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- EMDB-52981: Catalytic core 1 of human telomerase dimer from particles common ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52981
タイトルCatalytic core 1 of human telomerase dimer from particles common to both catalytic cores of the dimer
マップデータ
試料
  • 複合体: Catalytic core 1 of human telomerase dimer from particles common to both catalytic cores of the dimer
    • タンパク質・ペプチド: TERT, telomerase reverse transcriptase
    • RNA: hTR, human telomerase RNA (253-mer)
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B
    • DNA: DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*AP*GP*GP*G)-3')
    • タンパク質・ペプチド: Adrenocortical dysplasia homolog, TPP1
キーワードHuman telomerase catalytic core / reverse transcriptase / DNA substrate bound / DNA BINDING PROTEIN
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Balch S / Sekne Z / Franco-Echevarria E / Ludzia P / Kretsch RC / Sun W / Yu H / Ghanim GE / Thorkelsson SR / Ding Y ...Balch S / Sekne Z / Franco-Echevarria E / Ludzia P / Kretsch RC / Sun W / Yu H / Ghanim GE / Thorkelsson SR / Ding Y / Das R / Nguyen THD
資金援助 英国, 米国, European Union, 中国, 8件
OrganizationGrant number国
UK Research and Innovation (UKRI)MC_UP_1201/19 英国
Jane Coffin Childs (JCC) Fund 米国
European Molecular Biology Organization (EMBO)European Union
Wellcome Trust226015/Z/22/Z 英国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)2R35GM122579 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
Chinese Scholarship Council202206620047 中国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/X01102X/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CryoEM structure of human telomerase dimer reveals H/ACA RNP-mediated dimerization
著者: Balch S / Sekne Z / Franco-Echevarria E / Ludzia P / Kretsch RC / Sun W / Yu H / Ghanim GE / Sigurdur TR / Ding Y / Das R / Nguyen THD
履歴
登録2025年2月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月16日-
マップ公開2025年7月16日-
更新2025年7月16日-
現状2025年7月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52981.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52981.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 280 pix.
= 296.52 Å		1.06 Å/pix.
x 280 pix.
= 296.52 Å		1.06 Å/pix.
x 280 pix.
= 296.52 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.059 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.00896
最小 - 最大-0.032029554 - 0.0928528
平均 (標準偏差)0.00015083016 (±0.0023396835)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 296.52002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_52981_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_52981_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_52981_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Catalytic core 1 of human telomerase dimer from particles common ...

全体名称: Catalytic core 1 of human telomerase dimer from particles common to both catalytic cores of the dimer
要素
  • 複合体: Catalytic core 1 of human telomerase dimer from particles common to both catalytic cores of the dimer
    • タンパク質・ペプチド: TERT, telomerase reverse transcriptase
    • RNA: hTR, human telomerase RNA (253-mer)
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B
    • DNA: DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*AP*GP*GP*G)-3')
    • タンパク質・ペプチド: Adrenocortical dysplasia homolog, TPP1

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超分子 #1: Catalytic core 1 of human telomerase dimer from particles common ...

超分子名称: Catalytic core 1 of human telomerase dimer from particles common to both catalytic cores of the dimer
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: TERT, telomerase reverse transcriptase

