITSLQNELE NDLNKSAEEY M RIWEDVFR YFQTIRTSTA DYIAYINSEQ TDQRMQTEAF LVYKNQFTTY LRDFIVSLQK TSLQIQHSLS ELTLERLQHF FQ KLIEHRG AIPRLEDVSS STNDWLTEYE EYWFSLRQWF LGSAVQQSEL DILQWQTNEM IRRMTRYVQR IGERQQHFRS RKK DYLQLS KWFVECRDSE EAHKLSAVVF GSMTIQHLQL EEATTENLHV DTWDEAPTEL TIKPRTVRYR EKTKPGSFNS NEQK KKEQR ELYLKEREQE KKLIEKYMTQ GKITLSALST VEPFIRKVLL SWIGKSMAAK NRMVKTDYGL HVKVMLDYEK TITLQ AEDG NLLMPDATFL FEETRG

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 22188 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.71 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 15908
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9qe0:
Neobacillus vireti Wadjet-II JetABC dimer

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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