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- EMDB-52997: HER2/ErbB2 extracellular domain (ECD) in compact conformation in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52997
タイトルHER2/ErbB2 extracellular domain (ECD) in compact conformation in complex with trastuzumab (TZB) antibody
マップデータFull map from focused refinement, used for model validation
試料
  • 複合体: Ternary complex of HER2/ErbB2 in compact conformation with trastuzumab (TZB) antibody.
    • タンパク質・ペプチド: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2,Green fluorescent protein
キーワードReceptor / tyrosine kinase / transmembrane / HER2 / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of immature T cell proliferation in thymus / ERBB3:ERBB2 complex / ERBB2-ERBB4 signaling pathway / GRB7 events in ERBB2 signaling / immature T cell proliferation in thymus / RNA polymerase I core binding / semaphorin receptor complex / regulation of microtubule-based process / ErbB-3 class receptor binding / motor neuron axon guidance ...negative regulation of immature T cell proliferation in thymus / ERBB3:ERBB2 complex / ERBB2-ERBB4 signaling pathway / GRB7 events in ERBB2 signaling / immature T cell proliferation in thymus / RNA polymerase I core binding / semaphorin receptor complex / regulation of microtubule-based process / ErbB-3 class receptor binding / motor neuron axon guidance / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / PLCG1 events in ERBB2 signaling / ERBB2-EGFR signaling pathway / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / neuromuscular junction development / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / positive regulation of Rho protein signal transduction / Drug-mediated inhibition of ERBB2 signaling / Resistance of ERBB2 KD mutants to trastuzumab / Resistance of ERBB2 KD mutants to sapitinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to tesevatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to neratinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to osimertinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to afatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to AEE788 / Resistance of ERBB2 KD mutants to lapatinib / Drug resistance in ERBB2 TMD/JMD mutants / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / positive regulation of MAP kinase activity / ERBB2 Regulates Cell Motility / semaphorin-plexin signaling pathway / oligodendrocyte differentiation / PI3K events in ERBB2 signaling / positive regulation of protein targeting to membrane / regulation of angiogenesis / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / Schwann cell development / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / coreceptor activity / Signaling by ERBB2 / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / myelination / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / GRB2 events in ERBB2 signaling / positive regulation of cell adhesion / SHC1 events in ERBB2 signaling / basal plasma membrane / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / cellular response to epidermal growth factor stimulus / bioluminescence / peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of translation / positive regulation of epithelial cell proliferation / generation of precursor metabolites and energy / neuromuscular junction / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / wound healing / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / Downregulation of ERBB2 signaling / receptor protein-tyrosine kinase / Signaling by ERBB2 ECD mutants / Signaling by ERBB2 KD Mutants / receptor tyrosine kinase binding / cellular response to growth factor stimulus / ruffle membrane / epidermal growth factor receptor signaling pathway / neuron differentiation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / transmembrane signaling receptor activity / PIP3 activates AKT signaling / myelin sheath / heart development / presynaptic membrane / RAF/MAP kinase cascade / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / positive regulation of cell growth / protein tyrosine kinase activity / basolateral plasma membrane / early endosome / cell surface receptor signaling pathway / endosome membrane / cell population proliferation / protein phosphorylation / receptor complex / positive regulation of MAPK cascade / intracellular signal transduction / apical plasma membrane / protein heterodimerization activity / signaling receptor binding / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain ...: / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / : / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 / Green fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Gragera M / Buschiazzo A / Vacca S
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)HighResCells (ERC-2018-SyG, Proposal 810057)European Union
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Structural analysis of HER2-trastuzumab complex reveals receptor conformational adaptation.
著者: Santiago Vacca / Marcos Gragera / Alejandro Buschiazzo / David Herreros / James M Krieger / Santiago Bonn-Garcia / Roberto Melero / Carlos Os Sorzano / Jose M Carazo / Ohad Medalia / Andreas Plückthun /
要旨: Human epidermal growth factor receptor-2 (HER2) is a receptor tyrosine kinase, associated with a variety of malignant tumors, usually through overexpression, resulting in aberrant signaling. ...Human epidermal growth factor receptor-2 (HER2) is a receptor tyrosine kinase, associated with a variety of malignant tumors, usually through overexpression, resulting in aberrant signaling. Trastuzumab (TZB), one of the monoclonal antibodies (mAbs) used in combination with chemotherapy, has become a major therapeutic for HER2-overexpressing cancers. Current structural understanding of HER2 and its interactions with other receptors and with different affinity agents has relied on numerous structures of individual domains of HER2. Here, we subjected purified near full-length HER2 to single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) analysis. Besides the canonical conformation described in previous structural studies, we report a previously unreported conformation of the HER2 extracellular domain that is stabilized upon TZB binding, which might hamper association with HER3, a receptor with which HER2 forms an oncogenic unit. Together, our findings provide insights into the conformational dynamics of the HER2 receptor and the mechanism of action of TZB.
履歴
登録2025年3月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月6日-
マップ公開2025年8月6日-
更新2025年8月6日-
現状2025年8月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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ファイルダウンロード / ファイル: emd_52997.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
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平均 (標準偏差)-0.00088613847 (±0.045050103)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 260.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of HER2/ErbB2 in compact conformation with trastu...