分子名称: TERT, telomerase reverse transcriptase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed DNA polymerase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MPRAPRCRAV RSLLRSHYRE VLPLATFVRR LGPQGWRLVQ RGDPAAFRAL VAQCLVCVPW DARPPPAAPS FRQVSCLKEL VARVLQRLCE RGAKNVLAFG FALLDGARGG PPEAFTTSVR SYLPNTVTDA LRGSGAWGLL LRRVGDDVLV HLLARCALFV LVAPSCAYQV ...文字列:
MPRAPRCRAV RSLLRSHYRE VLPLATFVRR LGPQGWRLVQ RGDPAAFRAL VAQCLVCVPW DARPPPAAPS FRQVSCLKEL VARVLQRLCE RGAKNVLAFG FALLDGARGG PPEAFTTSVR SYLPNTVTDA LRGSGAWGLL LRRVGDDVLV HLLARCALFV LVAPSCAYQV CGPPLYQLGA ATQARPPPHA SGPRRRLGCE RAWNHSVREA GVPLGLPAPG ARRRGGSASR SLPLPKRPRR GAAPEPERTP VGQGSWAHPG RTRGPSDRGF CVVSPARPAE EATSLEGALS GTRHSHPSVG RQHHAGPPST SRPPRPWDTP CPPVYAETKH FLYSSGDKEQ LRPSFLLSSL RPSLTGARRL VETIFLGSRP WMPGTPRRLP RLPQRYWQMR PLFLELLGNH AQCPYGVLLK THCPLRAAVT PAAGVCAREK PQGSVAAPEE EDTDPRRLVQ LLRQHSSPWQ VYGFVRACLR RLVPPGLWGS RHNERRFLRN TKKFISLGKH AKLSLQELTW KMSVRDCAWL RRSPGVGCVP AAEHRLREEI LAKFLHWLMS VYVVELLRSF FYVTETTFQK NRLFFYRKSV WSKLQSIGIR QHLKRVQLRE LSEAEVRQHR EARPALLTSR LRFIPKPDGL RPIVNMDYVV GARTFRREKR AERLTSRVKA LFSVLNYERA RRPGLLGASV LGLDDIHRAW RTFVLRVRAQ DPPPELYFVK VDVTGAYDTI PQDRLTEVIA SIIKPQNTYC VRRYAVVQKA AHGHVRKAFK SHVSTLTDLQ PYMRQFVAHL QETSPLRDAV VIEQSSSLNE ASSGLFDVFL RFMCHHAVRI RGKSYVQCQG IPQGSILSTL LCSLCYGDME NKLFAGIRRD GLLLRLVDDF LLVTPHLTHA KTFLRTLVRG VPEYGCVVNL RKTVVNFPVE DEALGGTAFV QMPAHGLFPW CGLLLDTRTL EVQSDYSSYA RTSIRASLTF NRGFKAGRNM RRKLFGVLRL KCHSLFLDLQ VNSLQTVCTN IYKILLLQAY RFHACVLQLP FHQQVWKNPT FFLRVISDTA SLCYSILKAK NAGMSLGAKG AAGPLPSEAV QWLCHQAFLL KLTRHRVTYV PLLGSLRTAQ TQLSRKLPGT TLTALEAAAN PALPSDFKTI LD

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分子 #3: Histone H2A

分子名称: Histone H2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney
配列文字列:
MSGRGKQGGK ARAKAKTRSS RAGLQFPVGR VRRLLRKGNY AERVGAGAPV YLAAVLEYLT AEILELAGNA ARDNKKTRII PRHLQLAIRN DEELNKLLGK VTIAQGGVLP NIQAVLLPKK TESHHKAKGK

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分子 #4: Histone H2B

分子名称: Histone H2B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney
配列文字列:
MPDPAKSAPA PKKGSKKAVT KVQKKDGKKR KRSRKESYSV YVYKVLKQVH PDTGISSKAM GIMNSFVNDI FERIAGEASR LAHYNKRSTI TSREIQTAVR LLLPGELAKH AVSEGTKAVT KYTSSNPRNL SPTKPGGSED RQPPPSQLSA IPPFCLVLRA GIAGQV

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分子 #6: Adrenocortical dysplasia homolog, TPP1

