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- EMDB-53032: Cryo-EM structure of Upf1-Nmd4-Ebs1 in complex with RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-53032
タイトルCryo-EM structure of Upf1-Nmd4-Ebs1 in complex with RNA
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of Upf1, Nmd4 and Ebs1 bound to RNA
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent helicase NAM7
    • タンパク質・ペプチド: Nonsense-mediated mRNA decay factor EBS1
    • タンパク質・ペプチド: Nonsense-mediated decay protein 4
    • RNA: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
キーワードhelicase / Nonsense-mediated decay / RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cytoplasmic RNA surveillance / double-stranded DNA helicase activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay / regulation of translational termination / intracellular mRNA localization / telomerase holoenzyme complex / telomerase RNA binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / silent mating-type cassette heterochromatin formation / telomeric DNA binding ...cytoplasmic RNA surveillance / double-stranded DNA helicase activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay / regulation of translational termination / intracellular mRNA localization / telomerase holoenzyme complex / telomerase RNA binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / silent mating-type cassette heterochromatin formation / telomeric DNA binding / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / ribosomal small subunit binding / P-body / single-stranded DNA binding / DNA recombination / DNA helicase / chromosome, telomeric region / RNA helicase activity / negative regulation of translation / protein ubiquitination / RNA helicase / mRNA binding / ATP hydrolysis activity / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Telomerase activating protein Est1-like, N-terminal / Telomerase activating protein Est1 / DNA/RNA-binding domain, Est1-type / Est1/Ebs1-like / Est1 DNA/RNA binding domain / RNA helicase UPF1, 1B domain / RNA helicase (UPF2 interacting domain) / RNA helicase UPF1, 1B domain / Upf1 cysteine-histidine-rich (CH-rich) domain profile. / RNA helicase UPF1, Cys/His rich zinc-binding domain ...Telomerase activating protein Est1-like, N-terminal / Telomerase activating protein Est1 / DNA/RNA-binding domain, Est1-type / Est1/Ebs1-like / Est1 DNA/RNA binding domain / RNA helicase UPF1, 1B domain / RNA helicase (UPF2 interacting domain) / RNA helicase UPF1, 1B domain / Upf1 cysteine-histidine-rich (CH-rich) domain profile. / RNA helicase UPF1, Cys/His rich zinc-binding domain / DNA2/NAM7 helicase, helicase domain / AAA domain / Large family of predicted nucleotide-binding domains / DNA2/NAM7-like helicase / : / PIN domain / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent helicase NAM7 / Nonsense-mediated mRNA decay factor EBS1 / Nonsense-mediated decay protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Iermak I / Wilson Eisele NR / Kurscheidt K / Loukeri MJ / Basquin J / Bonneau F / Langer LM / Keidel A / Conti E
資金援助 ドイツ, European Union, デンマーク, 5件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
European Research Council (ERC)740329European Union
European Research Council (ERC)101054447European Union
German Research Foundation (DFG)SFB1035 ドイツ
Novo Nordisk Foundation31199 デンマーク
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2025
タイトル: Molecular mechanisms governing the formation of distinct Upf1-containing complexes in yeast.
著者: Iuliia Iermak / Nicole R Wilson Eisele / Katharina Kurscheidt / Matina-Jasemi Loukeri / Jérôme Basquin / Fabien Bonneau / Lukas M Langer / Achim Keidel / Elena Conti /
要旨: Upf1 is a master regulator of nonsense-mediated mRNA decay (NMD), an mRNA surveillance and degradation pathway conserved from yeast to human. In Saccharomyces cerevisiae, Upf1 exists in two distinct ...Upf1 is a master regulator of nonsense-mediated mRNA decay (NMD), an mRNA surveillance and degradation pathway conserved from yeast to human. In Saccharomyces cerevisiae, Upf1 exists in two distinct complexes with factors that mediate NMD activation or 5'-3' mRNA degradation. We combined endogenous purifications and biochemical reconstitutions of yeast Upf1 complexes with structural analyses and biochemical assays to elucidate the molecular mechanisms driving the organization of the Upf1-5'-3' and Upf1-2-3 complexes. We show that yeast Upf1 is in a constitutive complex, whereby its CH, RecA, and C-terminal domains interact with the mRNA decapping factor Dcp2, NMD-associated proteins Nmd4 and Ebs1, and the 5'-3' exoribonuclease Xrn1, respectively. Together, the interacting surfaces and closed conformation of Upf1 in the Upf1-5'-3' complex sterically obstruct the binding of Upf2-3. Our work points to a major restructuring upon recruitment of these factors during NMD and provides insights into evolutionary divergence amongst species.
履歴
登録2025年3月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月22日-
マップ公開2025年10月22日-
更新2025年10月22日-
現状2025年10月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_53032.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_53032.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 360 pix.
= 306.432 Å		0.85 Å/pix.
x 360 pix.
= 306.432 Å		0.85 Å/pix.
x 360 pix.
= 306.432 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8512 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05
最小 - 最大-0.1890716 - 0.35995764
平均 (標準偏差)0.000116898715 (±0.0086842915)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 306.432 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_53032_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #2