全体名称: Ternary complex of HER2/ErbB2 in compact conformation with trastuzumab (TZB) antibody.
要素
  • 複合体: Ternary complex of HER2/ErbB2 in compact conformation with trastuzumab (TZB) antibody.
    • タンパク質・ペプチド: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2,Green fluorescent protein

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超分子 #1: Ternary complex of HER2/ErbB2 in compact conformation with trastu...

超分子名称: Ternary complex of HER2/ErbB2 in compact conformation with trastuzumab (TZB) antibody.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Near-full length HER2/ErbB2 in complex with full length humanized monoclonal antibody trastuzumab (TZB). The final reconstruction contains only the HER2 ECD.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 112 KDa

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分子 #1: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2,Green fluorescent protein

分子名称: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2,Green fluorescent protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Near-full length HER2/ErbB2 in complex with full length humanized monoclonal antibody trastuzumab (TZB). The final reconstruction contains only the HER2 ECD head.,Near-full length HER2/ErbB2 ...詳細: Near-full length HER2/ErbB2 in complex with full length humanized monoclonal antibody trastuzumab (TZB). The final reconstruction contains only the HER2 ECD head.,Near-full length HER2/ErbB2 in complex with full length humanized monoclonal antibody trastuzumab (TZB). The final reconstruction contains only the HER2 ECD head.,Near-full length HER2/ErbB2 in complex with full length humanized monoclonal antibody trastuzumab (TZB). The final reconstruction contains only the HER2 ECD head.,Near-full length HER2/ErbB2 in complex with full length humanized monoclonal antibody trastuzumab (TZB). The final reconstruction contains only the HER2 ECD head.,Near-full length HER2/ErbB2 in complex with full length humanized monoclonal antibody trastuzumab (TZB). The final reconstruction contains only the HER2 ECD head.,Near-full length HER2/ErbB2 in complex with full length humanized monoclonal antibody trastuzumab (TZB). The final reconstruction contains only the HER2 ECD head.,Near-full length HER2/ErbB2 in complex with full length humanized monoclonal antibody trastuzumab (TZB). The final reconstruction contains only the HER2 ECD head.,Near-full length HER2/ErbB2 in complex with full length humanized monoclonal antibody trastuzumab (TZB). The final reconstruction contains only the HER2 ECD head.,Near-full length HER2/ErbB2 in complex with full length humanized monoclonal antibody trastuzumab (TZB). The final reconstruction contains only the HER2 ECD head.,Near-full length HER2/ErbB2 in complex with full length humanized monoclonal antibody trastuzumab (TZB). The final reconstruction contains only the HER2 ECD head.,Near-full length HER2/ErbB2 in complex with full length humanized monoclonal antibody trastuzumab (TZB). 