分子名称: Adrenocortical dysplasia homolog, TPP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera (蝶・蛾)
配列文字列: MAGSGRLVLR PWIRELILGS ETPSSPRAGQ LLEVLQDAEA AVAGPSHAPD TSDVGATLLV SDGTHSVRCL VTREALDTSD WEEKEFGFRG TEGRLLLLQD CGVHVQVAEG GAPAEFYLQV DRFSLLPTEQ PRLRVPGCNQ DLDVQKKLYD CLEEHLSEST SSNAGLSLSQ ...文字列:
MAGSGRLVLR PWIRELILGS ETPSSPRAGQ LLEVLQDAEA AVAGPSHAPD TSDVGATLLV SDGTHSVRCL VTREALDTSD WEEKEFGFRG TEGRLLLLQD CGVHVQVAEG GAPAEFYLQV DRFSLLPTEQ PRLRVPGCNQ DLDVQKKLYD CLEEHLSEST SSNAGLSLSQ LLDEMREDQE HQGALVCLAE SCLTLEGPCT APPVTHWAAS RCKATGEAVY TVPSSMLCIS ENDQLILSSL GPCQRTQGPE LPPPDPALQD LSLTLIASPP SSPSSSGTPA LPGHMSSEES GTSISLLPAL SLAAPDPGQR SSSQPSPAIC SAPATLTPRS PHASRTPSSP LQSCTPSLSP RSHVPSPHQA LVTRPQKPSL EFKEFVGLPC KNRPPFPRTG ATRGAQEPCS VWEPPKRHRD GSAFQYEYEP PCTSLCARVQ AVRLPPQLMA WALHFLMDAQ PGSEPTPM

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分子 #2: hTR, human telomerase RNA (253-mer)

分子名称: hTR, human telomerase RNA (253-mer) / タイプ: rna / ID: 2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GGGUUGCGGA GGGUGGGCCU GGGAGGGGUG GUGGCCAUUU UUUGUCUAAC CCUAACUGAG AAGGGCGUAG GCGCCGUGCU UUUGCUCCCC GCGCGCUGUU UUUCUCGCUG ACUUUCAGCG GGCGGAAAAG CCUCGGCCUG CCGCCUUCCA CCGUUCAUUC UAGAGCAAAC ...文字列:
GGGUUGCGGA GGGUGGGCCU GGGAGGGGUG GUGGCCAUUU UUUGUCUAAC CCUAACUGAG AAGGGCGUAG GCGCCGUGCU UUUGCUCCCC GCGCGCUGUU UUUCUCGCUG ACUUUCAGCG GGCGGAAAAG CCUCGGCCUG CCGCCUUCCA CCGUUCAUUC UAGAGCAAAC AAAAAAUGUC AGCUGCUGGC CCGUUCGCCC CUCCCGGGGA CCUGCGGCGG GUCGCCUGCC CAGCCCCCGA ACCCCGCCUG GAGGCCGCGG UCGGCCCGGG GCUUCUCCGG AGGCACCCAC UGCCACCGCG AAGAGUUGGG CUCUGUCAGC CGCGGGUCUC UCGGGGGCGA GGGCGAGGUU CAGGCCUUUC AGGCCGCAGG AAGAGGAACG GAGCGAGUCC CCGCGCGCGG CGCGAUUCCC UGAGCUGUGG GACGUGCACC CAGGACUCGG CUCACACAUG C

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分子 #5: DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*AP*GP*GP*G)-3')

分子名称: DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*AP*GP*GP*G)-3') / タイプ: dna / ID: 5 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
GTTAGGG

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
150.0 mMNaClSodium Chloride
2.0 mMMgCl2Magnesium Chloride
0.05 %(C2H4O)nC14H22OIgepal CA630
1.0 %C12H22O11Trehalose
1.0 mMC4H10O2S2DTT
グリッドモデル: C-flat / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 5 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 8 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 78.0 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 66992 / 平均露光時間: 2.5 sec. / 平均電子線量: 48.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率（補正後）: 45872 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細All images were processed using RELION 4.0, RELION 5.0 and CryoSPARC 4.1.2
粒子像選択選択した数: 1871285
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7qxa

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0)
詳細: Common particles between telomerase dimer catalytic cores 1 and 2 were identified using https://github.com/sami-chaaban/starparser. 3D refinement was then performed on shared particles.
使用した粒子像数: 41195
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7qxa


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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