ファイルemd_53032_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_53032_additional_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_53032_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_53032_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of Upf1, Nmd4 and Ebs1 bound to RNA

全体名称: Complex of Upf1, Nmd4 and Ebs1 bound to RNA
要素
  • 複合体: Complex of Upf1, Nmd4 and Ebs1 bound to RNA
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent helicase NAM7
    • タンパク質・ペプチド: Nonsense-mediated mRNA decay factor EBS1
    • タンパク質・ペプチド: Nonsense-mediated decay protein 4
    • RNA: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')

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超分子 #1: Complex of Upf1, Nmd4 and Ebs1 bound to RNA

超分子名称: Complex of Upf1, Nmd4 and Ebs1 bound to RNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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分子 #1: ATP-dependent helicase NAM7

分子名称: ATP-dependent helicase NAM7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 109.561008 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MVGSGSHTPY DISNSPSDVN VQPATQLNST LVEDDDVDNQ LFEEAQVTET GFRSPSASDN SCAYCGIDSA KCVIKCNSCK KWFCNTKNG TSSSHIVNHL VLSHHNVVSL HPDSDLGDTV LECYNCGRKN VFLLGFVSAK SEAVVVLLCR IPCAQTKNAN W DTDQWQPL ...文字列:
MVGSGSHTPY DISNSPSDVN VQPATQLNST LVEDDDVDNQ LFEEAQVTET GFRSPSASDN SCAYCGIDSA KCVIKCNSCK KWFCNTKNG TSSSHIVNHL VLSHHNVVSL HPDSDLGDTV LECYNCGRKN VFLLGFVSAK SEAVVVLLCR IPCAQTKNAN W DTDQWQPL IEDRQLLSWV AEQPTEEEKL KARLITPSQI SKLEAKWRSN KDATINDIDA PEEQEAIPPL LLRYQDAYEY QR SYGPLIK LEADYDKQLK ESQALEHISV SWSLALNNRH LASFTLSTFE SNELKVAIGD EMILWYSGMQ HPDWEGRGYI VRL PNSFQD TFTLELKPSK TPPPTHLTTG FTAEFIWKGT SYDRMQDALK KFAIDKKSIS GYLYYKILGH QVVDISFDVP LPKE FSIPN FAQLNSSQSN AVSHVLQRPL SLIQGPPGTG KTVTSATIVY HLSKIHKDRI LVCAPSNVAV DHLAAKLRDL GLKVV RLTA KSREDVESSV SNLALHNLVG RGAKGELKNL LKLKDEVGEL SASDTKRFVK LVRKTEAEIL NKADVVCCTC VGAGDK RLD TKFRTVLIDE STQASEPECL IPIVKGAKQV ILVGDHQQLG PVILERKAAD AGLKQSLFER LISLGHVPIR LEVQYRM NP YLSEFPSNMF YEGSLQNGVT IEQRTVPNSK FPWPIRGIPM MFWANYGREE ISANGTSFLN RIEAMNCERI ITKLFRDG V KPEQIGVITP YEGQRAYILQ YMQMNGSLDK DLYIKVEVAS VDAFQGREKD YIILSCVRAN EQQAIGFLRD PRRLNVGLT RAKYGLVILG NPRSLARNTL WNHLLIHFRE KGCLVEGTLD NLQLCTVQLV RPQPRKTERP MNAQFNVESE MGDFPKFQDF DAQSMVSFS GQIGDFGNAF VDNTELSSYI NNEYWNFENF KSAFSQKQNR NEIDDRNLYQ EEASHLNSNF ARELQREEQK H ELSKDFSN LGI