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The final reconstruction contains only the HER2 ECD head.,Near-full length HER2/ErbB2 in complex with full length humanized monoclonal antibody trastuzumab (TZB). The final reconstruction contains only the HER2 ECD head.,Near-full length HER2/ErbB2 in complex with full length humanized monoclonal antibody trastuzumab (TZB). The final reconstruction contains only the HER2 ECD head.,Near-full length HER2/ErbB2 in complex with full length humanized monoclonal antibody trastuzumab (TZB). The final reconstruction contains only the HER2 ECD head.,Near-full length HER2/ErbB2 in complex with full length humanized monoclonal antibody trastuzumab (TZB). The final reconstruction contains only the HER2 ECD head.,Near-full length HER2/ErbB2 in complex with full length humanized monoclonal antibody trastuzumab (TZB). The final reconstruction contains only the HER2 ECD head.,Near-full length HER2/ErbB2 in complex with full length humanized monoclonal antibody trastuzumab (TZB). 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コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: receptor protein-tyrosine kinase
由来(天然)生物種: Aequorea victoria (オワンクラゲ)
分子量理論値: 146.737172 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MKFLVNVALV FMVVYISYIY ADYKDDDDKH HHHHHHHHHL EVLFQGPYPY DVPDYATQVC TGTDMKLRLP ASPETHLDML RHLYQGCQV VQGNLELTYL PTNASLSFLQ DIQEVQGYVL IAHNQVRQVP LQRLRIVRGT QLFEDNYALA VLDNGDPLNN T TPVTGASP ...文字列:
MKFLVNVALV FMVVYISYIY ADYKDDDDKH HHHHHHHHHL EVLFQGPYPY DVPDYATQVC TGTDMKLRLP ASPETHLDML RHLYQGCQV VQGNLELTYL PTNASLSFLQ DIQEVQGYVL IAHNQVRQVP LQRLRIVRGT QLFEDNYALA VLDNGDPLNN T TPVTGASP GGLRELQLRS LTEILKGGVL IQRNPQLCYQ DTILWKDIFH KNNQLALTLI DTNRSRACHP CSPMCKGSRC WG ESSEDCQ SLTRTVCAGG CARCKGPLPT DCCHEQCAAG CTGPKHSDCL ACLHFNHSGI CELHCPALVT YNTDTFESMP NPE GRYTFG ASCVTACPYN YLSTDVGSCT LVCPLHNQEV TAEDGTQRCE KCSKPCARVC YGLGMEHLRE VRAVTSANIQ EFAG CKKIF GSLAFLPESF DGDPASNTAP LQPEQLQVFE TLEEITGYLY ISAWPDSLPD LSVFQNLQVI RGRILHNGAY SLTLQ GLGI SWLGLRSLRE LGSGLALIHH NTHLCFVHTV PWDQLFRNPH QALLHTANRP EDECVGEGLA CHQLCARGHC WGPGPT QCV NCSQFLRGQE CVEECRVLQG LPREYVNARH CLPCHPECQP QNGSVTCFGP EADQCVACAH YKDPPFCVAR CPSGVKP DL SYMPIWKFPD EEGACQPCPI NCTHSCVDLD DKGCPAEQRA SPLTSIISAV VGILLVVVLG VVFGILIKRR QQKIRKYT M RRLLQETELV EPLTPSGAMP NQAQMRILKE TELRKVKVLG SGAFGTVYKG IWIPDGENVK IPVAIKVLRE NTSPKANKE ILDEAYVMAG VGSPYVSRLL GISLTSTVQL VTQLMPYGSL LDHVRENRGR LGSQDLLNWC MQIAKGMSYL EDVRLVHRDL AARNVLVKS PNHVKITDFG LARLLDIDET EYHADGGKVP IKWMALESIL RRRFTHQSDV WSYGVTVWEL MTFGAKPYDG I PAREIPDL LEKGERLPQP PICTIDVYMI MVKCWMIDSE SRPRFRELVS EFSRMARDPQ RFVVIQNEDL GPASPLDSTF YR SLLEDDD MGDLVDAEEY LVPQQGLEVL FQGPGSMSKG EELFTGVVPI LVELDGDVNG HKFSVRGEGE GDATNGKLTL KFI CTTGKL PVPWPTLVTT LTYGVQCFSR YPDHMKRHDF FKSAMPEGYV QERTISFKDD GTYKTRAEVK FEGDTLVNRI ELKG IDFKE DGNILGHKLE YNFNSHNVYI TADKQKNGIK ANFKIRHNVE DGSVQLADHY QQNTPIGDGP VLLPDNHYLS TQSVL SKDP NEKRDHMVLL EFVTAAGITH GMDELYK

UniProtKB: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2, Green fluorescent protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 24624 / 平均露光時間: 1.2 sec. / 平均電子線量: 72.3 e/Å2
詳細: Two grids imaged: - Grid 1: 5428 movies. - Grid 2: 19196 movies.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4207722
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Ab-initio reconstruction from experimental particles using cryoSPARC v3.2
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 91370
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4) / 詳細: CryoSPARC v4.4
最終 3次元分類クラス数: 4
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5my6


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-9qbf:
HER2/ErbB2 extracellular domain (ECD) in compact conformation in complex with trastuzumab (TZB) antibody

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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