UniProtKB: ATP-dependent helicase NAM7

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分子 #2: Nonsense-mediated mRNA decay factor EBS1

分子名称: Nonsense-mediated mRNA decay factor EBS1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 100.102453 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MEPSNTQKED LPTAFNGIKS QLNSILKSNQ LFQDYALLNG FLAFVHSKLN AAILTSIESQ CGKSFAADLD SFDQSSISSI LDFSWESVH YPIFKWFQMW RNYILFEKEN KKQQTKFIDF RKMNSKMLKF FKTVQNFYVN VINTVYKKYD ISVLLPKRII Q DLKLSDIE ...文字列:
MEPSNTQKED LPTAFNGIKS QLNSILKSNQ LFQDYALLNG FLAFVHSKLN AAILTSIESQ CGKSFAADLD SFDQSSISSI LDFSWESVH YPIFKWFQMW RNYILFEKEN KKQQTKFIDF RKMNSKMLKF FKTVQNFYVN VINTVYKKYD ISVLLPKRII Q DLKLSDIE NTTNVGDILA VKTFNSSSPL AHLIPTLFHR CLLFLGTAYR YKTLLEEISN KYSISNFKKS LDFFRLASLV LP SAGETYS QAGAIFLQTG NLGIAVFNFV KGMMTKMPSP VSIKNFGALM VDNKSSLNRS LHTTIMNTYL QESKGPRTPA KEI LEFYFL GLFGSVWSPT SWRDDTKPNQ LNNGIKLRHL ENALYETMSA RYLNNIKTIF HNLIITIGGF HLLLKRRSDV SAKT LKDLR SNELDYLNFA FKYIAHILND IVKESWSENP EVSEILGMVR IINCWIKANP MVLQYSQSNL EFVNALAYLI NDIVK KKPS PSFSITEHIP KRTYWFEEDL MVKGLSFVNF QLSDFDDYEK ILEMDHSLDR LIGNPPLCDK LSASSEMLLR LQAVVN ISS QLLQNNNCGV EWSDNKSRYI FNKKIGFKET VKNSMKTSKQ SNEKAKLQRK NKPSTTNGSI SMADLERQMR SSSLDSF SP TMGYSGSSVP MAPDTFNVKP SGTITGNKVN VELLKIELSG QNADGAITNI SPGYSNAAIS SSNSTDESSF DLNNILSS M QQKHAEKSFA KSMQGVNEQI PANDVCHQAQ RPMQGGLYSS QQPSSMSSLN SAYQNASMPP SASMVSYPYP FLNQQGQGV FPPYNAQNLQ WQSEAYSLKS MNFANPTWLG DQYQTSAPSS AYAQAQRQMF QQPMQQDVGK YMQFPFDAQS NTDSMRGNSR NNMF

UniProtKB: Nonsense-mediated mRNA decay factor EBS1

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分子 #3: Nonsense-mediated decay protein 4

分子名称: Nonsense-mediated decay protein 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 25.316912 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTQYNFIIDA SAFEKGLGNI KRWCSDCTEA VTLNFYIPTF TLNELDFLQQ RRKSFAARES LKFIDRLDDS KFANLKVFIE FPEVLDIIL WSDVMEHNDS SGKINIAKLP KRLKNLLKSC IYKCYLEGNE GLHWFLISED PQIREMAMQC NIPSCSIVDV D SILSKDMN ...文字列:
MTQYNFIIDA SAFEKGLGNI KRWCSDCTEA VTLNFYIPTF TLNELDFLQQ RRKSFAARES LKFIDRLDDS KFANLKVFIE FPEVLDIIL WSDVMEHNDS SGKINIAKLP KRLKNLLKSC IYKCYLEGNE GLHWFLISED PQIREMAMQC NIPSCSIVDV D SILSKDMN DKSFRESEKF NNMMLKNGTK EESENGREII RTNFNKTVYA SRGTGELWSP

UniProtKB: Nonsense-mediated decay protein 4

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分子 #4: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3') / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 9.140017 KDa
配列文字列:
UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 160049
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
詳細Initial fitting of the Alphafold3 model was done in ChimeraX. Then model was rigid body refined and real space refined in Phenix
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9qdq:
Cryo-EM structure of Upf1-Nmd4-Ebs1 in complex with RNA

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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